More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3876 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3876  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 127 aa  260  4e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.873675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2372  endoribonuclease L-PSP  75.59 
 
 		 127 aa  214  5e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.675716  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  46.03 
 
 		 128 aa  122  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  46.88 
 
 		 128 aa  122  2e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  46.4 
 
 		 133 aa  117  6e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2862  endoribonuclease L-PSP  42.4 
 
 		 134 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.337398  normal  0.332588 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  43.2 
 
 		 132 aa  109  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2374  endoribonuclease L-PSP  44.88 
 
 		 132 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2457  endoribonuclease L-PSP  47.58 
 
 		 133 aa  107  6e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408607 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1670  endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 131 aa  105  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.518746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12719  hypothetical protein  45.6 
 
 		 142 aa  103  5e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0904  hypothetical protein  45.97 
 
 		 204 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2369  endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 204 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.328969  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0722  putative endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 204 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0473257  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0736  putative endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 204 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2172  endoribonuclease L-PSP  46.77 
 
 		 122 aa  102  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.219438  hitchhiker  0.00143266 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0237  hypothetical protein  45.97 
 
 		 135 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0910567  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3231  Endoribonuclease L-PSP  42.4 
 
 		 130 aa  101  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2449  putative endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 135 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2709  endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 135 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1773  Endoribonuclease L-PSP  46.61 
 
 		 118 aa  100  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00826992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2183  endoribonuclease L-PSP  45.16 
 
 		 122 aa  99.8  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.130021  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2229  endoribonuclease L-PSP  45.16 
 
 		 122 aa  99.8  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0414  Endoribonuclease L-PSP  43.93 
 
 		 205 aa  97.8  4e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0954621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3942  endoribonuclease L-PSP  43.55 
 
 		 138 aa  98.2  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2891  Endoribonuclease L-PSP  41.46 
 
 		 132 aa  97.8  5e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0848604  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1454  endoribonuclease L-PSP  39.02 
 
 		 121 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6374  endoribonuclease L-PSP  39.02 
 
 		 121 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3991  Endoribonuclease L-PSP  41.94 
 
 		 129 aa  94  7e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79301  normal  0.524999 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1345  Endoribonuclease L-PSP  36.07 
 
 		 126 aa  93.6  8e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000129455 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6914  endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 132 aa  92.8  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5323  Endoribonuclease L-PSP  36.89 
 
 		 131 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.154114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1302  endoribonuclease L-PSP  36.07 
 
 		 127 aa  92.4  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0172337  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1439  endoribonuclease L-PSP  38.33 
 
 		 135 aa  89.4  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.534154  normal  0.776942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3547  hypothetical protein  43.69 
 
 		 113 aa  87  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.7424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1985  aldo/keto reductase family protein  42.5 
 
 		 480 aa  86.3  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.282882 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1710  endoribonuclease L-PSP  34.96 
 
 		 121 aa  86.3  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3052  endoribonuclease L-PSP  40.52 
 
 		 130 aa  84.7  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.66028 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3085  Endoribonuclease L-PSP  35.54 
 
 		 129 aa  79.7  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000387773  hitchhiker  0.0000202811 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2335  endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5724  Endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2914  hypothetical protein  34.96 
 
 		 135 aa  77.8  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0283719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4440  endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 		 142 aa  77  0.00000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.286195  normal  0.317631 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 		 129 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  36.29 
 
 		 129 aa  74.7  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4381  endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 127 aa  73.6  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.901954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0935  Endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 135 aa  72  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.013115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4692  endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  37.1 
 
 		 128 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2660  endoribonuclease L-PSP  37.19 
 
 		 124 aa  71.2  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.680061  normal  0.801183 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 129 aa  71.6  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1524  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 121 aa  70.5  0.000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.348757  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  33.87 
 
 		 128 aa  70.1  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3029  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 126 aa  68.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.409696 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 124 aa  68.6  0.00000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  29.01 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4894  endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.657922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5545  Endoribonuclease L-PSP  36.89 
 
 		 126 aa  67  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1223  YjgF family translation initiation inhibitor  34.71 
 
 		 124 aa  67  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.871346  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2884  endoribonuclease L-PSP  34.71 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2367  Endoribonuclease L-PSP  32.11 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.308002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  30 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  30 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  31.07 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  31.4 
 
 		 133 aa  64.3  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2046  L-PSP family endoribonuclease  28.44 
 
 		 136 aa  63.9  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 124 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3267  endoribonuclease L-PSP  30.28 
 
 		 138 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.431089  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0045  endoribonuclease L-PSP, putative  29.09 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7869  Endoribonuclease L-PSP  37.86 
 
 		 134 aa  63.5  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.228688 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5405  endoribonuclease L-PSP  29.36 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0585911 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  29.09 
 
 		 124 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6178  hypothetical protein  30.28 
 
 		 140 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71200  YjgF family translation initiation inhibitor  30.28 
 
 		 140 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  33.87 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 124 aa  62.4  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0836  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.496581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  28.18 
 
 		 124 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3465  hypothetical protein  31.19 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.589893 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3749  endoribonuclease L-PSP  34.43 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0521312  normal  0.178037 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6043  endoribonuclease L-PSP  31.19 
 
 		 145 aa  62  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0143152  hitchhiker  0.000408683 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 140 aa  61.6  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  32.73 
 
 		 124 aa  61.6  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  31.82 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  28.44 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2499  endoribonuclease L-PSP  29.92 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>