More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4281 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03157  hypothetical protein  85.05 
 
 		 455 aa  734    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.367645 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4169  MATE efflux family protein  100 
 
 		 455 aa  880    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4281  MATE efflux family protein  100 
 
 		 455 aa  880    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.711709 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2889  MATE efflux family protein  62.31 
 
 		 471 aa  545  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.78127  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0162  multi anti extrusion protein MatE  57.91 
 
 		 449 aa  481  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0187  MATE efflux family protein  59.78 
 
 		 449 aa  479  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3541  multi anti extrusion protein MatE  52.31 
 
 		 491 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.325016 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2869  MATE efflux family protein  53.33 
 
 		 472 aa  466  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0768419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0316  putative multi anti extrusion protein (MatE)  56.36 
 
 		 436 aa  438  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.915712 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1846  integral membrane protein, putative  43.57 
 
 		 469 aa  397  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.563684  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1419  MATE efflux family protein  44.02 
 
 		 469 aa  395  1e-109  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.703884  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1641  MATE efflux family protein  43.99 
 
 		 469 aa  397  1e-109  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.725642  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1899  putative MATE efflux protein  43.57 
 
 		 469 aa  397  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00227155  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1823  putative MATE efflux protein  43.34 
 
 		 469 aa  394  1e-108  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1621  Na+ driven multidrug efflux pump  43.34 
 
 		 469 aa  394  1e-108  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1591  Na+ driven multidrug efflux pump  43.34 
 
 		 469 aa  394  1e-108  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.742873  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3557  putative MATE efflux protein  43.34 
 
 		 469 aa  394  1e-108  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.43043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1159  MATE efflux family protein  44.44 
 
 		 478 aa  389  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.666411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1787  putative MATE efflux protein  43.34 
 
 		 469 aa  392  1e-107  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3059  MATE efflux family protein  43.02 
 
 		 469 aa  381  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.231532  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3296  MATE efflux family protein  43.02 
 
 		 469 aa  381  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660304  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1839  MATE efflux family protein  45.7 
 
 		 480 aa  380  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2862  MATE efflux family protein  42.47 
 
 		 469 aa  370  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.83664  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3177  MATE efflux family protein  42.57 
 
 		 469 aa  371  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.186099  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2347  MATE efflux family protein  46.26 
 
 		 476 aa  368  1e-100  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1972  putative multi anti extrusion protein (MatE)  42.83 
 
 		 458 aa  318  1e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.84525  normal  0.887527 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3884  MATE efflux family protein  38.15 
 
 		 521 aa  259  7e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1160  MATE efflux family protein  37.22 
 
 		 486 aa  254  2.0000000000000002e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3642  multi anti extrusion protein MatE  35.87 
 
 		 496 aa  252  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.104533  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3962  multi antimicrobial extrusion protein  36.08 
 
 		 492 aa  246  6e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789789  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02151  multi antimicrobial extrusion family protein  37.1 
 
 		 503 aa  241  2e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0031  MATE efflux family protein  36.7 
 
 		 503 aa  234  3e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05514  hypothetical protein  36.02 
 
 		 482 aa  233  5e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.957983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0022  MATE efflux family protein  35.55 
 
 		 524 aa  231  2e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00967763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1044  MATE efflux family protein  32.66 
 
 		 494 aa  218  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1642  Na+ driven multidrug antiporter, C-terminus  44.21 
 
 		 270 aa  212  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0931  MATE efflux family protein  32.94 
 
 		 448 aa  201  3e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1641  Na+ driven multidrug antiporter, N-terminus  41.59 
 
 		 238 aa  189  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.908649  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1597  MATE efflux family protein  27.17 
 
 		 460 aa  188  1e-46  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.36267e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2639  MATE efflux family protein  34.93 
 
 		 481 aa  181  2.9999999999999997e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1091  MATE efflux family protein  29.63 
 
 		 465 aa  169  8e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.719825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  30.21 
 
 		 486 aa  158  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3276  MATE efflux family protein  28.26 
 
 		 457 aa  154  4e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000381455  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3173  MATE efflux family protein  26.87 
 
 		 448 aa  152  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000170892  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1895  MATE efflux family protein  28.86 
 
 		 498 aa  149  7e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0747  MATE efflux family protein  27.79 
 
 		 490 aa  149  8e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0707  MATE efflux family protein  28.47 
 
