More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3547 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3547  hypothetical protein  100 
 
 		 113 aa  236  8e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.7424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  37.86 
 
 		 128 aa  91.7  3e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1670  endoribonuclease L-PSP  42.73 
 
 		 131 aa  90.5  8e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.518746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2374  endoribonuclease L-PSP  45.54 
 
 		 132 aa  90.1  8e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5323  Endoribonuclease L-PSP  39.81 
 
 		 131 aa  89  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.154114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  39.29 
 
 		 128 aa  87.8  4e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2891  Endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 132 aa  87.8  5e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0848604  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3876  Endoribonuclease L-PSP  43.69 
 
 		 127 aa  87  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.873675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 133 aa  85.1  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2335  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 127 aa  85.1  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2172  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 122 aa  81.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.219438  hitchhiker  0.00143266 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1773  Endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 118 aa  81.6  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00826992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 132 aa  80.5  0.000000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  40.35 
 
 		 128 aa  80.1  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3052  endoribonuclease L-PSP  39.05 
 
 		 130 aa  79.7  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.66028 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2183  endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 122 aa  80.1  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.130021  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2229  endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 122 aa  80.1  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12719  hypothetical protein  41.58 
 
 		 142 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 125 aa  77.4  0.00000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2457  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 133 aa  75.5  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408607 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  35.42 
 
 		 127 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2372  endoribonuclease L-PSP  34.95 
 
 		 127 aa  75.1  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.675716  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4440  endoribonuclease L-PSP  36.04 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.286195  normal  0.317631 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0263  YjgF-like protein  35.14 
 
 		 127 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.668867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3231  Endoribonuclease L-PSP  37.17 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3880  putative endoribonuclease L-PSP  35.42 
 
 		 127 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.196354  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0935  Endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 135 aa  73.6  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.013115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0362  putative endoribonuclease L-PSP  35.42 
 
 		 127 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  35.96 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0939  endoribonuclease L-PSP  35.42 
 
 		 125 aa  73.2  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.445862  normal  0.428403 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  34.38 
 
 		 127 aa  72  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0414  Endoribonuclease L-PSP  36.96 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0954621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  35.42 
 
 		 127 aa  72  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  36.46 
 
 		 128 aa  71.2  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6043  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 145 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0143152  hitchhiker  0.000408683 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  37.11 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  35.09 
 
 		 126 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  32.74 
 
 		 127 aa  70.9  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  34.38 
 
 		 127 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3616  putative endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 127 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0327  putative endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 127 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701439  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4584  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0241713  unclonable  0.0000000230833 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  40.21 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  38.14 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4974  putative endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3942  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3633  putative endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 127 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280207  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2862  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 134 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.337398  normal  0.332588 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6914  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3465  hypothetical protein  36.84 
 
 		 145 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.589893 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  37.11 
 
 		 133 aa  68.9  0.00000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4710  endoribonuclease L-PSP  30.63 
 
 		 125 aa  68.9  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0704377  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0350  putative endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  35.09 
 
 		 126 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2367  Endoribonuclease L-PSP  34.74 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.308002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  35.58 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1454  endoribonuclease L-PSP  34.23 
 
 		 121 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4387  putative endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 128 aa  67.8  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6374  endoribonuclease L-PSP  34.23 
 
 		 121 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0352  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.249855  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0360  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000617851 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6992  endoribonuclease L-PSP  35.79 
 
 		 145 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.615821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0350  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  34.38 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00156  Endoribonuclease L-PSP family protein  33.63 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  30.97 
 
 		 140 aa  67.4  0.00000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1985  aldo/keto reductase family protein  32.71 
 
 		 480 aa  67  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.282882 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  30.97 
 
 		 126 aa  67  0.00000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  34.21 
 
 		 126 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 126 aa  67  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  34.74 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 130 aa  66.6  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70480  hypothetical protein  34.21 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2200  endoribonuclease L-PSP  34.74 
 
 		 138 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162776  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3574  endoribonuclease L-PSP  34.74 
 
 		 130 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2024  endoribonuclease L-PSP, putative  33.33 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2046  L-PSP family endoribonuclease  34.74 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  33.33 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  33.33 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  38.14 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0357  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00527339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3698  peptidase S1C, Do  33.33 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.239756 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5674  endoribonuclease L-PSP  34.74 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.171739  normal  0.201016 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5405  endoribonuclease L-PSP  34.74 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0585911 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  30.7 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  33.66 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>