152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0101 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0101  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 133 aa  271  2.0000000000000002e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000469691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3858  endoribonuclease L-PSP  57.69 
 
 		 131 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.91936 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4669  Endoribonuclease L-PSP  32.31 
 
 		 129 aa  78.2  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.570729 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 129 aa  78.6  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1672  Endoribonuclease L-PSP  32.31 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00181671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4615  Endoribonuclease L-PSP  39.83 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  35.25 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3706  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.113002  normal  0.804369 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 136 aa  68.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  40.77 
 
 		 127 aa  67.8  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3558  hypothetical protein  30 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 150 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1470  endoribonuclease L-PSP  29.92 
 
 		 129 aa  62.4  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1385  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 132 aa  62  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3051  endoribonuclease L-PSP  29.03 
 
 		 132 aa  62  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3055  endoribonuclease L-PSP  27.78 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2843  Endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2914  Endoribonuclease L-PSP  34.75 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000821115  hitchhiker  0.0000516213 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1148  2-aminomuconate deaminase  40.66 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5894  Endoribonuclease L-PSP  31.06 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151505  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4534  endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 128 aa  57  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.71514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0668  endoribonuclease L-PSP  29.27 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1266  hypothetical protein  29.75 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  37.11 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2553  hypothetical protein  32.95 
 
 		 100 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.254874 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5545  Endoribonuclease L-PSP  34.31 
 
 		 126 aa  52  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1784  Endoribonuclease L-PSP  30.43 
 
 		 141 aa  52.4  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.164799  normal  0.0106753 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  41 
 
 		 207 aa  51.6  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4440  endoribonuclease L-PSP  31.13 
 
 		 142 aa  50.8  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.286195  normal  0.317631 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 130 aa  51.2  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5211  2-aminomuconate deaminase  35.16 
 
 		 145 aa  50.8  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236738  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5138  endoribonuclease L-PSP  34.07 
 
 		 140 aa  50.4  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0310879 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  40 
 
 		 145 aa  50.1  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  40 
 
 		 145 aa  50.1  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  26.77 
 
 		 131 aa  50.1  0.000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 130 aa  50.1  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2820  Endoribonuclease L-PSP  30.3 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678255  normal  0.631668 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  39.39 
 
 		 132 aa  50.1  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  25.78 
 
 		 131 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  26.56 
 
 		 131 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  33.87 
 
 		 134 aa  48.9  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  32.05 
 
 		 126 aa  48.9  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2170  hypothetical protein  23.58 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.180477  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  34 
 
 		 131 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2326  hypothetical protein  23.58 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.402119  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2349  hypothetical protein  23.58 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  30.53 
 
 		 133 aa  48.5  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  42.59 
 
 		 129 aa  48.5  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0234  Endoribonuclease L-PSP  37 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2865  endoribonuclease L-PSP  31.45 
 
 		 133 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2009  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 143 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.673939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0682  Endoribonuclease L-PSP  34.57 
 
 		 161 aa  47.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.083858 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  37.11 
 
 		 132 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  37.11 
 
 		 132 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0684  Endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 131 aa  47.4  0.00006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 128 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9111  endoribonuclease L-PSP  35.56 
 
 		 140 aa  47.4  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  39.06 
 
 		 132 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  31.45 
 
 		 133 aa  47  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4539  endoribonuclease L-PSP  34.15 
 
 		 142 aa  47  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.293828  normal  0.437318 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08290  endoribonuclease L-PSP  29.46 
 
 		 137 aa  47  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.110171 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2495  Endoribonuclease L-PSP  35.65 
 
 		 131 aa  47.4  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.628081  normal  0.767882 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0871  putative endoribonuclease L-PSP  34.52 
 
 		 150 aa  47  0.00008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0915568  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4662  endoribonuclease L-PSP  35.37 
 
 		 185 aa  47  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5523  endoribonuclease L-PSP  21.95 
 
 		 132 aa  47  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.684308  normal  0.107596 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  25.2 
 
 		 131 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  30.49 
 
 		 131 aa  46.2  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  26.36 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  25.2 
 
 		 131 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2673  Endoribonuclease L-PSP  34.04 
 
 		 134 aa  46.6  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0780712 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2595  endoribonuclease L-PSP  32.5 
 
 		 147 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.629341 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1409  endoribonuclease L-PSP  31.87 
 
 		 142 aa  46.2  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0973  hypothetical protein  35.29 
 
 		 136 aa  46.2  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3101  Endoribonuclease L-PSP  31.03 
 
 		 132 aa  46.6  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281845  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02566  conserved hypothetical protein  26.36 
 
 		 510 aa  45.8  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.676497 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2107  endoribonuclease L-PSP  22.76 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00100977  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 132 aa  46.2  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1300  YjgF-like protein  33.75 
 
 		 130 aa  46.2  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00325157  normal  0.10412 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3501  hypothetical protein  27.94 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.987985  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2305  endoribonuclease L-PSP  31.93 
 
 		 140 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.220286  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3904  putative endoribonuclease L-PSP  37.93 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.147099 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3749  endoribonuclease L-PSP  30.39 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0521312  normal  0.178037 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1663  endoribonuclease L-PSP  29.57 
 
 		 142 aa  45.8  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2252  endoribonuclease L-PSP  34.09 
 
 		 140 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0453  endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 131 aa  45.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  28.91 
 
 		 133 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  29.69 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2156  Endoribonuclease L-PSP  34.51 
 
 		 131 aa  46.2  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.17424 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3522  endoribonuclease L-PSP  34.09 
 
 		 140 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0348507  normal  0.770379 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  34.91 
 
 		 127 aa  45.4  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  25.2 
 
 		 131 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  45.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2335  endoribonuclease L-PSP  30.93 
 
 		 127 aa  44.7  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 134 aa  44.3  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0684  endoribonuclease L-PSP  33.67 
 
 		 138 aa  44.3  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1470  Endoribonuclease L-PSP  32.95 
 
 		 143 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  40.24 
 
 		 132 aa  43.9  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  34.78 
 
 		 135 aa  43.9  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4917  Endoribonuclease L-PSP  34.88 
 
 		 135 aa  43.9  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.51623  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>