More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1663 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1663  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 
142 aa  288  1e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1464  endoribonuclease L-PSP  82.8 
 
 
93 aa  163  6.9999999999999995e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.643404  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2496  endoribonuclease, inhibits protein synthesis  53.85 
 
 
135 aa  144  3e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.591272  normal  0.661186 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2487  Endoribonuclease L-PSP  41.6 
 
 
129 aa  98.6  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  40.77 
 
 
131 aa  98.2  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  41.54 
 
 
131 aa  96.7  9e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  40.77 
 
 
131 aa  94.4  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  39.23 
 
 
131 aa  94  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  39.23 
 
 
131 aa  94  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  42.31 
 
 
131 aa  93.2  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 
131 aa  92.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  39.23 
 
 
131 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  40 
 
 
131 aa  90.9  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2673  Endoribonuclease L-PSP  37.17 
 
 
134 aa  89  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0780712 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  38.93 
 
 
132 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  35.11 
 
 
127 aa  81.6  0.000000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3101  Endoribonuclease L-PSP  32.84 
 
 
132 aa  80.9  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281845  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5596  Endoribonuclease L-PSP  30.83 
 
 
135 aa  78.6  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.87435  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4917  Endoribonuclease L-PSP  31.88 
 
 
135 aa  77.8  0.00000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.51623  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4224  endoribonuclease L-PSP  37.96 
 
 
135 aa  74.7  0.0000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.300025  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4290  endoribonuclease L-PSP  37.96 
 
 
135 aa  74.7  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.905721  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4602  endoribonuclease L-PSP  37.96 
 
 
135 aa  74.7  0.0000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.343711  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  32.17 
 
 
135 aa  73.6  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  29.77 
 
 
134 aa  72.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  32 
 
 
129 aa  72  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3612  hypothetical protein  32.06 
 
 
135 aa  69.7  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4240  endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 
136 aa  69.3  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.209705 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1188  endoribonuclease L-PSP  30.61 
 
 
175 aa  67  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2440  endoribonuclease L-PSP  29.93 
 
 
135 aa  65.5  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.863509  normal  0.289698 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2995  endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 
135 aa  65.1  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4670  endoribonuclease L-PSP  29.77 
 
 
146 aa  64.7  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.758014  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2738  endoribonuclease L-PSP  36.92 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.122458  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  32 
 
 
133 aa  63.9  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0604  endoribonuclease L-PSP  38.76 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.312968  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1053  L-PSP family endoribonuclease  38.76 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0450372  normal  0.0141038 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0543  L-PSP family endoribonuclease  38.76 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2252  endoribonuclease L-PSP  31.34 
 
 
140 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2347  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 
138 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.977249 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4268  Endoribonuclease L-PSP  29.01 
 
 
135 aa  62  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0107322  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3522  endoribonuclease L-PSP  30.6 
 
 
140 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0348507  normal  0.770379 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0443  endoribonuclease L-PSP  31.39 
 
 
139 aa  61.2  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0196  Endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 
135 aa  60.1  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  29.91 
 
 
131 aa  60.1  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0915  endoribonuclease L-PSP  26.83 
 
 
140 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  31.03 
 
 
130 aa  59.7  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  35.4 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2200  endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162776  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  25.78 
 
 
133 aa  59.3  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4700  endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 
136 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3574  endoribonuclease L-PSP  35.09 
 
 
130 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2388  endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 
145 aa  58.5  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4718  Endoribonuclease L-PSP  31.78 
 
 
158 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5488  endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 
140 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.236112 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3572  endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 
140 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.800436  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  27.07 
 
 
402 aa  58.2  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4795  endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 
140 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  28.1 
 
 
134 aa  57.8  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0673  hypothetical protein  35.59 
 
 
124 aa  57.8  0.00000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3267  endoribonuclease L-PSP  32.14 
 
 
138 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.431089  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7869  Endoribonuclease L-PSP  29.77 
 
 
134 aa  57.4  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.228688 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4178  endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 
136 aa  57  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18793  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0702  Endoribonuclease L-PSP  31.06 
 
 
168 aa  56.6  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  31.5 
 
 
126 aa  55.8  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0370  Endoribonuclease L-PSP  29.93 
 
 
136 aa  55.8  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2820  Endoribonuclease L-PSP  24.82 
 
 
145 aa  55.5  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678255  normal  0.631668 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  45.76 
 
 
123 aa  55.5  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  27.83 
 
 
150 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4662  endoribonuclease L-PSP  28.03 
 
 
185 aa  54.7  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34570  putative translation initiation inhibitor, yjgF family  24.82 
 
 
136 aa  54.3  0.0000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00491284  normal  0.846357 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2046  L-PSP family endoribonuclease  33.93 
 
 
136 aa  54.3  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  26.52 
 
 
133 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2495  Endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 
131 aa  53.9  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.628081  normal  0.767882 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  35.04 
 
 
124 aa  53.9  0.0000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3938  Endoribonuclease L-PSP  26.72 
 
 
133 aa  53.9  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.014328  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2156  Endoribonuclease L-PSP  27.42 
 
 
131 aa  53.9  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.17424 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4748  endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 
126 aa  53.9  0.0000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0742897  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6992  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 
145 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.615821  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  28 
 
 
134 aa  52.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1769  Endoribonuclease L-PSP  27.54 
 
 
136 aa  53.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6178  hypothetical protein  30.36 
 
 
140 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0684  Endoribonuclease L-PSP  27.78 
 
 
131 aa  53.1  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71200  YjgF family translation initiation inhibitor  30.36 
 
 
140 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3031  endoribonuclease L-PSP  30.36 
 
 
144 aa  53.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00544929  normal  0.808496 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5405  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 
149 aa  53.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0585911 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7080  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 
145 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5403  Endoribonuclease L-PSP  26.61 
 
 
129 aa  52.4  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.411784  normal  0.0560787 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6423  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 
145 aa  52.4  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  26.92 
 
 
137 aa  52.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  31.39 
 
 
128 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1441  Endoribonuclease L-PSP  25.95 
 
 
137 aa  52  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.202349  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5674  endoribonuclease L-PSP  30.36 
 
 
145 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.171739  normal  0.201016 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 
129 aa  52  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05611  YjgF family translation initiation inhibitor  32.46 
 
 
132 aa  52  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1787  endoribonuclease L-PSP  32.35 
 
 
142 aa  51.6  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.572152  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0810  endoribonuclease L-PSP  33.68 
 
 
166 aa  51.2  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1027  Endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 
131 aa  51.2  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.84839  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0647  endoribonuclease L-PSP  32.58 
 
 
137 aa  51.2  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2305  endoribonuclease L-PSP  26.28 
 
 
140 aa  51.2  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.220286  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1982  Endoribonuclease L-PSP  31.36 
 
 
119 aa  51.2  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.619306  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02286  TdcF  26.9 
 
 
155 aa  51.2  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>