212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0012 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0012  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 124 aa  249  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2660  endoribonuclease L-PSP  69.92 
 
 		 124 aa  184  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.680061  normal  0.801183 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1223  YjgF family translation initiation inhibitor  68.29 
 
 		 124 aa  177  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.871346  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2884  endoribonuclease L-PSP  68.29 
 
 		 124 aa  177  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3029  endoribonuclease L-PSP  61.67 
 
 		 126 aa  160  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.409696 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3461  endoribonuclease L-PSP  55.65 
 
 		 125 aa  150  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4381  endoribonuclease L-PSP  61.16 
 
 		 127 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.901954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  59.35 
 
 		 128 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  59.35 
 
 		 129 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  56.91 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  58.54 
 
 		 129 aa  136  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  59.68 
 
 		 128 aa  133  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  59.17 
 
 		 126 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  53.72 
 
 		 130 aa  120  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  53.72 
 
 		 127 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1528  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 157 aa  119  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2263  endoribonuclease L-PSP  49.18 
 
 		 129 aa  116  9e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598957  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1925  Endoribonuclease L-PSP  43.44 
 
 		 127 aa  113  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1952  Endoribonuclease L-PSP  42.62 
 
 		 127 aa  113  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3749  endoribonuclease L-PSP  48.36 
 
 		 137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0521312  normal  0.178037 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5545  Endoribonuclease L-PSP  47.58 
 
 		 126 aa  111  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1524  endoribonuclease L-PSP  43.8 
 
 		 121 aa  94  7e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.348757  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4692  endoribonuclease L-PSP  43.33 
 
 		 126 aa  91.7  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3942  endoribonuclease L-PSP  48.74 
 
 		 138 aa  89.7  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3991  Endoribonuclease L-PSP  37.6 
 
 		 129 aa  85.9  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79301  normal  0.524999 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3231  Endoribonuclease L-PSP  40.65 
 
 		 130 aa  84.7  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  43.44 
 
 		 128 aa  84  7e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2891  Endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0848604  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2914  hypothetical protein  39.02 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0283719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1454  endoribonuclease L-PSP  40.65 
 
 		 121 aa  78.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6374  endoribonuclease L-PSP  40.65 
 
 		 121 aa  78.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1439  endoribonuclease L-PSP  38.52 
 
 		 135 aa  78.2  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.534154  normal  0.776942 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12719  hypothetical protein  42.5 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3085  Endoribonuclease L-PSP  41.32 
 
 		 129 aa  77.4  0.00000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000387773  hitchhiker  0.0000202811 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2335  endoribonuclease L-PSP  43.55 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6914  endoribonuclease L-PSP  41.46 
 
 		 132 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  40.5 
 
 		 133 aa  75.1  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3167  endoribonuclease L-PSP  35.54 
 
 		 140 aa  74.7  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.552067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2457  endoribonuclease L-PSP  44.63 
 
 		 133 aa  74.7  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408607 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3517  endoribonuclease L-PSP  34.71 
 
 		 140 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0961471  normal  0.31713 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5724  Endoribonuclease L-PSP  36.8 
 
 		 131 aa  73.6  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1591  endoribonuclease L-PSP  35.54 
 
 		 140 aa  73.2  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2183  endoribonuclease L-PSP  38.98 
 
 		 122 aa  72  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.130021  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2229  endoribonuclease L-PSP  38.98 
 
 		 122 aa  72  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2942  endoribonuclease L-PSP  41.46 
 
 		 142 aa  72.8  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.112129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2172  endoribonuclease L-PSP  39.83 
 
 		 122 aa  72.8  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.219438  hitchhiker  0.00143266 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4440  endoribonuclease L-PSP  40.5 
 
 		 142 aa  70.9  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.286195  normal  0.317631 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0460  endoribonuclease L-PSP  32.23 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3762  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 140 aa  68.2  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.264778  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03180  conserved hypothetical protein  39.69 
 
 		 500 aa  68.2  0.00000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.305497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1710  endoribonuclease L-PSP  39.05 
 
 		 121 aa  67.4  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1839  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 140 aa  66.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3052  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 130 aa  65.9  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.66028 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  34.4 
 
 		 132 aa  65.1  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1855  endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 141 aa  62.8  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.570502  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2374  endoribonuclease L-PSP  41.27 
 
 		 132 aa  61.2  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3876  Endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 127 aa  60.5  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.873675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0871  putative endoribonuclease L-PSP  39.25 
 
 		 150 aa  60.1  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0915568  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4466  endoribonuclease L-PSP  39.6 
 
 		 134 aa  58.2  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136863 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2280  endoribonuclease L-PSP  37.17 
 
 		 132 aa  57.4  0.00000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5323  Endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 131 aa  57  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.154114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1302  endoribonuclease L-PSP  32.8 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0172337  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2117  Endoribonuclease L-PSP  34.51 
 
 		 137 aa  56.2  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.413824 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1773  Endoribonuclease L-PSP  37.07 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00826992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2372  endoribonuclease L-PSP  32.26 
 
 		 127 aa  56.6  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.675716  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5043  Endoribonuclease L-PSP  37.17 
 
 		 132 aa  56.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0414  Endoribonuclease L-PSP  38.24 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0954621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  33.87 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_003296  RS02014  hypothetical protein  38.05 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4057  YjgF family translation inhibitor  30.28 
 
 		 128 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.655653 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1663  Endoribonuclease L-PSP  37.04 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0642  Endoribonuclease L-PSP  30.28 
 
 		 128 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.297456 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1985  aldo/keto reductase family protein  37.9 
 
 		 480 aa  55.1  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.282882 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0443  endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 139 aa  54.7  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4897  putative endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 129 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2388  endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 145 aa  53.9  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1345  Endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 126 aa  53.9  0.0000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000129455 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4074  endoribonuclease L-PSP  36.28 
 
 		 132 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 138 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1220  endoribonuclease L-PSP  32.8 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000020508  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2605  endoribonuclease L-PSP  33.88 
 
 		 126 aa  53.5  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.615726  normal  0.989955 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1385  endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 132 aa  53.5  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  32.76 
 
 		 133 aa  52.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3130  Endoribonuclease L-PSP  34.51 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2046  L-PSP family endoribonuclease  32.08 
 
 		 136 aa  52.8  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0552  endoribonuclease L-PSP  30.91 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.897554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0090  endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 130 aa  52.8  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0741494  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3169  endoribonuclease L-PSP  36.28 
 
 		 130 aa  52  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00329207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  33.62 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3951  Endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0816657 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3838  Endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.481327 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2689  endoribonuclease L-PSP  34.51 
 
 		 130 aa  51.6  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0734  endoribonuclease L-PSP, putative  26.61 
 
 		 133 aa  51.2  0.000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2865  endoribonuclease L-PSP  32.76 
 
 		 133 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0367  endoribonuclease L-PSP  29.36 
 
 		 128 aa  50.4  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0031  endoribonuclease L-PSP  34.91 
 
 		 135 aa  50.4  0.000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1589  endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 		 130 aa  50.4  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  hitchhiker  0.00909657 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 127 aa  49.7  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0156  endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 		 126 aa  49.7  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3623  endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 131 aa  49.7  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.450254 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>