More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5894 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5894  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 126 aa  256  7e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151505  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4534  endoribonuclease L-PSP  48.21 
 
 		 128 aa  105  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.71514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0668  endoribonuclease L-PSP  44.64 
 
 		 131 aa  99  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1784  Endoribonuclease L-PSP  37.39 
 
 		 141 aa  90.1  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.164799  normal  0.0106753 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2843  Endoribonuclease L-PSP  38.21 
 
 		 126 aa  89.4  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  39.5 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  39.67 
 
 		 129 aa  81.3  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2385  Endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 128 aa  79  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.094696  hitchhiker  0.000676577 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  34.51 
 
 		 124 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  38.94 
 
 		 125 aa  75.5  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  37.19 
 
 		 140 aa  74.3  0.0000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0734  endoribonuclease L-PSP, putative  35.71 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000008  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0176  endoribonuclease L-PSP  33.93 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0812936  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  35.04 
 
 		 132 aa  73.6  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 124 aa  72  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1176  putative endoribonuclease L-PSP  37.72 
 
 		 130 aa  72  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  32.77 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 126 aa  72  0.000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4615  Endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 128 aa  71.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  31.54 
 
 		 131 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  30.77 
 
 		 131 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  38.46 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  36.04 
 
 		 124 aa  70.5  0.000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 125 aa  70.1  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  36.28 
 
 		 136 aa  70.1  0.00000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 129 aa  68.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 129 aa  68.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 125 aa  68.2  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  29.23 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0463  endoribonuclease L-PSP  30.43 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.97811  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0733  endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 128 aa  67.8  0.00000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  34.51 
 
 		 124 aa  67.4  0.00000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  67  0.00000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 131 aa  67  0.00000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB05500  conserved hypothetical protein  33.04 
 
 		 156 aa  67  0.00000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000381478  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  37.72 
 
 		 128 aa  67  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 131 aa  67  0.00000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4890  endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 122 aa  66.2  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  33.91 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  32.17 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  36.28 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  31.93 
 
 		 133 aa  64.7  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  32.74 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  32.74 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1220  endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 126 aa  63.5  0.0000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000020508  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5483  endoribonuclease L-PSP  29.41 
 
 		 125 aa  63.5  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.387695 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 123 aa  63.9  0.0000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  31.4 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0493  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0508  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000880426 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 134 aa  63.5  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 124 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1694  putative endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 124 aa  63.5  0.0000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0045  endoribonuclease L-PSP, putative  31.86 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3641  endoribonuclease L-PSP family protein  34.71 
 
 		 130 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 124 aa  62.8  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  35.59 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0942  endoribonuclease L-PSP  30.7 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  30.97 
 
 		 125 aa  62.4  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4079  putative endoribonuclease L-PSP  35.09 
 
 		 127 aa  62  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  35.4 
 
 		 125 aa  62  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 127 aa  61.2  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4166  putative endoribonuclease L-PSP  30.17 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  27.68 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0603  putative endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  27.68 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0558  endoribonuclease L-PSP  27.34 
 
 		 130 aa  61.2  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0908554  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  61.2  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0410  putative endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000330558  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1301  endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3374  endoribonuclease L-PSP  32.17 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.066634 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1115  putative translation initiation inhibitor  33.04 
 
 		 129 aa  60.8  0.000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  32.43 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1777  translation initiation inhibitor  34.21 
 
 		 148 aa  60.8  0.000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00398011  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3698  peptidase S1C, Do  30.7 
 
 		 127 aa  60.5  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.239756 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2416  putative endoribonuclease L-PSP  29.91 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.769165 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3399  endoribonuclease L-PSP  32.77 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000947362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06141  YjgF family translation initiation inhibitor  28.12 
 
 		 130 aa  60.1  0.000000009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.617188  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  32.17 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  30.7 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04792  hypothetical protein  30.33 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.598375  normal  0.0238785 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  30.09 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  32.5 
 
 		 127 aa  59.7  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>