More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4213 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 137 aa  284  2e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1171  endoribonuclease L-PSP  44.44 
 
 		 136 aa  122  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0443  endoribonuclease L-PSP  35.04 
 
 		 139 aa  83.6  9e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5405  endoribonuclease L-PSP  37.59 
 
 		 149 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0585911 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2046  L-PSP family endoribonuclease  34.59 
 
 		 136 aa  82.8  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  37.61 
 
 		 402 aa  82  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 138 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  39.66 
 
 		 124 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5674  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 145 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.171739  normal  0.201016 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 124 aa  82  0.000000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2388  endoribonuclease L-PSP  35.56 
 
 		 145 aa  81.3  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6423  endoribonuclease L-PSP  36.09 
 
 		 145 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7080  endoribonuclease L-PSP  36.09 
 
 		 145 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  39.83 
 
 		 129 aa  80.9  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 124 aa  80.1  0.000000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6178  hypothetical protein  37.59 
 
 		 140 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71200  YjgF family translation initiation inhibitor  37.59 
 
 		 140 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6992  endoribonuclease L-PSP  36.09 
 
 		 145 aa  79.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.615821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3267  endoribonuclease L-PSP  36.09 
 
 		 138 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.431089  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3574  endoribonuclease L-PSP  34.59 
 
 		 130 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5488  endoribonuclease L-PSP  39.64 
 
 		 140 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.236112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2200  endoribonuclease L-PSP  34.59 
 
 		 138 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3572  endoribonuclease L-PSP  39.64 
 
 		 140 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.800436  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4795  endoribonuclease L-PSP  39.64 
 
 		 140 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0915  endoribonuclease L-PSP  38.74 
 
 		 140 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  34.45 
 
 		 128 aa  76.3  0.0000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 129 aa  76.6  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3465  hypothetical protein  35.34 
 
 		 145 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.589893 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3031  endoribonuclease L-PSP  34.59 
 
 		 144 aa  76.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00544929  normal  0.808496 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2367  Endoribonuclease L-PSP  34.59 
 
 		 145 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.308002  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0376  Endoribonuclease L-PSP  36.09 
 
 		 149 aa  75.9  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4587  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0320417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4700  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 136 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  37.93 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2347  endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 		 138 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977249 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6043  endoribonuclease L-PSP  33.83 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0143152  hitchhiker  0.000408683 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4894  endoribonuclease L-PSP  30.65 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.657922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  38.14 
 
 		 130 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  35.65 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2337  putative endoribonuclease L-PSP  38 
 
 		 127 aa  73.6  0.0000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394631 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  35.65 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  35.65 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  35.65 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  35.65 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  35.65 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  35.65 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0045  endoribonuclease L-PSP, putative  35.65 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2891  Endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 132 aa  72  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0848604  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  31.54 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  35.65 
 
 		 124 aa  72  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  34.78 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1148  2-aminomuconate deaminase  37.5 
 
 		 145 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  38.06 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  35.09 
 
 		 128 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  34.78 
 
 		 124 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  33.83 
 
 		 135 aa  70.9  0.000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  27.61 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0836  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.496581  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  28.68 
 
 		 131 aa  70.1  0.000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4178  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 136 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  41.59 
 
 		 128 aa  70.1  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06141  YjgF family translation initiation inhibitor  31.11 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.617188  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  37.21 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 126 aa  70.1  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  28.68 
 
 		 131 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3938  Endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 133 aa  68.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.014328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  32.17 
 
 		 127 aa  68.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  35.29 
 
 		 132 aa  68.9  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  33.88 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  39.66 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1118  endoribonuclease L-PSP  40.52 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.140871  normal  0.1168 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  30.16 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  28.68 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2374  endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  28.68 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  28.79 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  32.48 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  68.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0877  YjgF-like protein  39.32 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  28.79 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 128 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  27.91 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  29.46 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  40.17 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  33.98 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  32.81 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  34.51 
 
 		 125 aa  67.8  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0234  Endoribonuclease L-PSP  36.21 
 
 		 118 aa  67.8  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5138  endoribonuclease L-PSP  34.75 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0310879 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  32.17 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  32.17 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  29.79 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  41.74 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1053  L-PSP family endoribonuclease  33.85 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0450372  normal  0.0141038 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0604  endoribonuclease L-PSP  33.85 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.312968  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0543  L-PSP family endoribonuclease  33.85 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1847  endoribonuclease L-PSP, putative  37.72 
 
 		 126 aa  67  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0733  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 128 aa  67  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  38 
 
 		 126 aa  67  0.00000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>