272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2924 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 133 aa  268  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2865  endoribonuclease L-PSP  84.96 
 
 		 133 aa  219  8e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  84.96 
 
 		 133 aa  219  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4466  endoribonuclease L-PSP  48.51 
 
 		 134 aa  130  9e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136863 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5043  Endoribonuclease L-PSP  46.92 
 
 		 132 aa  129  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2178  endoribonuclease L-PSP  45.86 
 
 		 136 aa  128  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5093  endoribonuclease L-PSP  47.69 
 
 		 132 aa  126  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2196  endoribonuclease L-PSP  44.78 
 
 		 137 aa  126  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0707908  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2689  endoribonuclease L-PSP  46.21 
 
 		 130 aa  125  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2280  endoribonuclease L-PSP  44.27 
 
 		 132 aa  125  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2480  endoribonuclease L-PSP  44.19 
 
 		 131 aa  122  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0498  endoribonuclease L-PSP  47.33 
 
 		 130 aa  122  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0754281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3623  endoribonuclease L-PSP  44.53 
 
 		 131 aa  121  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.450254 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2117  Endoribonuclease L-PSP  43.08 
 
 		 137 aa  121  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.413824 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4018  endoribonuclease L-PSP  41.54 
 
 		 131 aa  120  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.693135  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0587  endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 131 aa  120  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02014  hypothetical protein  45.04 
 
 		 130 aa  114  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3169  endoribonuclease L-PSP  43.51 
 
 		 130 aa  113  7.999999999999999e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00329207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3838  Endoribonuclease L-PSP  44.27 
 
 		 130 aa  111  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.481327 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3951  Endoribonuclease L-PSP  44.27 
 
 		 130 aa  111  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0816657 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0276  putative aerobic 2-aminobenzoate  42.31 
 
 		 131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3130  Endoribonuclease L-PSP  41.98 
 
 		 131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7162  Endoribonuclease L-PSP  42.31 
 
 		 131 aa  107  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0743912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0823  endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 130 aa  106  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4884  Endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 142 aa  105  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0746987 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4074  endoribonuclease L-PSP  43.41 
 
 		 132 aa  104  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1589  endoribonuclease L-PSP  39.69 
 
 		 130 aa  104  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  hitchhiker  0.00909657 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2231  endoribonuclease L-PSP  36.92 
 
 		 131 aa  102  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1200  Endoribonuclease L-PSP  43.41 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1330  endoribonuclease L-PSP  36.43 
 
 		 134 aa  98.6  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.805737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2689  hypothetical protein  38.93 
 
 		 148 aa  96.3  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980036 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3501  hypothetical protein  31.54 
 
 		 132 aa  83.6  8e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.987985  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1397  Endoribonuclease L-PSP  36.43 
 
 		 176 aa  81.3  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.492198  decreased coverage  0.000402676 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2159  Endoribonuclease L-PSP  38.52 
 
 		 137 aa  76.3  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.741048 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5521  Endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.174544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 129 aa  65.1  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  36.22 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5545  Endoribonuclease L-PSP  31.75 
 
 		 126 aa  63.5  0.0000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  34.17 
 
 		 129 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1188  endoribonuclease L-PSP  34.01 
 
 		 175 aa  61.6  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2914  Endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000821115  hitchhiker  0.0000516213 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0304  Endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 		 143 aa  60.8  0.000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.4542  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1925  Endoribonuclease L-PSP  33.62 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6288  Endoribonuclease L-PSP  31.97 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.296656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1952  Endoribonuclease L-PSP  32.76 
 
 		 127 aa  60.5  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1385  endoribonuclease L-PSP  31.01 
 
 		 132 aa  60.1  0.000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  31.67 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3749  endoribonuclease L-PSP  36.04 
 
 		 137 aa  59.7  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0521312  normal  0.178037 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 127 aa  58.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  34.17 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  31.75 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2176  endoribonuclease L-PSP  28.68 
 
 		 151 aa  58.5  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.589076  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1528  endoribonuclease L-PSP  31.09 
 
 		 157 aa  57.4  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  35.38 
 
 		 127 aa  57.4  0.00000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2263  endoribonuclease L-PSP  32.17 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598957  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0684  Endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  32.52 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34570  putative translation initiation inhibitor, yjgF family  34.33 
 
 		 136 aa  55.8  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00491284  normal  0.846357 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 137 aa  55.5  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1855  endoribonuclease L-PSP  32.71 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.570502  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0012  endoribonuclease L-PSP  33.62 
 
 		 124 aa  55.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1663  endoribonuclease L-PSP  27.27 
 
 		 142 aa  55.8  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2820  Endoribonuclease L-PSP  34.85 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678255  normal  0.631668 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2172  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.219438  hitchhiker  0.00143266 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  31.67 
 
 		 129 aa  55.1  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2156  Endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.17424 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4381  endoribonuclease L-PSP  34.71 
 
 		 127 aa  53.9  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.901954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2660  endoribonuclease L-PSP  34.48 
 
 		 124 aa  53.9  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.680061  normal  0.801183 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5403  Endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 129 aa  53.5  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.411784  normal  0.0560787 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1223  YjgF family translation initiation inhibitor  34.48 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.871346  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  26.89 
 
 		 136 aa  53.1  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1470  endoribonuclease L-PSP  31.78 
 
 		 129 aa  53.5  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2183  endoribonuclease L-PSP  32.48 
 
 		 122 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.130021  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2229  endoribonuclease L-PSP  32.48 
 
 		 122 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3401  Endoribonuclease L-PSP  30.53 
 
 		 131 aa  52.4  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00168089  normal  0.0966279 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2496  endoribonuclease, inhibits protein synthesis  29.55 
 
 		 135 aa  52.8  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.591272  normal  0.661186 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2884  endoribonuclease L-PSP  34.48 
 
 		 124 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0031  endoribonuclease L-PSP  27.69 
 
 		 135 aa  52.4  0.000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0453  endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 131 aa  51.6  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3267  endoribonuclease L-PSP  36.11 
 
 		 138 aa  52  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.431089  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0234  Endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 118 aa  52  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 138 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5724  Endoribonuclease L-PSP  31.4 
 
 		 131 aa  51.2  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0443  endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 139 aa  51.6  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0090  endoribonuclease L-PSP  31.43 
 
 		 130 aa  51.6  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0741494  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  26.56 
 
 		 128 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0367  endoribonuclease L-PSP  30.1 
 
 		 128 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3991  Endoribonuclease L-PSP  31.4 
 
 		 129 aa  50.4  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79301  normal  0.524999 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4019  endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 130 aa  50.4  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.658483  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 126 aa  50.4  0.000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  29.17 
 
 		 129 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  31.97 
 
 		 128 aa  50.4  0.000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4304  Endoribonuclease L-PSP  29.13 
 
 		 128 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.135988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3956  endoribonuclease L-PSP  28.12 
 
 		 129 aa  50.1  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4825  endoribonuclease L-PSP  28.12 
 
 		 134 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2388  endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 145 aa  50.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>