112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3858 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3858  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 131 aa  271  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.91936 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0101  endoribonuclease L-PSP  57.69 
 
 		 133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000469691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  39.84 
 
 		 136 aa  88.2  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1385  endoribonuclease L-PSP  37.12 
 
 		 132 aa  86.7  9e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1470  endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 129 aa  78.2  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3706  endoribonuclease L-PSP  34.96 
 
 		 131 aa  75.1  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.113002  normal  0.804369 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3055  endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 128 aa  74.7  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1672  Endoribonuclease L-PSP  32.06 
 
 		 130 aa  73.6  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00181671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4669  Endoribonuclease L-PSP  31.01 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.570729 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  34.85 
 
 		 150 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  32.58 
 
 		 129 aa  70.1  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  32.52 
 
 		 129 aa  70.1  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3558  hypothetical protein  28.46 
 
 		 129 aa  65.1  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3051  endoribonuclease L-PSP  28.12 
 
 		 132 aa  63.5  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2170  hypothetical protein  27.42 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.180477  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2326  hypothetical protein  27.42 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.402119  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5523  endoribonuclease L-PSP  25.81 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.684308  normal  0.107596 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2349  hypothetical protein  27.42 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1266  hypothetical protein  31.4 
 
 		 131 aa  61.2  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2107  endoribonuclease L-PSP  26.61 
 
 		 132 aa  60.1  0.000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00100977  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  29.84 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  33.61 
 
 		 134 aa  60.1  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2553  hypothetical protein  35.63 
 
 		 100 aa  57.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.254874 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4534  endoribonuclease L-PSP  29.75 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.71514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2843  Endoribonuclease L-PSP  31.9 
 
 		 126 aa  54.7  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3749  endoribonuclease L-PSP  31.43 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0521312  normal  0.178037 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  32.41 
 
 		 129 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2385  Endoribonuclease L-PSP  31.97 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.094696  hitchhiker  0.000676577 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0668  endoribonuclease L-PSP  27.05 
 
 		 131 aa  53.5  0.0000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  30.3 
 
 		 131 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1787  endoribonuclease L-PSP  27.13 
 
 		 142 aa  51.6  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.572152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5894  Endoribonuclease L-PSP  26.77 
 
 		 126 aa  52  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151505  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2914  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 142 aa  51.6  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000821115  hitchhiker  0.0000516213 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  34.51 
 
 		 145 aa  51.6  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  34.51 
 
 		 145 aa  51.6  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2099  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 394 aa  50.8  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0409826  normal  0.132893 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  36.28 
 
 		 207 aa  50.8  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  31.68 
 
 		 125 aa  49.7  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4662  endoribonuclease L-PSP  36.19 
 
 		 185 aa  48.9  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4615  Endoribonuclease L-PSP  29.46 
 
 		 128 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  30.83 
 
 		 133 aa  48.5  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  29.63 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1663  Endoribonuclease L-PSP  38.05 
 
 		 140 aa  47  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2865  endoribonuclease L-PSP  32.31 
 
 		 133 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  31.48 
 
 		 129 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2061  endoribonuclease L-PSP  27.42 
 
 		 132 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.199882 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3938  Endoribonuclease L-PSP  29.32 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.014328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  30.95 
 
 		 137 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 		 135 aa  45.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4502  Endoribonuclease L-PSP  31.43 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.654756 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4917  Endoribonuclease L-PSP  32.77 
 
 		 135 aa  45.8  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.51623  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02566  conserved hypothetical protein  24.24 
 
 		 510 aa  45.1  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.676497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  31.54 
 
 		 133 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  34 
 
 		 127 aa  45.4  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44200  hypothetical protein  29.36 
 
 		 117 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000922317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2440  endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 135 aa  44.7  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.863509  normal  0.289698 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5545  Endoribonuclease L-PSP  29.36 
 
 		 126 aa  44.7  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0937  endoribonuclease L-PSP  29.41 
 
 		 171 aa  44.7  0.0005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 126 aa  44.3  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1784  Endoribonuclease L-PSP  23.73 
 
 		 141 aa  44.7  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.164799  normal  0.0106753 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  28.46 
 
 		 138 aa  44.3  0.0005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  29.37 
 
 		 132 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  29.37 
 
 		 132 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  32.04 
 
 		 129 aa  43.9  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3761  hypothetical protein  28.44 
 
 		 117 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1855  endoribonuclease L-PSP  32.09 
 
 		 141 aa  43.9  0.0008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.570502  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4020  endoribonuclease L-PSP  32.38 
 
 		 119 aa  43.5  0.0008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.620706  normal  0.517505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4389  Endoribonuclease L-PSP  32.38 
 
 		 119 aa  43.5  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.276873 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  31.78 
 
 		 128 aa  42.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2268  endoribonuclease L-PSP  31.07 
 
 		 117 aa  43.5  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2995  endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  27.78 
 
 		 129 aa  42.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 138 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  29.37 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2159  Endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 137 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.741048 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  26.52 
 
 		 125 aa  43.5  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  32.93 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0376  Endoribonuclease L-PSP  36.89 
 
 		 149 aa  42.7  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3612  hypothetical protein  31.71 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2046  L-PSP family endoribonuclease  33.93 
 
 		 136 aa  42  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0647  endoribonuclease L-PSP  25.6 
 
 		 137 aa  42.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2388  endoribonuclease L-PSP  36.61 
 
 		 145 aa  42.7  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0250  endoribonuclease L-PSP  31.07 
 
 		 173 aa  42.7  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2496  endoribonuclease, inhibits protein synthesis  30.47 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.591272  normal  0.661186 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0810  endoribonuclease L-PSP  32.58 
 
 		 166 aa  42.7  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  27.42 
 
 		 125 aa  42.4  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0443  endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2347  endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977249 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  28.85 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3227  endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 140 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.841476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  29.69 
 
 		 133 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1925  Endoribonuclease L-PSP  25.47 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0196  Endoribonuclease L-PSP  28.93 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1952  Endoribonuclease L-PSP  24.53 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2820  Endoribonuclease L-PSP  28.03 
 
 		 145 aa  41.6  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678255  normal  0.631668 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3031  endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 		 144 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00544929  normal  0.808496 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  32.93 
 
 		 129 aa  42  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6077  hypothetical protein  30.58 
 
 		 117 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  27.87 
 
 		 131 aa  41.2  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>