155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0647 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0647  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 137 aa  282  8e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2176  endoribonuclease L-PSP  58.91 
 
 		 151 aa  159  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.589076  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2595  endoribonuclease L-PSP  45.53 
 
 		 147 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.629341 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0717  Endoribonuclease L-PSP  44.72 
 
 		 162 aa  107  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.208298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0682  Endoribonuclease L-PSP  43.9 
 
 		 161 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.083858 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4718  Endoribonuclease L-PSP  45.16 
 
 		 158 aa  98.2  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1188  endoribonuclease L-PSP  42.34 
 
 		 175 aa  97.8  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4662  endoribonuclease L-PSP  41.94 
 
 		 185 aa  97.1  8e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2252  endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 140 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3522  endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 140 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0348507  normal  0.770379 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4539  endoribonuclease L-PSP  39.39 
 
 		 142 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.293828  normal  0.437318 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  37.3 
 
 		 133 aa  91.7  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2275  endoribonuclease L-PSP  39.26 
 
 		 150 aa  89.4  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.321934  hitchhiker  0.000000264043 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2898  Endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 148 aa  87.8  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.399725  normal  0.553184 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3498  L-PSP family endoribonuclease  37.61 
 
 		 154 aa  79.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.23917  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2405  endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 136 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.996899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 131 aa  59.7  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0885  endoribonuclease L-PSP  28.15 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.60332  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  30.47 
 
 		 131 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  29.69 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  29.69 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3101  Endoribonuclease L-PSP  29.37 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281845  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  29.69 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  29.46 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  32.2 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 129 aa  53.5  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  31.36 
 
 		 128 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1441  Endoribonuclease L-PSP  28.12 
 
 		 137 aa  53.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.202349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 131 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  29.23 
 
 		 132 aa  52  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02566  conserved hypothetical protein  28.7 
 
 		 510 aa  51.2  0.000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.676497 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  29.81 
 
 		 129 aa  51.6  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1663  endoribonuclease L-PSP  32.58 
 
 		 142 aa  51.2  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  30.91 
 
 		 135 aa  50.8  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0543  L-PSP family endoribonuclease  28.57 
 
 		 134 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1053  L-PSP family endoribonuclease  28.57 
 
 		 134 aa  49.7  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0450372  normal  0.0141038 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0604  endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 		 134 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.312968  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  28.46 
 
 		 134 aa  49.3  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1982  Endoribonuclease L-PSP  32.41 
 
 		 119 aa  49.7  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.619306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4224  endoribonuclease L-PSP  30.51 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.300025  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4290  endoribonuclease L-PSP  30.51 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.905721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4602  endoribonuclease L-PSP  30.51 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.343711  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2099  endoribonuclease L-PSP  28.93 
 
 		 394 aa  48.9  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0409826  normal  0.132893 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  29.03 
 
 		 150 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5909  Endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 134 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5596  Endoribonuclease L-PSP  29.01 
 
 		 135 aa  48.5  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.87435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4818  endoribonuclease L-PSP  30.83 
 
 		 125 aa  48.5  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2496  endoribonuclease, inhibits protein synthesis  30.47 
 
 		 135 aa  48.5  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.591272  normal  0.661186 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2691  endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 		 125 aa  48.5  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 134 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3922  endoribonuclease L-PSP  30.36 
 
 		 126 aa  48.1  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3501  hypothetical protein  27.41 
 
 		 132 aa  48.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.987985  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0900  hypothetical protein  29.5 
 
 		 134 aa  47.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  26.15 
 
 		 129 aa  47.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 134 aa  47.4  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0939  endoribonuclease L-PSP  29.91 
 
 		 125 aa  47.4  0.00006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.445862  normal  0.428403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1385  endoribonuclease L-PSP  27.64 
 
 		 132 aa  47.4  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  30.09 
 
 		 129 aa  47.4  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  28.23 
 
 		 127 aa  47.4  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2738  endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 134 aa  47.4  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.122458  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0574  putative endoribonuclease L-PSP  29.17 
 
 		 131 aa  47.4  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000328511  hitchhiker  0.00876549 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5866  endoribonuclease L-PSP  25.41 
 
 		 126 aa  47  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.710813  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4825  endoribonuclease L-PSP  29.63 
 
 		 134 aa  47  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8140  predicted protein  29.41 
 
 		 131 aa  47  0.00009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0191964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4587  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 134 aa  47  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0320417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  29.52 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  29.57 
 
 		 135 aa  45.8  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3051  endoribonuclease L-PSP  23.36 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  29.52 
 
 		 124 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0277  endoribonuclease L-PSP, putative  30.36 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  28.45 
 
 		 126 aa  46.2  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  29.51 
 
 		 127 aa  45.4  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3612  hypothetical protein  27.34 
 
 		 135 aa  45.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3749  endoribonuclease L-PSP  27.1 
 
 		 137 aa  45.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0521312  normal  0.178037 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4670  endoribonuclease L-PSP  27.59 
 
 		 146 aa  45.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.758014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1433  Endoribonuclease L-PSP  27.73 
 
 		 132 aa  44.7  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.652248  normal  0.596243 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  30.97 
 
 		 131 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3753  Endoribonuclease L-PSP  26.89 
 
 		 137 aa  45.1  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.596421  hitchhiker  0.00368928 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5523  endoribonuclease L-PSP  29.55 
 
 		 132 aa  44.7  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.684308  normal  0.107596 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0792  Endoribonuclease L-PSP  25.98 
 
 		 128 aa  44.7  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB00590  mitochondrial genome maintenance-related protein, putative  28.85 
 
 		 134 aa  44.7  0.0005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0239835  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  30.97 
 
 		 132 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  27.35 
 
 		 136 aa  44.3  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  28.43 
 
 		 132 aa  44.3  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  28.21 
 
 		 129 aa  44.3  0.0006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  29.37 
 
 		 125 aa  44.3  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2066  Endoribonuclease L-PSP  27.37 
 
 		 127 aa  43.9  0.0008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.582697  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3938  Endoribonuclease L-PSP  26.87 
 
 		 133 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.014328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4917  Endoribonuclease L-PSP  27.14 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.51623  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  28.43 
 
 		 136 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  27.07 
 
 		 127 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5894  Endoribonuclease L-PSP  28.23 
 
 		 126 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151505  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4700  endoribonuclease L-PSP  28 
 
 		 136 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  23.89 
 
 		 134 aa  42.7  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  27.73 
 
 		 133 aa  43.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2914  Endoribonuclease L-PSP  26.45 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000821115  hitchhiker  0.0000516213 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  24.44 
 
 		 130 aa  42.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2061  endoribonuclease L-PSP  32.14 
 
 		 132 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.199882 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>