More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5172 on replicon NC_012849
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  100 
 
 		 704 aa  1421    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  58.64 
 
 		 716 aa  791    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  100 
 
 		 704 aa  1421    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  41.41 
 
 		 630 aa  418  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  32.18 
 
 		 733 aa  274  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  31.42 
 
 		 710 aa  262  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  34.8 
 
 		 575 aa  256  7e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  34.69 
 
 		 563 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  34.67 
 
 		 565 aa  252  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  34.67 
 
 		 565 aa  252  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  34.04 
 
 		 565 aa  251  4e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  34.04 
 
 		 565 aa  251  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  34.04 
 
 		 565 aa  251  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  34.04 
 
 		 565 aa  251  4e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  33.33 
 
 		 578 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  33.16 
 
 		 578 aa  247  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  34.24 
 
 		 566 aa  246  6.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  33.22 
 
 		 578 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  33.46 
 
 		 578 aa  246  8e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  34.17 
 
 		 565 aa  246  9.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  32.33 
 
 		 580 aa  244  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  33.58 
 
 		 770 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  33.72 
 
 		 559 aa  243  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  32.89 
 
 		 578 aa  242  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  34.76 
 
 		 580 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  33.66 
 
 		 559 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  34.3 
 
 		 559 aa  238  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  33.04 
 
 		 563 aa  238  4e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  34.95 
 
 		 588 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  31.87 
 
 		 566 aa  233  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  32.6 
 
 		 557 aa  231  4e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  34.42 
 
 		 507 aa  231  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  35.71 
 
 		 442 aa  231  5e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  33.15 
 
 		 559 aa  230  7e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  32.99 
 
 		 566 aa  221  3e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  32.7 
 
 		 563 aa  219  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0076  hypothetical protein  28.31 
 
 		 797 aa  207  4e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.701551  hitchhiker  0.00833618 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  29.23 
 
 		 732 aa  205  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  30.58 
 
 		 609 aa  204  6e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  30.49 
 
 		 609 aa  201  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4932  phage integrase family protein  31 
 
 		 618 aa  196  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.356622 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4952  integrase family protein  31.72 
 
 		 577 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5448  integrase family protein  31.72 
 
 		 577 aa  192  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  28.13 
 
 		 734 aa  191  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  34.18 
 
 		 420 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  34.2 
 
 		 398 aa  183  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  26.95 
 
 		 624 aa  182  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  33.96 
 
 		 398 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  33.96 
 
 		 398 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  33.49 
 
 		 428 aa  179  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  31.54 
 
 		 411 aa  176  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  32.71 
 
 		 421 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  35.16 
 
 		 397 aa  170  9e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  35.16 
 
 		 397 aa  170  9e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  35.16 
 
 		 397 aa  170  9e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  35.16 
 
 		 397 aa  170  9e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  30.7 
 
 		 422 aa  167  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6892  phage integrase family protein  29.97 
 
 		 618 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6164  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  30.21 
 
 		 616 aa  160  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  31.91 
 
 		 394 aa  160  9e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  30.54 
 
 		 417 aa  160  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  33.33 
 
 		 399 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  27.91 
 
 		 420 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4613  integrase domain-containing protein  36.36 
 
 		 222 aa  132  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.754834 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5548  phage integrase  31.03 
 
 		 527 aa  127  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174978  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  31.62 
 
 		 490 aa  122  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  30.17 
 
 		 495 aa  115  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  25.83 
 
 		 415 aa  114  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  30.72 
 
 		 508 aa  114  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  29.38 
 
 		 436 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  25.55 
 
 		 376 aa  108  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2629  phage integrase family site specific recombinase  24.93 
 
 		 418 aa  108  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  28.96 
 
 		 397 aa  107  7e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  28.95 
 
 		 495 aa  107  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  30 
 
 		 398 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02040  site-specific recombinase, phage integrase family protein  25.93 
 
 		 412 aa  101  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.751344  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  25.12 
 
 		 444 aa  97.4  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  24.66 
 
 		 417 aa  92.4  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  24.66 
 
 		 406 aa  92  3e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2111  phage integrase  24.59 
 
 		 411 aa  92.4  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4967  integrase family protein  29.41 
 
 		 495 aa  90.9  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.617968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5821  tyrosine-based site-specific recombinase XerD  26.28 
 
 		 526 aa  85.5  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  24.48 
 
 		 430 aa  84.7  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4614  phage integrase  35.8 
 
 		 185 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2082  phage integrase family protein  24.39 
 
 		 415 aa  84.3  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.267765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3359  phage integrase family protein  28.65 
 
 		 191 aa  82.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.843905  normal  0.398062 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  24.59 
 
 		 408 aa  82.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2224  phage integrase family protein  22.81 
 
 		 431 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0802491  normal  0.324661 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2210  integrase family protein  22.81 
 
 		 431 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241483  normal  0.683218 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4328  phage integrase  26.67 
 
 		 413 aa  81.3  0.00000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  24.05 
 
 		 408 aa  80.9  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2856  site-specific recombinase, phage integrase family  26.1 
 
 		 434 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5345  putative integrase/recombinase protein  29.57 
 
 		 527 aa  80.1  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2174  phage integrase family protein  22.61 
 
 		 431 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.193814  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2211  integrase family protein  24.35 
 
 		 430 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0136042  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  27.65 
 
 		 292 aa  79  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  26.36 
 
 		 277 aa  77.4  0.0000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.08 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.1 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.17 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>