 		 518 aa  147  5e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.376903  normal  0.476505 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  26.56 
 
 		 454 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  27.88 
 
 		 485 aa  144  4e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  26.92 
 
 		 468 aa  140  4.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3762  MATE efflux family protein  31.21 
 
 		 442 aa  139  7e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000783437  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  24.51 
 
 		 462 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3385  MATE efflux family protein  30.71 
 
 		 453 aa  139  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1058  MATE efflux family protein  23.83 
 
 		 453 aa  139  1e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0762  MATE efflux family protein  27.48 
 
 		 458 aa  136  7.000000000000001e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0451  MATE efflux family protein  26.73 
 
 		 446 aa  136  8e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000226029  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3019  MATE efflux family protein  27.29 
 
 		 453 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000108454  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3677  MATE efflux family protein  27.05 
 
 		 500 aa  135  1.9999999999999998e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.380257  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1454  MATE efflux family protein  26.85 
 
 		 477 aa  135  1.9999999999999998e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0883  MATE efflux family protein  27.83 
 
 		 451 aa  134  3e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000230192  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30280  putative efflux protein, MATE family  30.48 
 
 		 477 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.155954 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1318  MATE efflux family protein  26.14 
 
 		 443 aa  133  6e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000101978  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1055  MATE efflux family protein  25.33 
 
 		 449 aa  130  7.000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000467502  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1808  MATE efflux family protein  26.93 
 
 		 499 aa  129  9.000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.848054  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2591  MATE efflux family protein  29.64 
 
 		 525 aa  129  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.677976  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0086  MATE efflux family protein  29.27 
 
 		 522 aa  129  1.0000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4033  MATE efflux family protein  27.82 
 
 		 458 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078929 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  25 
 
 		 461 aa  127  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2358  MATE efflux family protein  24.88 
 
 		 467 aa  126  8.000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1338  MATE efflux family protein  30.77 
 
 		 481 aa  126  9e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0906  MATE efflux family protein  23.95 
 
 		 448 aa  124  4e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000766798  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0111  MATE efflux family protein  25.4 
 
 		 464 aa  124  5e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0113  MATE efflux family protein  25.4 
 
 		 464 aa  124  5e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  26.82 
 
 		 458 aa  123  7e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1810  MATE efflux family protein  25.48 
 
 		 446 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.108169  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4055  MATE efflux family protein  29.43 
 
 		 483 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0254154 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0485  hypothetical protein  23.6 
 
 		 454 aa  121  1.9999999999999998e-26  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0273971  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0217  MATE efflux family protein  26.37 
 
 		 445 aa  122  1.9999999999999998e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000958822  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2439  MATE efflux family protein  27.13 
 
 		 485 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.739641  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  24.07 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0173  Na+-driven multidrug efflux pump  29.28 
 
 		 446 aa  121  1.9999999999999998e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000291986  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  24.63 
 
 		 470 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2237  MATE efflux family protein  26.83 
 
 		 469 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000615121  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1180  MATE efflux family protein  24.61 
 
 		 455 aa  119  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2458  MATE efflux family protein  26.16 
 
 		 500 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.672094  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3692  MATE efflux family protein  26.29 
 
 		 461 aa  119  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000025823  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2243  MATE efflux family protein  27.74 
 
 		 468 aa  117  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1461  MATE efflux family protein  26.75 
 
 		 500 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1309  MATE efflux family protein  25.78 
 
 		 538 aa  113  6e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0997  MATE efflux family protein  26.15 
 
 		 437 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.207525  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1071  MATE efflux family protein  22.74 
 
 		 475 aa  112  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3371  MATE efflux family protein  28.64 
 
 		 494 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000918656 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0575  MATE efflux family protein  24.36 
 
 		 459 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000335028  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  27.03 
 
 		 454 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1133  MATE efflux family protein  26.39 
 
 		 437 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1842  MATE efflux family protein  25.12 
 
 		 442 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000407528  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3337  MATE efflux family protein  24.82 
 
 		 470 aa  108  2e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0784  MATE efflux family protein  24.03 
 
 		 460 aa  108  2e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1067  MATE efflux family protein  23.27 
 
 		 453 aa  107  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000154468  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1529  MATE efflux family protein  24.41 
 
 		 554 aa  106  7e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.130898  normal  0.344827 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>