More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01673 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  66.78 
 
 		 563 aa  707    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  100 
 
 		 566 aa  1107    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  68.24 
 
 		 565 aa  742    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  67.38 
 
 		 563 aa  747    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  76.08 
 
 		 442 aa  639    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  68.41 
 
 		 559 aa  731    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  67.88 
 
 		 578 aa  732    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  69.19 
 
 		 575 aa  735    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  67.42 
 
 		 580 aa  742    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  65.49 
 
 		 565 aa  726    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  74.27 
 
 		 559 aa  788    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  68.82 
 
 		 578 aa  753    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  68.24 
 
 		 565 aa  742    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  66.55 
 
 		 566 aa  733    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  63.96 
 
 		 559 aa  672    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  65.55 
 
 		 557 aa  676    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  68.67 
 
 		 563 aa  748    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  81.53 
 
 		 566 aa  868    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  74.95 
 
 		 559 aa  810    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  68.99 
 
 		 578 aa  754    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  68.24 
 
 		 565 aa  742    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  65.32 
 
 		 565 aa  724    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  68.24 
 
 		 565 aa  742    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  68.64 
 
 		 578 aa  748    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  63.51 
 
 		 565 aa  692    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  68.42 
 
 		 578 aa  751    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  65.67 
 
 		 507 aa  623  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  55.81 
 
 		 580 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  56.35 
 
 		 588 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7607  phage integrase family protein  61.3 
 
 		 248 aa  264  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.484677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  33.93 
 
 		 716 aa  244  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  32.04 
 
 		 704 aa  239  9e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  32.04 
 
 		 704 aa  239  9e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4613  integrase domain-containing protein  56.8 
 
 		 222 aa  234  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.754834 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  37.76 
 
 		 770 aa  224  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  35.84 
 
 		 630 aa  216  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  37.2 
 
 		 411 aa  206  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  35.43 
 
 		 422 aa  203  7e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  33.98 
 
 		 710 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  31.45 
 
 		 733 aa  200  7e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  36.62 
 
 		 394 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  34.71 
 
 		 421 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  35.7 
 
 		 420 aa  195  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  36.72 
 
 		 399 aa  194  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  35.14 
 
 		 397 aa  194  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  35.14 
 
 		 397 aa  194  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  35.14 
 
 		 397 aa  194  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  35.14 
 
 		 397 aa  194  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  36.39 
 
 		 428 aa  188  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  35.43 
 
 		 398 aa  187  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  35.43 
 
 		 398 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  35.43 
 
 		 398 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  35.6 
 
 		 417 aa  184  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4614  phage integrase  53.57 
 
 		 185 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  36.44 
 
 		 397 aa  172  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4952  integrase family protein  31.03 
 
 		 577 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5448  integrase family protein  30.86 
 
 		 577 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  31.19 
 
 		 624 aa  165  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6892  phage integrase family protein  31.84 
 
 		 618 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  32.12 
 
 		 609 aa  155  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  31.22 
 
 		 609 aa  153  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  29.27 
 
 		 734 aa  152  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0076  hypothetical protein  27.29 
 
 		 797 aa  143  9e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.701551  hitchhiker  0.00833618 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  32.8 
 
 		 420 aa  140  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  28.2 
 
 		 732 aa  140  8.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4932  phage integrase family protein  28.74 
 
 		 618 aa  139  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.356622 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6164  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  37.66 
 
 		 616 aa  125  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  31.86 
 
 		 508 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  27.27 
 
 		 376 aa  118  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  27.51 
 
 		 436 aa  111  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  27.16 
 
 		 444 aa  106  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5821  tyrosine-based site-specific recombinase XerD  31.8 
 
 		 526 aa  106  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5345  putative integrase/recombinase protein  33.23 
 
 		 527 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2856  site-specific recombinase, phage integrase family  26.74 
 
 		 434 aa  105  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  30.33 
 
 		 490 aa  103  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5548  phage integrase  28.04 
 
 		 527 aa  102  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174978  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  24.93 
 
 		 415 aa  100  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  25.85 
 
 		 417 aa  95.1  3e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  25.85 
 
 		 406 aa  94.7  4e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  26.74 
 
 		 430 aa  94.7  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  31.27 
 
 		 398 aa  94  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2629  phage integrase family site specific recombinase  25.56 
 
 		 418 aa  93.2  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0057  tyrosine recombinase XerD  30.52 
 
 		 312 aa  88.2  4e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  28.81 
 
 		 295 aa  87.4  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0052  phage integrase  30.4 
 
 		 312 aa  85.9  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  32.93 
 
 		 339 aa  85.1  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  30.23 
 
 		 325 aa  84.7  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  28.11 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.64 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  28.88 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  29.11 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2082  phage integrase family protein  26.92 
 
 		 415 aa  83.2  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.267765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  28.03 
 
 		 293 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4328  phage integrase  26.67 
 
 		 413 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  28.33 
 
 		 495 aa  83.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  26.32 
 
 		 297 aa  82.8  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02040  site-specific recombinase, phage integrase family protein  23.76 
 
 		 412 aa  82.4  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.751344  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  30.65 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.68 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>