More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0358 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  100 
 
 		 127 aa  260  4.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3616  putative endoribonuclease L-PSP  99.21 
 
 		 127 aa  259  1e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0327  putative endoribonuclease L-PSP  99.21 
 
 		 127 aa  259  1e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701439  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  98.43 
 
 		 127 aa  257  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0350  putative endoribonuclease L-PSP  97.64 
 
 		 127 aa  254  2e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0360  endoribonuclease L-PSP  97.64 
 
 		 127 aa  254  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000617851 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0352  putative endoribonuclease L-PSP  97.64 
 
 		 127 aa  254  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.249855  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3633  putative endoribonuclease L-PSP  96.85 
 
 		 127 aa  253  5e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280207  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0357  putative endoribonuclease L-PSP  96.85 
 
 		 127 aa  251  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00527339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  87.4 
 
 		 127 aa  229  7.000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  85.83 
 
 		 127 aa  228  2e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3880  putative endoribonuclease L-PSP  84.25 
 
 		 127 aa  223  6e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.196354  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  84.25 
 
 		 127 aa  222  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0362  putative endoribonuclease L-PSP  83.46 
 
 		 127 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0263  YjgF-like protein  81.89 
 
 		 127 aa  217  3.9999999999999997e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.668867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4584  endoribonuclease L-PSP  82.68 
 
 		 127 aa  216  7.999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0241713  unclonable  0.0000000230833 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00156  Endoribonuclease L-PSP family protein  75.81 
 
 		 128 aa  199  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  71.77 
 
 		 127 aa  192  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  73.77 
 
 		 126 aa  190  7e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  72.13 
 
 		 128 aa  189  7e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  73.77 
 
 		 126 aa  189  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  72.58 
 
 		 126 aa  188  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0350  putative endoribonuclease L-PSP  70.16 
 
 		 128 aa  189  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  72.95 
 
 		 126 aa  187  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  72.95 
 
 		 126 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  72.95 
 
 		 126 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  71.77 
 
 		 126 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70480  hypothetical protein  71.77 
 
 		 126 aa  186  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4974  putative endoribonuclease L-PSP  70.97 
 
 		 129 aa  182  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  69.67 
 
 		 126 aa  180  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  67.72 
 
 		 128 aa  179  8.000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  68.85 
 
 		 126 aa  179  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3184  endoribonuclease L-PSP, putative  69.67 
 
 		 126 aa  179  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  67.2 
 
 		 129 aa  178  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  68 
 
 		 127 aa  178  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2024  endoribonuclease L-PSP, putative  67.21 
 
 		 128 aa  177  4e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4387  putative endoribonuclease L-PSP  65.32 
 
 		 128 aa  177  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  67.21 
 
 		 127 aa  174  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3698  peptidase S1C, Do  64.52 
 
 		 127 aa  172  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.239756 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  66.12 
 
 		 128 aa  172  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  65.29 
 
 		 128 aa  171  3.9999999999999995e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  68.8 
 
 		 128 aa  170  5.999999999999999e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1215  YjgF-like protein  63.11 
 
 		 128 aa  162  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  63.87 
 
 		 129 aa  158  3e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  60.66 
 
 		 130 aa  156  8e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  62.4 
 
 		 129 aa  156  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0470  endoribonuclease L-PSP  65.6 
 
 		 126 aa  148  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.720081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1777  translation initiation inhibitor  60.48 
 
 		 148 aa  145  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00398011  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0410  putative endoribonuclease L-PSP  59.68 
 
 		 127 aa  144  5e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000330558  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  59.02 
 
 		 126 aa  143  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  57.85 
 
 		 128 aa  142  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  56.56 
 
 		 126 aa  140  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1726  endoribonuclease L-PSP  54.62 
 
 		 126 aa  140  4e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.622366 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2006  YjgF-like protein  55.46 
 
 		 126 aa  140  4e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.011339 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1873  translation initiation inhibitor  55 
 
 		 151 aa  137  7e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.595446  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1799  endoribonuclease L-PSP  55 
 
 		 151 aa  136  7.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0566  endoribonuclease L-PSP, putative  52.07 
 
 		 129 aa  136  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0720  endoribonuclease L-PSP  52.07 
 
 		 129 aa  136  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181894  hitchhiker  0.000000890707 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2126  endoribonuclease L-PSP  52.42 
 
 		 130 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158455  hitchhiker  0.000014394 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  48.36 
 
 		 127 aa  131  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  47.9 
 
 		 126 aa  124  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  46.77 
 
 		 132 aa  124  6e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  44.09 
 
 		 129 aa  123  7e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  48.72 
 
 		 126 aa  122  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 127 aa  121  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0574  putative endoribonuclease L-PSP  47.15 
 
 		 131 aa  121  3e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000328511  hitchhiker  0.00876549 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  49.59 
 
 		 128 aa  121  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  50.4 
 
 		 125 aa  118  1.9999999999999998e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  50 
 
 		 128 aa  118  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1674  endoribonuclease L-PSP  45.53 
 
 		 127 aa  117  4.9999999999999996e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  46.61 
 
 		 140 aa  117  4.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  42.98 
 
 		 125 aa  116  7.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  43.55 
 
 		 127 aa  117  7.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  42.98 
 
 		 126 aa  117  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0939  endoribonuclease L-PSP  43.1 
 
 		 125 aa  116  9.999999999999999e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.445862  normal  0.428403 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0733  endoribonuclease L-PSP  42.15 
 
 		 128 aa  116  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  46.77 
 
 		 135 aa  116  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0603  putative endoribonuclease L-PSP  43.31 
 
 		 129 aa  115  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  42.74 
 
 		 126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  42.74 
 
 		 126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  45.76 
 
 		 126 aa  114  3e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 126 aa  115  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2314  YjgF-like protein  40.94 
 
 		 143 aa  115  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  42.98 
 
 		 128 aa  115  3e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  41.8 
 
 		 125 aa  114  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  44.92 
 
 		 126 aa  115  3e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  47.01 
 
 		 126 aa  115  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  40.98 
 
 		 143 aa  114  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  48.31 
 
 		 124 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0254  endoribonuclease L-PSP  48.78 
 
 		 130 aa  114  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.600084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0942  endoribonuclease L-PSP  44.63 
 
 		 128 aa  114  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  47.41 
 
 		 124 aa  113  6.9999999999999995e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  43.55 
 
 		 124 aa  113  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  44.92 
 
 		 126 aa  113  7.999999999999999e-25  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  42.62 
 
 		 129 aa  112  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  45.38 
 
 		 125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  47.46 
 
 		 124 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02784  hypothetical protein  45.08 
 
 		 127 aa  111  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  44.35 
 
 		 129 aa  111  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  45.9 
 
 		 131 aa  111  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>