More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS04775 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  100 
 
 		 145 aa  290  3e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  100 
 
 		 145 aa  290  3e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  85.93 
 
 		 207 aa  236  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  45.45 
 
 		 131 aa  104  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3090  endoribonuclease L-PSP  42.98 
 
 		 128 aa  100  8e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  43.52 
 
 		 135 aa  97.4  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  42.73 
 
 		 133 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  40.35 
 
 		 138 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  41.07 
 
 		 132 aa  95.1  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  40.18 
 
 		 137 aa  92.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  36.75 
 
 		 131 aa  92  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 137 aa  89  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 137 aa  89  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 137 aa  89  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 132 aa  88.6  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3080  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 134 aa  87.4  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0669156  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 137 aa  85.9  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 137 aa  85.9  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  39.47 
 
 		 130 aa  85.1  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  38.14 
 
 		 132 aa  83.6  9e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  38.6 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 137 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  34.4 
 
 		 132 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  37.72 
 
 		 135 aa  80.1  0.000000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  38.6 
 
 		 130 aa  80.1  0.000000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  35.59 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  35.59 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  35.59 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  35.59 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  35.59 
 
 		 131 aa  80.1  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  39.5 
 
 		 132 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  35.59 
 
 		 131 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  37.7 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  35.59 
 
 		 131 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  35.59 
 
 		 131 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  35.59 
 
 		 131 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 129 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  36.89 
 
 		 132 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  36.89 
 
 		 132 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  37.82 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  35.96 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3176  endoribonuclease L-PSP  37.7 
 
 		 172 aa  77.4  0.00000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  35.96 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  35.96 
 
 		 129 aa  77  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  36.97 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  38.98 
 
 		 136 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  38.14 
 
 		 132 aa  74.7  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  36.97 
 
 		 132 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  34.75 
 
 		 129 aa  74.3  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 140 aa  73.2  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  36.45 
 
 		 135 aa  72.8  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3706  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 131 aa  73.6  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.113002  normal  0.804369 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  41.41 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5379  isochorismatase hydrolase/endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 377 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126224  normal  0.59456 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3558  hypothetical protein  33.33 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  36.15 
 
 		 150 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  35.59 
 
 		 132 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1266  hypothetical protein  32.54 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  32.58 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  32.48 
 
 		 129 aa  68.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3051  endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  34.62 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1672  Endoribonuclease L-PSP  33.87 
 
 		 130 aa  67.4  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00181671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 131 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1118  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 132 aa  67  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.140871  normal  0.1168 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04125  conserved hypothetical protein  30.09 
 
 		 135 aa  66.6  0.00000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.386288 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 129 aa  67  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  39.06 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5320  endoribonuclease L-PSP  31.43 
 
 		 156 aa  64.3  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4669  Endoribonuclease L-PSP  30.7 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.570729 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  35.34 
 
 		 134 aa  63.5  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  32.8 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3087  Endoribonuclease L-PSP  33.83 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2099  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 394 aa  62  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0409826  normal  0.132893 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4796  hypothetical protein  34.29 
 
 		 116 aa  62.4  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.511592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  33.05 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 123 aa  62.8  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0093  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0468551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1982  Endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 119 aa  61.2  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.619306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0849  Endoribonuclease L-PSP  47.46 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499919  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  32.14 
 
 		 136 aa  61.2  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  37.17 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  34.26 
 
 		 125 aa  60.8  0.000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  31.71 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2843  Endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0264  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  31.9 
 
 		 131 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 131 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  31.9 
 
 		 131 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  38.83 
 
 		 129 aa  58.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1654  endoribonuclease L-PSP  35.87 
 
 		 108 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.950662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  34.33 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  32.11 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  34.43 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>