More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2016 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 131 aa  272  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  78.91 
 
 		 134 aa  216  8.999999999999998e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  76.74 
 
 		 135 aa  210  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  75.78 
 
 		 129 aa  207  4e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  75.19 
 
 		 134 aa  206  7e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  71.65 
 
 		 132 aa  200  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  71.09 
 
 		 134 aa  198  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  70.31 
 
 		 132 aa  198  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  68.99 
 
 		 136 aa  197  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  69.53 
 
 		 129 aa  193  6e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  65.87 
 
 		 140 aa  175  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  64.34 
 
 		 130 aa  174  3e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0849  Endoribonuclease L-PSP  72.22 
 
 		 135 aa  173  6e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499919  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  62.5 
 
 		 131 aa  170  5.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  62.5 
 
 		 131 aa  170  5.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  61.72 
 
 		 131 aa  168  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  61.72 
 
 		 131 aa  168  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  61.72 
 
 		 131 aa  168  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  61.72 
 
 		 131 aa  168  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  61.72 
 
 		 131 aa  168  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  61.72 
 
 		 131 aa  168  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  61.72 
 
 		 131 aa  168  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  60.94 
 
 		 135 aa  163  5.9999999999999996e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  60.16 
 
 		 129 aa  161  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  58.59 
 
 		 129 aa  160  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  57.81 
 
 		 132 aa  159  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  58.59 
 
 		 129 aa  159  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  58.14 
 
 		 132 aa  159  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  59.84 
 
 		 131 aa  159  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  58.59 
 
 		 132 aa  158  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  56.59 
 
 		 130 aa  157  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1654  endoribonuclease L-PSP  56.99 
 
 		 108 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.950662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  42.24 
 
 		 137 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 137 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 137 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  38.28 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  38.28 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  38.28 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  38.94 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  39.32 
 
 		 144 aa  72  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  34.62 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  34.62 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  34.62 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  33.33 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 136 aa  70.1  0.000000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  34.78 
 
 		 151 aa  69.7  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  37.96 
 
 		 125 aa  69.3  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  33.86 
 
 		 130 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  33.33 
 
 		 145 aa  67.4  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  33.33 
 
 		 145 aa  67.4  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  33.33 
 
 		 207 aa  67  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0749  Endoribonuclease L-PSP  38.3 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.26944  normal  0.774462 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  29.46 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 123 aa  65.5  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_006684  CNB00590  mitochondrial genome maintenance-related protein, putative  36.75 
 
 		 134 aa  65.1  0.0000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0239835  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  40.71 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  42.68 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0262  putative endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 120 aa  64.7  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  35.94 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 128 aa  63.9  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1579  endoribonuclease L-PSP, putative  39.09 
 
 		 120 aa  63.9  0.0000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0655756  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 129 aa  63.9  0.0000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0684  Endoribonuclease L-PSP  39.77 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1390  endoribonuclease L-PSP, putative  37.27 
 
 		 120 aa  62.8  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000483032  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  40.4 
 
 		 127 aa  62.4  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  34.92 
 
 		 135 aa  62  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5489  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 126 aa  62  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.285458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0277  endoribonuclease L-PSP, putative  37.61 
 
 		 120 aa  61.6  0.000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  34.78 
 
 		 125 aa  61.6  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0871  putative endoribonuclease L-PSP  35.43 
 
 		 150 aa  61.6  0.000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0915568  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 127 aa  61.2  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0463  endoribonuclease L-PSP  35.78 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.97811  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  33.9 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 129 aa  60.8  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  34.31 
 
 		 150 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2324  endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 125 aa  60.5  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.85805e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  34.26 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  35.78 
 
 		 125 aa  60.5  0.000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 127 aa  60.1  0.000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  32.43 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  33.04 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3498  L-PSP family endoribonuclease  37.93 
 
 		 154 aa  60.1  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.23917  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  34.78 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 129 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5110  endoribonuclease L-PSP  35.4 
 
 		 131 aa  60.1  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.123544  normal  0.570586 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 125 aa  60.1  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3176  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 172 aa  60.1  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>