More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4178 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4178  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 136 aa  278  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4700  endoribonuclease L-PSP  98.53 
 
 		 136 aa  271  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5488  endoribonuclease L-PSP  88.81 
 
 		 140 aa  244  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.236112 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3572  endoribonuclease L-PSP  88.81 
 
 		 140 aa  244  4e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.800436  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4795  endoribonuclease L-PSP  88.81 
 
 		 140 aa  244  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0915  endoribonuclease L-PSP  87.31 
 
 		 140 aa  240  6e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  36.92 
 
 		 131 aa  93.2  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3938  Endoribonuclease L-PSP  38.4 
 
 		 133 aa  91.3  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.014328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  35.43 
 
 		 133 aa  86.3  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2159  Endoribonuclease L-PSP  38.81 
 
 		 137 aa  85.1  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.741048 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  37.5 
 
 		 402 aa  83.6  9e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  35.77 
 
 		 131 aa  83.6  9e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  34.96 
 
 		 131 aa  82  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  38.33 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  34.15 
 
 		 131 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7869  Endoribonuclease L-PSP  40.68 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.228688 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  34.96 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1171  endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 136 aa  80.1  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468535  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2099  endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 		 394 aa  79.7  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0409826  normal  0.132893 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  34.96 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  34.15 
 
 		 131 aa  77.4  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 131 aa  76.6  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 131 aa  76.6  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4587  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0320417  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  33.87 
 
 		 132 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 		 128 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 135 aa  74.3  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2269  Endoribonuclease L-PSP  35.59 
 
 		 139 aa  73.9  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.420653 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  39 
 
 		 128 aa  73.6  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  33.87 
 
 		 128 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4917  Endoribonuclease L-PSP  41.41 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.51623  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2374  endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 132 aa  73.2  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0304  Endoribonuclease L-PSP  37.59 
 
 		 143 aa  73.2  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.4542  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2499  endoribonuclease L-PSP  38.05 
 
 		 127 aa  71.2  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  32.26 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 137 aa  70.1  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  37.6 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0604  endoribonuclease L-PSP  35.29 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.312968  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1053  L-PSP family endoribonuclease  35.29 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0450372  normal  0.0141038 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0543  L-PSP family endoribonuclease  35.29 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  37.01 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  32.79 
 
 		 125 aa  69.3  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1118  endoribonuclease L-PSP  36.76 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.140871  normal  0.1168 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  32.26 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  35.2 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 126 aa  68.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3922  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2605  endoribonuclease L-PSP  35.04 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.615726  normal  0.989955 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  29.41 
 
 		 132 aa  67.4  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2009  endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 143 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.673939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  33.85 
 
 		 127 aa  67  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 128 aa  67  0.00000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  33.88 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0720  endoribonuclease L-PSP  36.97 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181894  hitchhiker  0.000000890707 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3101  Endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281845  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0566  endoribonuclease L-PSP, putative  36.97 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2738  endoribonuclease L-PSP  35.11 
 
 		 134 aa  65.5  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.122458  normal  0.0788875 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  32.28 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2314  YjgF-like protein  30.97 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  31.97 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 150 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 127 aa  64.3  0.0000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  34.19 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0508  endoribonuclease L-PSP  31.93 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000880426 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0493  endoribonuclease L-PSP  31.93 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 124 aa  63.9  0.0000000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  37.01 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  36.67 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4584  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0241713  unclonable  0.0000000230833 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  36.44 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  33.03 
 
 		 129 aa  63.5  0.0000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  33.86 
 
 		 124 aa  63.5  0.0000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  29.77 
 
 		 138 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1554  putative endoribonuclease L-PSP  37.9 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1821  endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.623023  normal  0.012204 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2891  Endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0848604  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2231  endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 131 aa  63.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4240  endoribonuclease L-PSP  36.72 
 
 		 136 aa  63.2  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.209705 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4748  endoribonuclease L-PSP  32.03 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0742897  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0362  putative endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  37.01 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1200  Endoribonuclease L-PSP  35.78 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3980  endoribonuclease L-PSP  32.79 
 
 		 129 aa  62.4  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4974  putative endoribonuclease L-PSP  30.25 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 127 aa  62.4  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0836  endoribonuclease L-PSP  34.48 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.496581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  35.29 
 
 		 127 aa  62.4  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  34.43 
 
 		 129 aa  62.4  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4840  Endoribonuclease L-PSP  35.9 
 
 		 130 aa  62  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  35.25 
 
 		 128 aa  62  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  34.51 
 
 		 125 aa  62  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2066  Endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.582697  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  30.97 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5521  Endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.174544 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  34.48 
 
 		 132 aa  62  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  31.4 
 
 		 129 aa  62  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9111  endoribonuclease L-PSP  31.01 
 
 		 140 aa  62  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>