More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4328 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4328  phage integrase  100 
 
 		 413 aa  854    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  28.68 
 
 		 411 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  27.76 
 
 		 422 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  28.28 
 
 		 398 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  28.31 
 
 		 398 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  28.28 
 
 		 398 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  28.5 
 
 		 428 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  30.87 
 
 		 394 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  27.46 
 
 		 420 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  28.19 
 
 		 376 aa  116  8.999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  29.19 
 
 		 397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  29.19 
 
 		 397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  29.19 
 
 		 397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  29.19 
 
 		 397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  30.08 
 
 		 421 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  28.88 
 
 		 399 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  29.64 
 
 		 417 aa  100  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  26.23 
 
 		 508 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  25.8 
 
 		 397 aa  84.3  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  26.67 
 
 		 566 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  26.67 
 
 		 704 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  26.67 
 
 		 704 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  27.32 
 
 		 563 aa  80.1  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  26.95 
 
 		 559 aa  79.7  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  28.09 
 
 		 563 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  25.91 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  25.81 
 
 		 732 aa  77.4  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  28.53 
 
 		 557 aa  77  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  28.88 
 
 		 495 aa  77  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  26.47 
 
 		 566 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  27.13 
 
 		 559 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  25.7 
 
 		 565 aa  74.3  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  25.25 
 
 		 565 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  25.25 
 
 		 565 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2429  integrase family protein  26.39 
 
 		 430 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  26.94 
 
 		 566 aa  73.2  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  25.45 
 
 		 716 aa  72.8  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2629  phage integrase family site specific recombinase  23.49 
 
 		 418 aa  70.9  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5548  integrase family protein  29.83 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  22.55 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  26.26 
 
 		 565 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  26.26 
 
 		 565 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  26.26 
 
 		 565 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  26.26 
 
 		 565 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  27.31 
 
 		 316 aa  69.7  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  25.97 
 
 		 408 aa  69.3  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  25.26 
 
 		 408 aa  69.3  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  23.21 
 
 		 420 aa  69.3  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  26.13 
 
 		 559 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3359  phage integrase family protein  29.59 
 
 		 191 aa  68.2  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.843905  normal  0.398062 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  22.55 
 
 		 417 aa  68.9  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  26.87 
 
 		 495 aa  68.6  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02040  site-specific recombinase, phage integrase family protein  28.17 
 
 		 412 aa  68.2  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.751344  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  23.47 
 
 		 609 aa  67.4  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2007  phage integrase family protein  24.84 
 
 		 435 aa  67  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000769024  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  25.06 
 
 		 490 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  25.69 
 
 		 563 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4242  phage integrase family protein  30.41 
 
 		 418 aa  66.6  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  27.6 
 
 		 609 aa  66.2  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  23.47 
 
 		 624 aa  66.2  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  28.34 
 
 		 430 aa  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2211  integrase family protein  27.34 
 
 		 430 aa  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0136042  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2082  phage integrase family protein  24.74 
 
 		 415 aa  66.2  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.267765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11170  site-specific recombinase XerD  28.95 
 
 		 336 aa  65.5  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0225756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1982  phage integrase family protein  25.61 
 
 		 423 aa  65.5  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0235719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  25.53 
 
 		 575 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  26.84 
 
 		 580 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2207  phage integrase family protein  24.03 
 
 		 430 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.151276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  24.46 
 
 		 442 aa  63.2  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  25.27 
 
 		 308 aa  62.4  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2856  site-specific recombinase, phage integrase family  24.41 
 
 		 434 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3433  phage integrase family protein  25.56 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4967  integrase family protein  30.82 
 
 		 495 aa  62  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.617968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  25.4 
 
 		 580 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  25.34 
 
 		 578 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  25.34 
 
 		 578 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  25.34 
 
 		 578 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  25.13 
 
 		 578 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  25.13 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.98 
 
 		 330 aa  60.5  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  23.66 
 
 		 734 aa  60.1  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  24.8 
 
 		 578 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5548  phage integrase  32.05 
 
 		 527 aa  59.3  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174978  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2111  phage integrase  27.08 
 
 		 411 aa  59.3  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15290  tyrosine recombinase XerD subunit  27.24 
 
 		 332 aa  59.7  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.203953  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2224  phage integrase family protein  24.36 
 
 		 431 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0802491  normal  0.324661 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  28.14 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2210  integrase family protein  24.36 
 
 		 431 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241483  normal  0.683218 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  25.5 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  25.09 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  28.25 
 
 		 293 aa  58.2  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  28.25 
 
 		 293 aa  58.2  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  24.25 
 
 		 307 aa  57.4  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  24.48 
 
 		 630 aa  57.8  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  26.57 
 
 		 317 aa  57.4  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  27.23 
 
 		 507 aa  57  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4483  hypothetical protein  24.48 
 
 		 431 aa  57  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  28.65 
 
 		 324 aa  57  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  23.04 
 
 		 733 aa  57  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  27.23 
 
 		 559 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>