292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2607 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 133 aa  270  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2865  endoribonuclease L-PSP  93.98 
 
 		 133 aa  239  9e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  84.96 
 
 		 133 aa  219  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4466  endoribonuclease L-PSP  51.49 
 
 		 134 aa  133  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136863 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2196  endoribonuclease L-PSP  47.01 
 
 		 137 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0707908  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5043  Endoribonuclease L-PSP  46.15 
 
 		 132 aa  126  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2178  endoribonuclease L-PSP  45.11 
 
 		 136 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5093  endoribonuclease L-PSP  46.56 
 
 		 132 aa  125  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0587  endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 131 aa  124  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2280  endoribonuclease L-PSP  40.46 
 
 		 132 aa  122  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2689  endoribonuclease L-PSP  42.42 
 
 		 130 aa  120  4e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3623  endoribonuclease L-PSP  42.19 
 
 		 131 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.450254 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2480  endoribonuclease L-PSP  42.19 
 
 		 131 aa  117  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4018  endoribonuclease L-PSP  41.54 
 
 		 131 aa  116  7.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.693135  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2117  Endoribonuclease L-PSP  41.54 
 
 		 137 aa  116  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.413824 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0498  endoribonuclease L-PSP  43.51 
 
 		 130 aa  112  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0754281  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02014  hypothetical protein  45.04 
 
 		 130 aa  111  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3169  endoribonuclease L-PSP  43.51 
 
 		 130 aa  111  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00329207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3951  Endoribonuclease L-PSP  43.51 
 
 		 130 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0816657 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3838  Endoribonuclease L-PSP  43.51 
 
 		 130 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.481327 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4884  Endoribonuclease L-PSP  40.77 
 
 		 142 aa  106  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0746987 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3130  Endoribonuclease L-PSP  40.46 
 
 		 131 aa  105  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0276  putative aerobic 2-aminobenzoate  40 
 
 		 131 aa  104  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0823  endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 130 aa  103  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1589  endoribonuclease L-PSP  40.46 
 
 		 130 aa  103  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  hitchhiker  0.00909657 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7162  Endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 131 aa  103  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0743912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1200  Endoribonuclease L-PSP  43.41 
 
 		 142 aa  103  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2231  endoribonuclease L-PSP  37.21 
 
 		 131 aa  102  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4074  endoribonuclease L-PSP  40.31 
 
 		 132 aa  99.8  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1330  endoribonuclease L-PSP  35.66 
 
 		 134 aa  95.1  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.805737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2689  hypothetical protein  37.4 
 
 		 148 aa  94  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980036 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3501  hypothetical protein  30.77 
 
 		 132 aa  82  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.987985  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1397  Endoribonuclease L-PSP  35.16 
 
 		 176 aa  77.8  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.492198  decreased coverage  0.000402676 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2159  Endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 		 137 aa  73.6  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.741048 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5521  Endoribonuclease L-PSP  35.66 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.174544 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0304  Endoribonuclease L-PSP  34.62 
 
 		 143 aa  68.2  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.4542  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  36.59 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2914  Endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000821115  hitchhiker  0.0000516213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 129 aa  63.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 129 aa  62  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5535  Endoribonuclease L-PSP  32.84 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.261772  normal  0.030433 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1385  endoribonuclease L-PSP  31.78 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  32.5 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  36.07 
 
 		 127 aa  60.1  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3749  endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 137 aa  60.1  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0521312  normal  0.178037 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  36.64 
 
 		 127 aa  59.7  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 136 aa  60.1  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0684  Endoribonuclease L-PSP  32.06 
 
 		 131 aa  59.7  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1188  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 175 aa  59.3  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1925  Endoribonuclease L-PSP  32.76 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1952  Endoribonuclease L-PSP  31.9 
 
 		 127 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5545  Endoribonuclease L-PSP  34.62 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  35 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1528  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  37.72 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2176  endoribonuclease L-PSP  28.46 
 
 		 151 aa  58.2  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.589076  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1672  Endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00181671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  34.17 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3558  hypothetical protein  33.33 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3401  Endoribonuclease L-PSP  30.53 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00168089  normal  0.0966279 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6288  Endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.296656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2263  endoribonuclease L-PSP  33.91 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598957  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1855  endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.570502  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0234  Endoribonuclease L-PSP  30.09 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  30.37 
 
 		 137 aa  55.1  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34570  putative translation initiation inhibitor, yjgF family  35.29 
 
 		 136 aa  55.5  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00491284  normal  0.846357 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  29.32 
 
 		 129 aa  54.7  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  29.63 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2156  Endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.17424 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1470  endoribonuclease L-PSP  31.01 
 
 		 129 aa  54.3  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  33.86 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  30.16 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3553  endoribonuclease L-PSP  32.84 
 
 		 159 aa  53.9  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.405643  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0367  endoribonuclease L-PSP  30.1 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0453  endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0012  endoribonuclease L-PSP  32.76 
 
 		 124 aa  53.5  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  30.89 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2170  hypothetical protein  25.78 
 
 		 132 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.180477  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2326  hypothetical protein  25.78 
 
 		 132 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.402119  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  28.68 
 
 		 125 aa  53.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2349  hypothetical protein  25.78 
 
 		 132 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  30.33 
 
 		 133 aa  52.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2660  endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 124 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.680061  normal  0.801183 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2496  endoribonuclease, inhibits protein synthesis  31.82 
 
 		 135 aa  52.8  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.591272  normal  0.661186 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  29.55 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2172  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 122 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.219438  hitchhiker  0.00143266 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1663  endoribonuclease L-PSP  27.27 
 
 		 142 aa  52.8  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  30.84 
 
 		 125 aa  51.6  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4650  endoribonuclease L-PSP  30.48 
 
 		 129 aa  51.6  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0994249  normal  0.0444369 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1223  YjgF family translation initiation inhibitor  33.06 
 
 		 124 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.871346  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  30.89 
 
 		 128 aa  52  0.000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3706  endoribonuclease L-PSP  27.78 
 
 		 131 aa  52  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.113002  normal  0.804369 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  30.83 
 
 		 129 aa  51.6  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4194  Endoribonuclease L-PSP  30.1 
 
 		 128 aa  51.6  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4304  Endoribonuclease L-PSP  30.1 
 
 		 128 aa  51.6  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.135988  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4669  Endoribonuclease L-PSP  32.56 
 
 		 129 aa  51.2  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.570729 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4381  endoribonuclease L-PSP  33.88 
 
 		 127 aa  51.2  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.901954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5724  Endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 131 aa  51.6  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2884  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 124 aa  51.2  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>