210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2405 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2405  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 136 aa  276  8e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.996899  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3522  endoribonuclease L-PSP  92.65 
 
 		 140 aa  258  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0348507  normal  0.770379 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2252  endoribonuclease L-PSP  91.91 
 
 		 140 aa  256  7e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2275  endoribonuclease L-PSP  54.62 
 
 		 150 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.321934  hitchhiker  0.000000264043 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1188  endoribonuclease L-PSP  49.28 
 
 		 175 aa  128  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4539  endoribonuclease L-PSP  53.73 
 
 		 142 aa  127  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.293828  normal  0.437318 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0682  Endoribonuclease L-PSP  47.69 
 
 		 161 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.083858 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0717  Endoribonuclease L-PSP  50.77 
 
 		 162 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.208298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2595  endoribonuclease L-PSP  44.53 
 
 		 147 aa  111  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.629341 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4662  endoribonuclease L-PSP  47.69 
 
 		 185 aa  109  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2176  endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 151 aa  105  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.589076  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4718  Endoribonuclease L-PSP  46.56 
 
 		 158 aa  100  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0647  endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 137 aa  92  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  40.16 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2738  endoribonuclease L-PSP  38.93 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.122458  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2898  Endoribonuclease L-PSP  39.68 
 
 		 148 aa  74.3  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.399725  normal  0.553184 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  40.32 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3498  L-PSP family endoribonuclease  33.61 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.23917  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 131 aa  67  0.00000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 131 aa  66.6  0.00000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  40.38 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  31.5 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  29.92 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  29.92 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07059  conserved hypothetical protein  32.58 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.219102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 131 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 150 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1663  endoribonuclease L-PSP  30.6 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  29.77 
 
 		 132 aa  62  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  30.71 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4268  Endoribonuclease L-PSP  38.97 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0107322  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 131 aa  61.2  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  37.12 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1787  endoribonuclease L-PSP  31.5 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.572152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4240  endoribonuclease L-PSP  38.52 
 
 		 136 aa  60.5  0.000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.209705 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  38.21 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4670  endoribonuclease L-PSP  37.04 
 
 		 146 aa  60.1  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.758014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  34.53 
 
 		 134 aa  60.1  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4917  Endoribonuclease L-PSP  36.69 
 
 		 135 aa  59.7  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.51623  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2099  Endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0604  endoribonuclease L-PSP  37.21 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.312968  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1433  Endoribonuclease L-PSP  40.18 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.652248  normal  0.596243 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3101  Endoribonuclease L-PSP  32.56 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281845  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1053  L-PSP family endoribonuclease  37.21 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0450372  normal  0.0141038 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2820  Endoribonuclease L-PSP  35.97 
 
 		 145 aa  58.5  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678255  normal  0.631668 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0543  L-PSP family endoribonuclease  37.21 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5909  Endoribonuclease L-PSP  33.85 
 
 		 134 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4466  endoribonuclease L-PSP  36.22 
 
 		 134 aa  58.2  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136863 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  33.91 
 
 		 135 aa  56.2  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3612  hypothetical protein  36.09 
 
 		 135 aa  56.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2796  Endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.909637  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0900  hypothetical protein  33.08 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5596  Endoribonuclease L-PSP  34.35 
 
 		 135 aa  55.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.87435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  32.2 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1441  Endoribonuclease L-PSP  33.58 
 
 		 137 aa  55.1  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.202349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2117  Endoribonuclease L-PSP  33.82 
 
 		 137 aa  55.1  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.413824 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02566  conserved hypothetical protein  34.51 
 
 		 510 aa  54.3  0.0000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.676497 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2440  endoribonuclease L-PSP  34.56 
 
 		 135 aa  54.7  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.863509  normal  0.289698 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0973  hypothetical protein  34.19 
 
 		 136 aa  53.5  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34570  putative translation initiation inhibitor, yjgF family  32.85 
 
 		 136 aa  53.1  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00491284  normal  0.846357 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7869  Endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.228688 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1773  Endoribonuclease L-PSP  33.98 
 
 		 118 aa  52.8  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00826992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  34.95 
 
 		 128 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2995  endoribonuclease L-PSP  34.56 
 
 		 135 aa  52.4  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2046  L-PSP family endoribonuclease  33.01 
 
 		 136 aa  51.6  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13810  putative translation initiation inhibitor, yjgF family  34.95 
 
 		 135 aa  52  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.368894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2496  endoribonuclease, inhibits protein synthesis  30.23 
 
 		 135 aa  52  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.591272  normal  0.661186 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0093  endoribonuclease L-PSP  29.63 
 
 		 154 aa  51.2  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0468551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  39.47 
 
 		 130 aa  51.2  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 129 aa  51.2  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  33.98 
 
 		 128 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 131 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09123  hypothetical protein  35.83 
 
 		 143 aa  50.4  0.000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0386  endoribonuclease L-PSP  41.89 
 
 		 132 aa  50.8  0.000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0244583 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3094  Endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 134 aa  50.8  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.152732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3227  endoribonuclease L-PSP  32.43 
 
 		 140 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.841476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1589  endoribonuclease L-PSP  32.33 
 
 		 130 aa  50.1  0.000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  hitchhiker  0.00909657 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0234  Endoribonuclease L-PSP  33.02 
 
 		 118 aa  49.7  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  33.62 
 
 		 132 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0324  endoribonuclease L-PSP  36.46 
 
 		 132 aa  49.7  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1993  hypothetical protein  39.13 
 
 		 131 aa  48.9  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0722461  normal  0.0925623 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  30.15 
 
 		 129 aa  49.3  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3501  hypothetical protein  29.85 
 
 		 132 aa  49.7  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.987985  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  29.2 
 
 		 129 aa  49.3  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2495  Endoribonuclease L-PSP  32.11 
 
 		 131 aa  48.5  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.628081  normal  0.767882 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0673  hypothetical protein  35.85 
 
 		 124 aa  48.1  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  32.35 
 
 		 132 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1784  Endoribonuclease L-PSP  28.33 
 
 		 141 aa  48.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.164799  normal  0.0106753 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4224  endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 135 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.300025  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0885  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 155 aa  48.1  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.60332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4290  endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 135 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.905721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4602  endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 135 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.343711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  32.58 
 
 		 136 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1663  Endoribonuclease L-PSP  27.34 
 
 		 140 aa  47.8  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0196  Endoribonuclease L-PSP  36.5 
 
 		 135 aa  47.8  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 137 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 137 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 137 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  34.12 
 
 		 140 aa  47  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>