More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1825 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  63.36 
 
 		 559 aa  665    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  65.91 
 
 		 578 aa  728    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  64.79 
 
 		 565 aa  711    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  81.53 
 
 		 566 aa  885    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  100 
 
 		 566 aa  1110    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  68.85 
 
 		 566 aa  746    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  66.54 
 
 		 565 aa  716    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  66.2 
 
 		 575 aa  723    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  66.43 
 
 		 563 aa  738    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  66.07 
 
 		 559 aa  709    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  66.03 
 
 		 578 aa  717    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  63.92 
 
 		 563 aa  685    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  66.54 
 
 		 565 aa  716    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  66.54 
 
 		 565 aa  716    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  66.55 
 
 		 580 aa  718    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  64.99 
 
 		 557 aa  662    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  66.54 
 
 		 565 aa  716    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  71.51 
 
 		 559 aa  762    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  71.04 
 
 		 559 aa  770    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  65.91 
 
 		 578 aa  728    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  64.61 
 
 		 565 aa  710    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  67.52 
 
 		 563 aa  726    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  65.91 
 
 		 578 aa  726    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  61.46 
 
 		 565 aa  670    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  66.02 
 
 		 578 aa  724    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  72.95 
 
 		 442 aa  616  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  65.02 
 
 		 507 aa  617  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  55.5 
 
 		 580 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  55.5 
 
 		 588 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7607  phage integrase family protein  60.43 
 
 		 248 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.484677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  32.9 
 
 		 716 aa  238  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  32.5 
 
 		 704 aa  233  8.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  32.5 
 
 		 704 aa  233  8.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4613  integrase domain-containing protein  57.43 
 
 		 222 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.754834 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  35.11 
 
 		 770 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  35.73 
 
 		 630 aa  214  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  37.63 
 
 		 411 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  32.02 
 
 		 733 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  36.88 
 
 		 417 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  35.6 
 
 		 394 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  35.88 
 
 		 420 aa  189  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  34.38 
 
 		 422 aa  189  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  35.03 
 
 		 421 aa  184  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  37.11 
 
 		 428 aa  183  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  35.79 
 
 		 399 aa  183  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  35.88 
 
 		 398 aa  183  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  35.88 
 
 		 398 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  35.88 
 
 		 398 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  35.81 
 
 		 397 aa  181  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  35.81 
 
 		 397 aa  181  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  35.81 
 
 		 397 aa  181  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  35.81 
 
 		 397 aa  181  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  31.59 
 
 		 710 aa  170  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4614  phage integrase  53.53 
 
 		 185 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4952  integrase family protein  30.69 
 
 		 577 aa  167  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5448  integrase family protein  30.52 
 
 		 577 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  35.93 
 
 		 397 aa  163  9e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6892  phage integrase family protein  32.46 
 
 		 618 aa  160  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  31.17 
 
 		 609 aa  157  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  32.07 
 
 		 609 aa  156  8e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  33.07 
 
 		 420 aa  153  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  29.39 
 
 		 624 aa  144  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  28.65 
 
 		 734 aa  132  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4932  phage integrase family protein  28.85 
 
 		 618 aa  132  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.356622 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6164  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  37.45 
 
 		 616 aa  127  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  26.8 
 
 		 732 aa  126  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  33.24 
 
 		 490 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5821  tyrosine-based site-specific recombinase XerD  28.12 
 
 		 526 aa  109  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  26.4 
 
 		 376 aa  108  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  32.37 
 
 		 508 aa  105  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2856  site-specific recombinase, phage integrase family  26.72 
 
 		 434 aa  104  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  27.41 
 
 		 444 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0076  hypothetical protein  28.25 
 
 		 797 aa  103  8e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.701551  hitchhiker  0.00833618 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5345  putative integrase/recombinase protein  32.4 
 
 		 527 aa  103  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5548  phage integrase  26.98 
 
 		 527 aa  100  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174978  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  26.36 
 
 		 415 aa  98.6  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  30.27 
 
 		 398 aa  96.7  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  26.01 
 
 		 436 aa  92.4  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  29.67 
 
 		 297 aa  91.3  5e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2629  phage integrase family site specific recombinase  24.86 
 
 		 418 aa  90.5  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  29.78 
 
 		 293 aa  88.6  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  32.79 
 
 		 320 aa  88.2  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  28.45 
 
 		 495 aa  88.2  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  31.98 
 
 		 295 aa  87.4  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  29.72 
 
 		 308 aa  86.3  0.000000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  30.57 
 
 		 293 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  26.4 
 
 		 417 aa  86.3  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  26.4 
 
 		 406 aa  86.3  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0350  phage integrase family protein  29.76 
 
 		 341 aa  85.5  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000105216  hitchhiker  0.0000498769 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  31.36 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  31.84 
 
 		 317 aa  82.8  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  25.92 
 
 		 430 aa  83.2  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  29.69 
 
 		 302 aa  82.8  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  27.97 
 
 		 316 aa  82.8  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  27.84 
 
 		 299 aa  82.8  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  31.7 
 
 		 309 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0688  integrase family protein  27.6 
 
 		 336 aa  82.4  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.06 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  30.56 
 
 		 296 aa  82.8  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.34 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>