More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4550 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 128 aa  258  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  92.19 
 
 		 129 aa  243  8e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  84.38 
 
 		 128 aa  226  8e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  82.03 
 
 		 129 aa  219  8e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  80.47 
 
 		 129 aa  214  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  63.2 
 
 		 127 aa  170  5.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3029  endoribonuclease L-PSP  64.29 
 
 		 126 aa  166  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.409696 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  65.57 
 
 		 126 aa  165  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  63.11 
 
 		 130 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1223  YjgF family translation initiation inhibitor  66.12 
 
 		 124 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.871346  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2884  endoribonuclease L-PSP  65.29 
 
 		 124 aa  156  9e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2660  endoribonuclease L-PSP  63.87 
 
 		 124 aa  152  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.680061  normal  0.801183 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4381  endoribonuclease L-PSP  61.42 
 
 		 127 aa  148  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.901954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2263  endoribonuclease L-PSP  55.47 
 
 		 129 aa  142  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598957  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0012  endoribonuclease L-PSP  59.68 
 
 		 124 aa  140  8e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3461  endoribonuclease L-PSP  52.46 
 
 		 125 aa  130  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3749  endoribonuclease L-PSP  53.23 
 
 		 137 aa  129  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0521312  normal  0.178037 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1925  Endoribonuclease L-PSP  46.09 
 
 		 127 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1952  Endoribonuclease L-PSP  45.31 
 
 		 127 aa  128  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1528  endoribonuclease L-PSP  49.61 
 
 		 157 aa  128  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5545  Endoribonuclease L-PSP  51.61 
 
 		 126 aa  127  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4440  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 142 aa  105  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.286195  normal  0.317631 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2335  endoribonuclease L-PSP  42.74 
 
 		 127 aa  98.6  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4692  endoribonuclease L-PSP  45.16 
 
 		 126 aa  93.6  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  41.94 
 
 		 128 aa  92.8  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1524  endoribonuclease L-PSP  42.74 
 
 		 121 aa  92  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.348757  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3231  Endoribonuclease L-PSP  42.61 
 
 		 130 aa  91.7  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2891  Endoribonuclease L-PSP  42.4 
 
 		 132 aa  91.3  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0848604  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6914  endoribonuclease L-PSP  41.13 
 
 		 132 aa  89.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1454  endoribonuclease L-PSP  40.32 
 
 		 121 aa  89.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6374  endoribonuclease L-PSP  40.32 
 
 		 121 aa  89.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2942  endoribonuclease L-PSP  46.4 
 
 		 142 aa  89.4  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.112129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3942  endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3991  Endoribonuclease L-PSP  37.9 
 
 		 129 aa  86.3  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79301  normal  0.524999 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3052  endoribonuclease L-PSP  43.1 
 
 		 130 aa  86.7  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.66028 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2172  endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 		 122 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.219438  hitchhiker  0.00143266 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12719  hypothetical protein  40.16 
 
 		 142 aa  84.7  4e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1591  endoribonuclease L-PSP  40.5 
 
 		 140 aa  84.7  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1985  aldo/keto reductase family protein  43.9 
 
 		 480 aa  84.3  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.282882 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2229  endoribonuclease L-PSP  39.37 
 
 		 122 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2183  endoribonuclease L-PSP  39.37 
 
 		 122 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.130021  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  37.9 
 
 		 133 aa  82.4  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1710  endoribonuclease L-PSP  37.1 
 
 		 121 aa  80.9  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3085  Endoribonuclease L-PSP  41.18 
 
 		 129 aa  79.3  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000387773  hitchhiker  0.0000202811 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5724  Endoribonuclease L-PSP  39.67 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3517  endoribonuclease L-PSP  39.67 
 
 		 140 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0961471  normal  0.31713 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3167  endoribonuclease L-PSP  38.02 
 
 		 140 aa  77.8  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.552067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2457  endoribonuclease L-PSP  41.8 
 
 		 133 aa  78.2  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408607 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0460  endoribonuclease L-PSP  37.19 
 
 		 140 aa  78.2  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  36.44 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1439  endoribonuclease L-PSP  37.6 
 
 		 135 aa  75.9  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.534154  normal  0.776942 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1839  endoribonuclease L-PSP  36.8 
 
 		 140 aa  75.9  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3876  Endoribonuclease L-PSP  37.1 
 
 		 127 aa  75.1  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.873675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5323  Endoribonuclease L-PSP  36.59 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.154114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1345  Endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 126 aa  73.9  0.0000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000129455 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1302  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 127 aa  73.9  0.0000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0172337  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3762  endoribonuclease L-PSP  38.02 
 
 		 140 aa  73.2  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.264778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 128 aa  71.6  0.000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0871  putative endoribonuclease L-PSP  38.26 
 
 		 150 aa  71.6  0.000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0915568  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2914  hypothetical protein  35.54 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0283719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2374  endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 		 132 aa  70.1  0.000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03180  conserved hypothetical protein  39.26 
 
 		 500 aa  68.9  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.305497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1773  Endoribonuclease L-PSP  36.21 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00826992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2372  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 127 aa  67.8  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.675716  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0376  Endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 149 aa  67.4  0.00000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2605  endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 126 aa  67  0.00000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.615726  normal  0.989955 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0443  endoribonuclease L-PSP  36.79 
 
 		 139 aa  67  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  41.84 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1672  Endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 130 aa  65.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00181671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  34.15 
 
 		 143 aa  65.1  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2862  endoribonuclease L-PSP  33.86 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.337398  normal  0.332588 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2388  endoribonuclease L-PSP  36.79 
 
 		 145 aa  64.7  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  35.85 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1670  endoribonuclease L-PSP  34.4 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.518746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1855  endoribonuclease L-PSP  36.11 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.570502  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  38.24 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1982  Endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 119 aa  63.5  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.619306  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2046  L-PSP family endoribonuclease  32.08 
 
 		 136 aa  63.5  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1433  Endoribonuclease L-PSP  33.91 
 
 		 132 aa  62.8  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.652248  normal  0.596243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2200  endoribonuclease L-PSP  35.85 
 
 		 138 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162776  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3574  endoribonuclease L-PSP  35.85 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  29.84 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02014  hypothetical protein  34.4 
 
 		 130 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6129  endoribonuclease L-PSP  34.86 
 
 		 117 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.409916  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1171  endoribonuclease L-PSP  34.19 
 
 		 136 aa  62.4  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 129 aa  62  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1726  endoribonuclease L-PSP  37.19 
 
 		 126 aa  62  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.622366 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3558  hypothetical protein  36.47 
 
 		 129 aa  62  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3169  endoribonuclease L-PSP  34.4 
 
 		 130 aa  62  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00329207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2347  endoribonuclease L-PSP  34.91 
 
 		 138 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977249 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4669  Endoribonuclease L-PSP  37.65 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.570729 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  30.16 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3456  endoribonuclease L-PSP  34.31 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.962591  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0414  Endoribonuclease L-PSP  36.27 
 
 		 205 aa  61.2  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0954621  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1663  Endoribonuclease L-PSP  37.38 
 
 		 140 aa  60.8  0.000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1266  hypothetical protein  36.36 
 
 		 131 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  35.43 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0935  Endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.013115  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>