More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1385 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1385  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 132 aa  268  2e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1470  endoribonuclease L-PSP  68.22 
 
 		 129 aa  176  9e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1266  hypothetical protein  65.83 
 
 		 131 aa  151  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3055  endoribonuclease L-PSP  56.25 
 
 		 128 aa  151  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  58.14 
 
 		 129 aa  144  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1672  Endoribonuclease L-PSP  53.54 
 
 		 130 aa  134  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00181671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3558  hypothetical protein  50 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4669  Endoribonuclease L-PSP  47.33 
 
 		 129 aa  123  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.570729 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2553  hypothetical protein  47.25 
 
 		 100 aa  91.3  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.254874 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  36.43 
 
 		 136 aa  87.8  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3858  endoribonuclease L-PSP  37.12 
 
 		 131 aa  86.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.91936 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  40.31 
 
 		 127 aa  86.7  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  41.09 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 150 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3051  endoribonuclease L-PSP  36.75 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3706  endoribonuclease L-PSP  32.56 
 
 		 131 aa  79  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.113002  normal  0.804369 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0668  endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5523  endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.684308  normal  0.107596 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2170  hypothetical protein  29.6 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.180477  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2349  hypothetical protein  29.6 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2326  hypothetical protein  29.6 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.402119  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4534  endoribonuclease L-PSP  31.06 
 
 		 128 aa  71.2  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.71514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  38.84 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  41.58 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2107  endoribonuclease L-PSP  28.8 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00100977  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2196  endoribonuclease L-PSP  34.09 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0707908  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0101  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 133 aa  62  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000469691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  44.05 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4466  endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136863 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  31.01 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  35.11 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 133 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  32.52 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  31.62 
 
 		 207 aa  57.8  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  28.91 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 130 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  28.91 
 
 		 131 aa  57  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4615  Endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  30.77 
 
 		 145 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  30.77 
 
 		 145 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1784  Endoribonuclease L-PSP  26.98 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.164799  normal  0.0106753 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5894  Endoribonuclease L-PSP  28.12 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151505  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 128 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  28.91 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  27.13 
 
 		 132 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  32.77 
 
 		 128 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 		 131 aa  54.7  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2178  endoribonuclease L-PSP  31.9 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 		 131 aa  54.7  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1171  endoribonuclease L-PSP  34.26 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  27.5 
 
 		 125 aa  54.7  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2156  Endoribonuclease L-PSP  36.61 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.17424 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0453  endoribonuclease L-PSP  32.43 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6185  endoribonuclease L-PSP  38.66 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89906  normal  0.555721 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  29.37 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 135 aa  54.7  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  28.91 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2865  endoribonuclease L-PSP  29.46 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  28.12 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2061  endoribonuclease L-PSP  27.5 
 
 		 132 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.199882 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0012  endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 124 aa  53.5  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  30.71 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1982  Endoribonuclease L-PSP  32.69 
 
 		 119 aa  52  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.619306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  30.71 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  30.71 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0234  Endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 118 aa  52  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  34.88 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4440  endoribonuclease L-PSP  32.29 
 
 		 142 aa  51.6  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.286195  normal  0.317631 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2689  endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1663  Endoribonuclease L-PSP  33.01 
 
 		 140 aa  52  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1200  Endoribonuclease L-PSP  34.48 
 
 		 142 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3501  hypothetical protein  29.77 
 
 		 132 aa  51.6  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.987985  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5927  endoribonuclease L-PSP  36.15 
 
 		 129 aa  51.2  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0894752  normal  0.145489 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  29.69 
 
 		 134 aa  51.2  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  27.34 
 
 		 131 aa  51.2  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  34.31 
 
 		 128 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2280  endoribonuclease L-PSP  30.71 
 
 		 132 aa  51.2  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 129 aa  50.8  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 131 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4001  Endoribonuclease L-PSP  32.65 
 
 		 129 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4114  Endoribonuclease L-PSP  32.65 
 
 		 129 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0582  putative Endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 121 aa  50.1  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0684  Endoribonuclease L-PSP  33.93 
 
 		 131 aa  48.9  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2576  endoribonuclease L-PSP  40.3 
 
 		 139 aa  48.9  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.289994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4793  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.192695  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2099  endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 394 aa  49.3  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0409826  normal  0.132893 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0176  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 124 aa  48.9  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0812936  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0416  endoribonuclease L-PSP  29.75 
 
 		 143 aa  48.9  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 128 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  32.04 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 133 aa  48.5  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  37.66 
 
 		 132 aa  48.9  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1223  YjgF family translation initiation inhibitor  37.78 
 
 		 124 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.871346  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2843  Endoribonuclease L-PSP  27.97 
 
 		 126 aa  48.1  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>