More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4534 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4534  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 128 aa  261  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.71514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0668  endoribonuclease L-PSP  50.83 
 
 		 131 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1784  Endoribonuclease L-PSP  44.35 
 
 		 141 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.164799  normal  0.0106753 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5894  Endoribonuclease L-PSP  48.21 
 
 		 126 aa  105  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151505  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2843  Endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 126 aa  97.1  7e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  43.59 
 
 		 129 aa  87.4  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 134 aa  79.7  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1054  putative endoribonuclease L-PSP  37.9 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0726433  normal  0.0135345 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0603  endoribonuclease L-PSP  37.9 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.35425  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0542  putative endoribonuclease L-PSP  37.1 
 
 		 126 aa  77.4  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 127 aa  75.1  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1470  endoribonuclease L-PSP  35.9 
 
 		 129 aa  74.3  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  38.66 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4114  Endoribonuclease L-PSP  39.02 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4001  Endoribonuclease L-PSP  39.02 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 126 aa  72  0.000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  38.58 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  38.66 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05500  conserved hypothetical protein  34.75 
 
 		 156 aa  71.6  0.000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000381478  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1385  endoribonuclease L-PSP  31.06 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3399  endoribonuclease L-PSP  40.16 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000947362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  37.1 
 
 		 125 aa  70.5  0.000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04792  hypothetical protein  36.59 
 
 		 130 aa  70.1  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.598375  normal  0.0238785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  31.78 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  38.52 
 
 		 128 aa  68.6  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  40.68 
 
 		 124 aa  68.6  0.00000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  40.21 
 
 		 127 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  31.78 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  32.56 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1053  endoribonuclease L-PSP  39.06 
 
 		 127 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000107956 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  36.75 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 125 aa  67.8  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 131 aa  67  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0264  putative endoribonuclease L-PSP  38.02 
 
 		 122 aa  67  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 128 aa  66.6  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0106  endoribonuclease L-PSP  34.96 
 
 		 127 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1301  endoribonuclease L-PSP  33.85 
 
 		 130 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  31.78 
 
 		 131 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  31.01 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0357  putative endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00527339  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3641  endoribonuclease L-PSP family protein  39.34 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4615  Endoribonuclease L-PSP  29.13 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3633  putative endoribonuclease L-PSP  40.21 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280207  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0176  endoribonuclease L-PSP  33.88 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0812936  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3210  endoribonuclease L-PSP  38.28 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000188329  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0352  putative endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.249855  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  39.62 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0360  endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000617851 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  39.18 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1493  endoribonuclease L-PSP  36.07 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00156  Endoribonuclease L-PSP family protein  34.68 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2982  Endoribonuclease L-PSP  34.45 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3616  putative endoribonuclease L-PSP  39.18 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0327  putative endoribonuclease L-PSP  39.18 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701439  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0350  putative endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1672  Endoribonuclease L-PSP  32.76 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00181671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  37.38 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  31.01 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  31.01 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  31.01 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4440  endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.286195  normal  0.317631 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  32.77 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  34.48 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  30.43 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2029  putative endoribonuclease L-PSP  36.07 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0480857  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  34.45 
 
 		 124 aa  64.3  0.0000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  32.48 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 144 aa  64.3  0.0000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4669  Endoribonuclease L-PSP  30.89 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.570729 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3032  endoribonuclease L-PSP  35.77 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  37.14 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  37.14 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4365  endoribonuclease L-PSP  32.84 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3055  endoribonuclease L-PSP  26.61 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  35.9 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  37.14 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 140 aa  63.5  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  39.62 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 126 aa  63.5  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1847  endoribonuclease L-PSP, putative  31.5 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  39.18 
 
 		 127 aa  62.4  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3880  putative endoribonuclease L-PSP  37.38 
 
 		 127 aa  62.8  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.196354  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  32.28 
 
 		 129 aa  62  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0942  endoribonuclease L-PSP  29.23 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  37.11 
 
 		 127 aa  62.8  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  36.79 
 
 		 127 aa  62.8  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  37.84 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  37.25 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  34.75 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>