More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4001 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4001  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 129 aa  263  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4114  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 129 aa  263  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04792  hypothetical protein  87.6 
 
 		 130 aa  233  5.0000000000000005e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.598375  normal  0.0238785 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5909  Endoribonuclease L-PSP  57.38 
 
 		 134 aa  152  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0900  hypothetical protein  57.72 
 
 		 134 aa  152  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3094  Endoribonuclease L-PSP  56.67 
 
 		 134 aa  147  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.152732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6195  Endoribonuclease L-PSP  52.34 
 
 		 138 aa  141  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393332  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4370  hypothetical protein  57.94 
 
 		 140 aa  140  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0972  endoribonuclease L-PSP  58.33 
 
 		 131 aa  125  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5483  endoribonuclease L-PSP  45.45 
 
 		 125 aa  122  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.387695 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3641  endoribonuclease L-PSP family protein  48.82 
 
 		 130 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3399  endoribonuclease L-PSP  46.4 
 
 		 132 aa  116  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000947362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4818  endoribonuclease L-PSP  49.18 
 
 		 125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4365  endoribonuclease L-PSP  48.25 
 
 		 141 aa  107  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3697  endoribonuclease L-PSP  38.94 
 
 		 130 aa  93.6  8e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.447447  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0603  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 126 aa  92.8  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.35425  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1054  putative endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 126 aa  92.8  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0726433  normal  0.0135345 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1452  L-PSP family endoribonuclease  38.26 
 
 		 127 aa  92.4  2e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0104737  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0542  putative endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 126 aa  91.7  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0463  endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 129 aa  91.3  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.97811  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1777  endoribonuclease L-PSP  45.45 
 
 		 125 aa  91.3  5e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  39.64 
 
 		 126 aa  90.9  6e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3922  endoribonuclease L-PSP  38.71 
 
 		 126 aa  89.7  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 125 aa  89.4  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  44.17 
 
 		 128 aa  88.2  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  37.82 
 
 		 126 aa  86.7  9e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0835  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 125 aa  85.9  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09080  L-PSP endoribonuclease family protein (Hmf1), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02340)  36.72 
 
 		 161 aa  84.7  4e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  38.74 
 
 		 126 aa  84.7  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3032  endoribonuclease L-PSP  40.91 
 
 		 126 aa  84.3  4e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0493  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 131 aa  84  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0508  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 131 aa  84  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000880426 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  36.59 
 
 		 128 aa  84  7e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2433  Endoribonuclease L-PSP  38.26 
 
 		 125 aa  83.2  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000552241  hitchhiker  0.00635887 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1473  endoribonuclease L-PSP  35.25 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0268  cell division protein FtsY  36.36 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.279233  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0176  endoribonuclease L-PSP  41.82 
 
 		 124 aa  82.8  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0812936  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  42.37 
 
 		 123 aa  82.8  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0733  endoribonuclease L-PSP  38.71 
 
 		 128 aa  82  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  45.45 
 
 		 135 aa  82.8  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  42.48 
 
 		 128 aa  82  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  38.98 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0419  endoribonuclease L-PSP  41.07 
 
 		 126 aa  81.3  0.000000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.707513  normal  0.116947 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  38.74 
 
 		 124 aa  81.3  0.000000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1215  YjgF-like protein  40.17 
 
 		 128 aa  80.5  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  39.5 
 
 		 144 aa  80.9  0.000000000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 125 aa  80.5  0.000000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  37.29 
 
 		 140 aa  80.5  0.000000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB00590  mitochondrial genome maintenance-related protein, putative  39.66 
 
 		 134 aa  80.1  0.000000000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0239835  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 129 aa  79.3  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0521  putative endoribonuclease L-PSP  36.44 
 
 		 123 aa  80.1  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.170713  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  42.34 
 
 		 129 aa  79.7  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3184  endoribonuclease L-PSP, putative  37.5 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1300  YjgF-like protein  37.5 
 
 		 130 aa  79  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00325157  normal  0.10412 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  40.87 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 126 aa  79.3  0.00000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_51902  maintenance of mitochondrial DNA  34.31 
 
 		 109 aa  79  0.00000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  37.29 
 
 		 128 aa  78.6  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  36.11 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 125 aa  78.2  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  37.29 
 
 		 128 aa  78.2  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  38.33 
 
 		 128 aa  77.8  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  35.29 
 
 		 126 aa  77.8  0.00000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0664  endoribonuclease L-PSP  36.15 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  39.81 
 
 		 130 aa  77.4  0.00000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2024  endoribonuclease L-PSP, putative  38.74 
 
 		 128 aa  77  0.00000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 136 aa  77  0.00000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4748  endoribonuclease L-PSP  38.74 
 
 		 126 aa  77.4  0.00000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0742897  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1220  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 126 aa  77  0.00000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000020508  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5110  endoribonuclease L-PSP  39.62 
 
 		 131 aa  76.3  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.123544  normal  0.570586 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_11062  L-PSP endoribonuclease family protein Brt1, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G03780)  33.33 
 
 		 128 aa  75.9  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.174347  normal  0.127035 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08201  putative translation initiation inhibitor, yjgF family protein  38.35 
 
 		 132 aa  75.5  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  37.84 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0031  endoribonuclease L-PSP  38.6 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  38.46 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  36.22 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0063  endoribonuclease L-PSP  39.64 
 
 		 117 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.819868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3904  putative endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 128 aa  75.5  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.147099 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0246  endoribonuclease L-PSP  38.71 
 
 		 116 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  35.43 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0558  endoribonuclease L-PSP  35.16 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0908554  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0871  putative endoribonuclease L-PSP  38.66 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0915568  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 126 aa  74.3  0.0000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 125 aa  74.3  0.0000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  37.1 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16660  endoribonuclease L-PSP  38.74 
 
 		 127 aa  73.9  0.0000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.594587 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07040  conserved hypothetical protein  35.77 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05500  conserved hypothetical protein  33.93 
 
 		 156 aa  73.9  0.0000000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000381478  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0156  endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 126 aa  73.9  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 127 aa  73.9  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 125 aa  73.6  0.0000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  35.66 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  36.67 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>