More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1524 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1524  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 121 aa  244  3e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.348757  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5545  Endoribonuclease L-PSP  55 
 
 		 126 aa  132  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3749  endoribonuclease L-PSP  50.81 
 
 		 137 aa  120  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0521312  normal  0.178037 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3029  endoribonuclease L-PSP  51.61 
 
 		 126 aa  110  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.409696 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1528  endoribonuclease L-PSP  47.11 
 
 		 157 aa  106  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2884  endoribonuclease L-PSP  46.72 
 
 		 124 aa  103  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2263  endoribonuclease L-PSP  43.9 
 
 		 129 aa  103  9e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598957  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1223  YjgF family translation initiation inhibitor  46.72 
 
 		 124 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.871346  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2660  endoribonuclease L-PSP  48.36 
 
 		 124 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.680061  normal  0.801183 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2172  endoribonuclease L-PSP  49.09 
 
 		 122 aa  101  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.219438  hitchhiker  0.00143266 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2183  endoribonuclease L-PSP  47.27 
 
 		 122 aa  99  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.130021  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2229  endoribonuclease L-PSP  47.27 
 
 		 122 aa  99  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12719  hypothetical protein  47.32 
 
 		 142 aa  98.2  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4381  endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 127 aa  98.2  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.901954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1925  Endoribonuclease L-PSP  39.02 
 
 		 127 aa  97.8  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1952  Endoribonuclease L-PSP  38.21 
 
 		 127 aa  97.4  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3942  endoribonuclease L-PSP  47.79 
 
 		 138 aa  97.4  6e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  45.16 
 
 		 129 aa  95.9  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0012  endoribonuclease L-PSP  43.8 
 
 		 124 aa  94  7e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  41.94 
 
 		 129 aa  93.2  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  43.55 
 
 		 128 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1454  endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 121 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6374  endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 121 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  43.8 
 
 		 126 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2457  endoribonuclease L-PSP  47.41 
 
 		 133 aa  85.1  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  40.32 
 
 		 129 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  42.74 
 
 		 128 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6914  endoribonuclease L-PSP  38.26 
 
 		 132 aa  83.6  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  42.4 
 
 		 128 aa  83.6  9e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  41.32 
 
 		 130 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4692  endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  36.07 
 
 		 132 aa  75.9  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1710  endoribonuclease L-PSP  36.73 
 
 		 121 aa  75.1  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2891  Endoribonuclease L-PSP  40.8 
 
 		 132 aa  75.1  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0848604  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  35.54 
 
 		 133 aa  74.3  0.0000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2886  Endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 114 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4921  endoribonuclease L-PSP  39.67 
 
 		 115 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2374  endoribonuclease L-PSP  42.52 
 
 		 132 aa  73.2  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3231  Endoribonuclease L-PSP  36.8 
 
 		 130 aa  73.2  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2626  Endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 114 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.658895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3876  Endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 127 aa  70.5  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.873675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3991  Endoribonuclease L-PSP  38.52 
 
 		 129 aa  69.7  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79301  normal  0.524999 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  33.86 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3461  endoribonuclease L-PSP  37.1 
 
 		 125 aa  68.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2942  endoribonuclease L-PSP  40.68 
 
 		 142 aa  67.8  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.112129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4948  Endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 115 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2936  hypothetical protein  36.97 
 
 		 113 aa  66.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1773  Endoribonuclease L-PSP  38.98 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00826992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2376  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 114 aa  66.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.337804  normal  0.72291 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2914  hypothetical protein  40.5 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0283719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2372  endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.675716  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3517  endoribonuclease L-PSP  29.75 
 
 		 140 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0961471  normal  0.31713 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4550  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 127 aa  63.5  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6378  Endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 114 aa  62.8  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0807375  normal  0.458934 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5724  Endoribonuclease L-PSP  35.77 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  34.58 
 
 		 125 aa  62  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1439  endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 135 aa  62  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.534154  normal  0.776942 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  34.86 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2737  putative ssRNA endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 115 aa  61.6  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1302  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 127 aa  61.2  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0172337  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  31.78 
 
 		 136 aa  61.2  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2862  endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.337398  normal  0.332588 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0334  endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 114 aa  60.8  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2335  endoribonuclease L-PSP  32.26 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4502  Endoribonuclease L-PSP  34.15 
 
 		 119 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.654756 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1395  endoribonuclease L-PSP  35.78 
 
 		 115 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 131 aa  60.1  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  32.71 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4773  putative endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 130 aa  59.7  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.091821  normal  0.524756 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2759  hypothetical protein  33.87 
 
 		 119 aa  59.7  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  33.65 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 144 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  33.03 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  29.91 
 
 		 124 aa  58.2  0.00000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  30.28 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0809  endoribonuclease L-PSP  33.05 
 
 		 115 aa  58.2  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0969  endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401025  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4019  endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.658483  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5927  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0894752  normal  0.145489 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1345  Endoribonuclease L-PSP  29.17 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000129455 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0387  endoribonuclease L-PSP  32.71 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000500244 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  29.6 
 
 		 126 aa  57.4  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5680  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.979461  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1663  Endoribonuclease L-PSP  33.03 
 
 		 140 aa  57  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0414  Endoribonuclease L-PSP  33.96 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0954621  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0992  hypothetical protein  30.77 
 
 		 114 aa  56.6  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0063  endoribonuclease L-PSP  33.88 
 
 		 117 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.819868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2672  hypothetical protein  32.79 
 
 		 116 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.35779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6623  Endoribonuclease L-PSP  32.38 
 
 		 129 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.808088  normal  0.892457 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0031  endoribonuclease L-PSP  35.58 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0934  endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.989038  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  30.28 
 
 		 125 aa  56.2  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0376  Endoribonuclease L-PSP  31.53 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0463  endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.97811  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2280  endoribonuclease L-PSP  35.09 
 
 		 132 aa  56.2  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0460  endoribonuclease L-PSP  27.87 
 
 		 140 aa  55.8  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6248  translation initiation inhibitor  32 
 
 		 128 aa  55.1  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>