84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4613 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4613  integrase domain-containing protein  100 
 
 		 222 aa  442  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.754834 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  84.21 
 
 		 588 aa  360  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  82.86 
 
 		 580 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  61.17 
 
 		 563 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  60.19 
 
 		 565 aa  244  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  60.19 
 
 		 565 aa  244  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  60.19 
 
 		 565 aa  244  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  60.19 
 
 		 565 aa  244  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  57.89 
 
 		 565 aa  242  3e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  57.89 
 
 		 565 aa  242  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  61.73 
 
 		 565 aa  238  5e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  59 
 
 		 559 aa  237  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  58.33 
 
 		 557 aa  230  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  56.93 
 
 		 566 aa  229  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  58.71 
 
 		 442 aa  227  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  56.06 
 
 		 566 aa  226  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  55.5 
 
 		 559 aa  225  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  57.92 
 
 		 563 aa  224  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  55.5 
 
 		 563 aa  223  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  59.09 
 
 		 575 aa  224  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  57.58 
 
 		 566 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  54.85 
 
 		 559 aa  222  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  58.59 
 
 		 578 aa  222  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  58.59 
 
 		 580 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  58.25 
 
 		 578 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  57.77 
 
 		 578 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  58.25 
 
 		 578 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  57.58 
 
 		 578 aa  216  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  54.37 
 
 		 507 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  54.37 
 
 		 559 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4952  integrase family protein  44.12 
 
 		 577 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5448  integrase family protein  41.86 
 
 		 577 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  47.31 
 
 		 630 aa  133  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  36.36 
 
 		 704 aa  131  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  36.36 
 
 		 704 aa  131  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  38.63 
 
 		 710 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  46.41 
 
 		 411 aa  126  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  43.48 
 
 		 770 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  34.71 
 
 		 716 aa  123  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  45.83 
 
 		 422 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4932  phage integrase family protein  36.59 
 
 		 618 aa  121  9e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.356622 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  44.72 
 
 		 421 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  44.22 
 
 		 394 aa  119  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  45.95 
 
 		 420 aa  118  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6164  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  38.16 
 
 		 616 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  45.45 
 
 		 398 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  45.45 
 
 		 398 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  45.45 
 
 		 398 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  45.45 
 
 		 428 aa  116  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  39.33 
 
 		 420 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  43.06 
 
 		 417 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6892  phage integrase family protein  38.65 
 
 		 618 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  41.94 
 
 		 399 aa  105  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  44.72 
 
 		 397 aa  102  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5821  tyrosine-based site-specific recombinase XerD  35.83 
 
 		 526 aa  98.6  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  40.79 
 
 		 397 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  40.79 
 
 		 397 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  40.79 
 
 		 397 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  40.79 
 
 		 397 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5345  putative integrase/recombinase protein  36.98 
 
 		 527 aa  87.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  36.73 
 
 		 436 aa  83.6  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  36.17 
 
 		 732 aa  83.6  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  32.37 
 
 		 733 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  38.04 
 
 		 734 aa  82  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  29.58 
 
 		 624 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0076  hypothetical protein  31.25 
 
 		 797 aa  71.6  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.701551  hitchhiker  0.00833618 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7607  phage integrase family protein  40.7 
 
 		 248 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.484677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  34.88 
 
 		 609 aa  65.1  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  36.3 
 
 		 508 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  34.11 
 
 		 609 aa  62.8  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5548  phage integrase  32.17 
 
 		 527 aa  61.6  0.000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174978  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  37.41 
 
 		 490 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  28.36 
 
 		 376 aa  56.6  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  33.06 
 
 		 495 aa  56.6  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  36.22 
 
 		 398 aa  55.8  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02236  putative prolin-rich protein  32.26 
 
 		 432 aa  52  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  31.62 
 
 		 495 aa  51.6  0.000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  26.32 
 
 		 408 aa  49.7  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  26.14 
 
 		 408 aa  48.9  0.00006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3779  putative proline-rich protein  30.58 
 
 		 427 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0230018  normal  0.115334 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  25.16 
 
 		 406 aa  48.1  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3891  putative prolin-rich protein  30.58 
 
 		 427 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  25.16 
 
 		 417 aa  48.1  0.0001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  40.35 
 
 		 444 aa  45.4  0.0007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>