More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5988 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  100 
 
 		 495 aa  971    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  83.84 
 
 		 495 aa  808    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  62.7 
 
 		 508 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  57.37 
 
 		 490 aa  528  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5548  phage integrase  50.4 
 
 		 527 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174978  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4967  integrase family protein  49.09 
 
 		 495 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.617968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1772  phage integrase-like protein SAM-like protein  90.32 
 
 		 93 aa  143  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62021  normal  0.350616 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  32.66 
 
 		 411 aa  126  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  30.17 
 
 		 704 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  30.17 
 
 		 704 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  33.44 
 
 		 397 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  33.44 
 
 		 397 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  33.44 
 
 		 397 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  33.44 
 
 		 397 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  33.6 
 
 		 580 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  31.4 
 
 		 428 aa  107  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  31.45 
 
 		 559 aa  107  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  33.62 
 
 		 588 aa  106  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  31.18 
 
 		 565 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  31.18 
 
 		 565 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  31.18 
 
 		 565 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  31.18 
 
 		 565 aa  106  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  29.97 
 
 		 421 aa  105  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  28.29 
 
 		 422 aa  103  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  31.08 
 
 		 559 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  31.92 
 
 		 565 aa  102  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  30.64 
 
 		 557 aa  103  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  30.9 
 
 		 563 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  30.29 
 
 		 420 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  29.98 
 
 		 565 aa  100  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  31.58 
 
 		 770 aa  100  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  29.98 
 
 		 565 aa  100  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  30.86 
 
 		 566 aa  100  9e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  28.74 
 
 		 716 aa  99.4  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  31.66 
 
 		 399 aa  98.2  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  30.81 
 
 		 563 aa  98.2  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  31.03 
 
 		 417 aa  98.6  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  30.16 
 
 		 578 aa  94.4  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  30.08 
 
 		 578 aa  94  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  30.08 
 
 		 578 aa  94  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  26.44 
 
 		 436 aa  94  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  27.32 
 
 		 394 aa  93.2  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  30.14 
 
 		 630 aa  92  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  29.65 
 
 		 398 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  29.65 
 
 		 398 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  29.65 
 
 		 398 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  29.07 
 
 		 578 aa  91.3  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  28.99 
 
 		 732 aa  90.5  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  29.72 
 
 		 563 aa  89.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  29.89 
 
 		 580 aa  89  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  26.33 
 
 		 282 aa  88.2  3e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  28.45 
 
 		 566 aa  88.2  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  29.89 
 
 		 578 aa  88.2  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  29.04 
 
 		 575 aa  87  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 624 aa  87  8e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  23.28 
 
 		 415 aa  85.5  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  27.37 
 
 		 734 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  30.79 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  28.4 
 
 		 332 aa  84.3  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  28.98 
 
 		 559 aa  84.3  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  30.35 
 
 		 609 aa  83.6  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.19 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  28.33 
 
 		 566 aa  83.2  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.12 
 
 		 299 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  25.82 
 
 		 420 aa  82.8  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.46 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  26.63 
 
 		 397 aa  82.4  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  31.48 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  26.35 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  30.75 
 
 		 313 aa  81.6  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  28.26 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.63 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  28.43 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  28.31 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2210  integrase family protein  30.28 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241024 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.5 
 
 		 299 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  29.25 
 
 		 318 aa  79.7  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  24.39 
 
 		 310 aa  79.3  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.37 
 
 		 302 aa  79  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  27.17 
 
 		 442 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  29.97 
 
 		 609 aa  78.2  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  30.43 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  32.89 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  28.71 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.48 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.81 
 
 		 318 aa  77.4  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.69 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.69 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.69 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  28 
 
 		 559 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.69 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4932  phage integrase family protein  29.03 
 
 		 618 aa  77.4  0.0000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.356622 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  30.84 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4328  phage integrase  29.19 
 
 		 413 aa  77  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  28 
 
 		 507 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.81 
 
 		 318 aa  77.4  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.69 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  24.84 
 
 		 295 aa  75.9  0.000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.63 
 
 		 306 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>