More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4020 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_4389  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 
119 aa  240  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.276873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4020  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 
119 aa  240  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.620706  normal  0.517505 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4502  Endoribonuclease L-PSP  91.6 
 
 
119 aa  223  9e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.654756 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0936  endoribonuclease L-PSP  76.27 
 
 
118 aa  183  8e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2672  hypothetical protein  59.48 
 
 
116 aa  149  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.35779  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4948  Endoribonuclease L-PSP  66.95 
 
 
115 aa  147  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4921  endoribonuclease L-PSP  64.96 
 
 
115 aa  142  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2376  endoribonuclease L-PSP  58.12 
 
 
114 aa  141  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.337804  normal  0.72291 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2936  hypothetical protein  58.77 
 
 
113 aa  140  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0334  endoribonuclease L-PSP  59.65 
 
 
114 aa  139  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2026  endoribonuclease L-PSP  62.71 
 
 
118 aa  137  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.232751  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2626  Endoribonuclease L-PSP  57.89 
 
 
114 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.658895  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1019  hypothetical protein  57.89 
 
 
114 aa  135  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0961  hypothetical protein  57.89 
 
 
114 aa  135  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0809  endoribonuclease L-PSP  57.76 
 
 
115 aa  135  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3910  endoribonuclease L-PSP  60 
 
 
116 aa  135  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119462  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2886  Endoribonuclease L-PSP  55.26 
 
 
114 aa  134  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1174  endoribonuclease L-PSP  56.9 
 
 
114 aa  133  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1365  endoribonuclease L-PSP  57.02 
 
 
114 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.798025  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2171  endoribonuclease L-PSP  56.64 
 
 
117 aa  130  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  0.0971944 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1775  endoribonuclease L-PSP  58.41 
 
 
115 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.634582  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2737  putative ssRNA endoribonuclease L-PSP  56.64 
 
 
115 aa  127  6e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6409  endoribonuclease L-PSP  58.04 
 
 
131 aa  126  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6642  endoribonuclease L-PSP  58.04 
 
 
131 aa  126  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6240  endoribonuclease L-PSP  58.04 
 
 
116 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4474  endoribonuclease L-PSP  55.08 
 
 
117 aa  125  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01773  endoribonuclease L-PSP family  53.91 
 
 
115 aa  125  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.719379  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0466  L-PSP family endoribonuclease  54.39 
 
 
117 aa  125  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1395  endoribonuclease L-PSP  55.75 
 
 
115 aa  124  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2065  endoribonuclease L-PSP  54.95 
 
 
116 aa  124  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.383791  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3393  endoribonuclease L-PSP  55.26 
 
 
116 aa  123  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.308192 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0467  endoribonuclease L-PSP  54.39 
 
 
117 aa  122  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0342744  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4503  endoribonuclease L-PSP  52.63 
 
 
118 aa  122  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259077  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1273  endoribonuclease L-PSP  50.89 
 
 
120 aa  121  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1242  hypothetical protein  51.79 
 
 
114 aa  121  4e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1150  endoribonuclease L-PSP  51.79 
 
 
114 aa  121  4e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.710558  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4240  L-PSP family endoribonuclease  53.57 
 
 
115 aa  120  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.562901  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1781  endoribonuclease L-PSP  50.88 
 
 
140 aa  120  8e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.316896  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0236  endoribonuclease L-PSP  53.91 
 
 
117 aa  120  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2268  endoribonuclease L-PSP  53.1 
 
 
117 aa  120  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4149  endoribonuclease L-PSP  52.63 
 
 
120 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3954  Endoribonuclease L-PSP  52.63 
 
 
117 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0102  endoribonuclease L-PSP family protein  53.91 
 
 
117 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3317  hypothetical protein  50.86 
 
 
117 aa  118  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3652  endoribonuclease L-PSP  51.75 
 
 
117 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4613  endoribonuclease L-PSP  49.14 
 
 
117 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00014505  normal  0.903485 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1560  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
117 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4056  endoribonuclease L-PSP  51.75 
 
 
120 aa  117  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1357  endoribonuclease L-PSP  49.14 
 
 
117 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.430779  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1397  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
117 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0150121  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0337  translation initiation inhibitor  49.58 
 
 
118 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1708  putative endoribonuclease L-PSP  46.55 
 
 
117 aa  115  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1450  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
117 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000258277  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0990  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
117 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00403793  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4031  endoribonuclease L-PSP  51.75 
 
 
117 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1472  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
117 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.155856  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3834  endoribonuclease L-PSP  48.74 
 
 
118 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3771  Endoribonuclease L-PSP  47.41 
 
 
117 aa  115  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0575  endoribonuclease L-PSP  47.86 
 
 
125 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2329  endoribonuclease L-PSP  50.89 
 
 
127 aa  115  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1886  L-PSP family endoribonuclease  46.49 
 
 
141 aa  115  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0683608  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1732  putative endoribonuclease L-PSP  45.69 
 
 
117 aa  115  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.125289  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2929  Endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
115 aa  115  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15841  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0959  putative endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 
117 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0541904  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1099  hypothetical protein  46.49 
 
 
117 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.130213  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1369  hypothetical protein  47.37 
 
 
133 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0205  hypothetical protein  46.49 
 
 
117 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0197898  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1543  hypothetical protein  46.49 
 
 
117 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2598  L-PSP family endoribonuclease  45.69 
 
 
117 aa  114  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0413  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
117 aa  114  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.343212  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6077  hypothetical protein  53.04 
 
 
117 aa  113  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0306  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
118 aa  113  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70010  hypothetical protein  53.04 
 
 
117 aa  113  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1575  hypothetical protein  49.12 
 
 
131 aa  113  7.999999999999999e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2758  Endoribonuclease L-PSP  48.25 
 
 
117 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3638  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
118 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1979  Endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 
122 aa  112  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4397  endoribonuclease L-PSP  48.31 
 
 
120 aa  113  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.455291 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01561  translation initiation inhibitor  49.12 
 
 
118 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0992  hypothetical protein  50.89 
 
 
114 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1889  Endoribonuclease L-PSP  55.26 
 
 
117 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.121968  normal  0.445975 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2710  endoribonuclease L-PSP  54.39 
 
 
117 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.813117 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0288  endoribonuclease L-PSP  49.11 
 
 
116 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00205912  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0002  putative endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
115 aa  112  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.149481  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0934  endoribonuclease L-PSP  50.89 
 
 
139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.989038  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1158  endoribonuclease L-PSP  47.79 
 
 
120 aa  111  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0195416  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1289  Endoribonuclease L-PSP  48.33 
 
 
120 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4265  Endoribonuclease L-PSP  50 
 
 
116 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0653  translation inhibitor of mRNA  45.61 
 
 
116 aa  109  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000040  endoribonuclease L-PSP family protein  45.13 
 
 
117 aa  109  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2018  endoribonuclease L-PSP  48.25 
 
 
114 aa  108  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.711263  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2129  endoribonuclease L-PSP  48.25 
 
 
114 aa  108  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2407  hypothetical protein  48.25 
 
 
114 aa  108  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000841178  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6007  endoribonuclease L-PSP  53.98 
 
 
118 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3455  endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 
117 aa  105  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6378  Endoribonuclease L-PSP  46.43 
 
 
114 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0807375  normal  0.458934 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5525  endoribonuclease L-PSP  52.88 
 
 
106 aa  104  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0246  endoribonuclease L-PSP  46.96 
 
 
116 aa  104  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1649  Endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 
122 aa  104  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.11505  normal  0.123115 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4900  Endoribonuclease L-PSP  49.56 
 
 
118 aa  103  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.432991  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>