More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4440 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4440  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 142 aa  281  1.0000000000000001e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.286195  normal  0.317631 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2335  endoribonuclease L-PSP  57.6 
 
 		 127 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 129 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3052  endoribonuclease L-PSP  47.41 
 
 		 130 aa  106  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.66028 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  46.09 
 
 		 133 aa  102  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  47.54 
 
 		 128 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  46.72 
 
 		 129 aa  99.8  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2183  endoribonuclease L-PSP  46.09 
 
 		 122 aa  99.4  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.130021  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2229  endoribonuclease L-PSP  46.09 
 
 		 122 aa  99.4  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  44 
 
 		 128 aa  98.6  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2172  endoribonuclease L-PSP  45.31 
 
 		 122 aa  98.6  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.219438  hitchhiker  0.00143266 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2891  Endoribonuclease L-PSP  43.09 
 
 		 132 aa  97.8  4e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0848604  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 128 aa  97.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  46.77 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3942  endoribonuclease L-PSP  46.77 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5323  Endoribonuclease L-PSP  40.16 
 
 		 131 aa  94.4  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.154114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3991  Endoribonuclease L-PSP  43.8 
 
 		 129 aa  93.6  9e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79301  normal  0.524999 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2457  endoribonuclease L-PSP  43.2 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408607 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3029  endoribonuclease L-PSP  42.4 
 
 		 126 aa  92.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.409696 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  40.77 
 
 		 132 aa  91.3  4e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  43.2 
 
 		 127 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1223  YjgF family translation initiation inhibitor  43.55 
 
 		 124 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.871346  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  42.74 
 
 		 130 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1670  endoribonuclease L-PSP  40.32 
 
 		 131 aa  89.7  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.518746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3231  Endoribonuclease L-PSP  42.98 
 
 		 130 aa  89  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  44.26 
 
 		 129 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1439  endoribonuclease L-PSP  43.09 
 
 		 135 aa  88.2  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.534154  normal  0.776942 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12719  hypothetical protein  39.57 
 
 		 142 aa  87.8  5e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  43.2 
 
 		 128 aa  87.8  5e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0414  Endoribonuclease L-PSP  48.15 
 
 		 205 aa  84.7  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0954621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2884  endoribonuclease L-PSP  42.74 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2660  endoribonuclease L-PSP  40.32 
 
 		 124 aa  83.6  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.680061  normal  0.801183 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2862  endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 134 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.337398  normal  0.332588 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1773  Endoribonuclease L-PSP  38.14 
 
 		 118 aa  80.9  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00826992  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03180  conserved hypothetical protein  43.07 
 
 		 500 aa  80.9  0.000000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.305497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2263  endoribonuclease L-PSP  39.84 
 
 		 129 aa  79  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598957  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2374  endoribonuclease L-PSP  40.8 
 
 		 132 aa  78.2  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1302  endoribonuclease L-PSP  33.9 
 
 		 127 aa  77.8  0.00000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0172337  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1710  endoribonuclease L-PSP  34.43 
 
 		 121 aa  77  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3876  Endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 		 127 aa  76.6  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.873675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5724  Endoribonuclease L-PSP  39.37 
 
 		 131 aa  76.3  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4381  endoribonuclease L-PSP  40.65 
 
 		 127 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.901954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3547  hypothetical protein  36.36 
 
 		 113 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.7424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1528  endoribonuclease L-PSP  39.84 
 
 		 157 aa  74.7  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3461  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 125 aa  74.3  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  37.29 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3085  Endoribonuclease L-PSP  43.2 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000387773  hitchhiker  0.0000202811 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1345  Endoribonuclease L-PSP  31.36 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000129455 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1985  aldo/keto reductase family protein  40.8 
 
 		 480 aa  73.2  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.282882 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2914  hypothetical protein  37.6 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0283719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6914  endoribonuclease L-PSP  34.43 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1454  endoribonuclease L-PSP  35.25 
 
 		 121 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6374  endoribonuclease L-PSP  35.25 
 
 		 121 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0012  endoribonuclease L-PSP  40.5 
 
 		 124 aa  70.5  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  35.65 
 
 		 127 aa  68.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2372  endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.675716  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4692  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0668  endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3749  endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0521312  normal  0.178037 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1925  Endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1952  Endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4534  endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 128 aa  64.3  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.71514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5545  Endoribonuclease L-PSP  39.68 
 
 		 126 aa  63.5  0.0000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3517  endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 140 aa  62  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0961471  normal  0.31713 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2024  endoribonuclease L-PSP, putative  34.55 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  36.51 
 
 		 125 aa  61.6  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  38 
 
 		 127 aa  62  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0460  endoribonuclease L-PSP  35.64 
 
 		 140 aa  62  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 140 aa  61.6  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  41.96 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 131 aa  61.2  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0939  endoribonuclease L-PSP  34.74 
 
 		 125 aa  61.2  0.000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.445862  normal  0.428403 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3980  endoribonuclease L-PSP  35.29 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  36.75 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  36.54 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  33.03 
 
 		 125 aa  59.3  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  30.28 
 
 		 138 aa  58.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  34 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2169  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3167  endoribonuclease L-PSP  34 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.552067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  30.65 
 
 		 125 aa  57.8  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  33.65 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3184  endoribonuclease L-PSP, putative  36.84 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3051  endoribonuclease L-PSP  35.42 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0673  hypothetical protein  36.94 
 
 		 124 aa  57.4  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  36.21 
 
 		 128 aa  57.4  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  31.97 
 
 		 126 aa  57.4  0.00000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  37 
 
 		 126 aa  57.4  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00762  endoribonuclease L-PSP family protein  36.63 
 
 		 127 aa  57.4  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1982  Endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 119 aa  57  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.619306  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0237  hypothetical protein  33.07 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0910567  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2709  endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>