80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02236 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02236  putative prolin-rich protein  100 
 
 		 432 aa  828    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3779  putative proline-rich protein  72.16 
 
 		 427 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0230018  normal  0.115334 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3891  putative prolin-rich protein  72.16 
 
 		 427 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  32.88 
 
 		 398 aa  139  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  29.23 
 
 		 422 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  32.3 
 
 		 411 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  30.59 
 
 		 421 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  32.3 
 
 		 398 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  32.3 
 
 		 420 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  32.3 
 
 		 398 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  32.3 
 
 		 398 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  31.55 
 
 		 397 aa  99.8  8e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  31.55 
 
 		 397 aa  99.8  8e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  31.55 
 
 		 397 aa  99.8  8e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  31.55 
 
 		 397 aa  99.8  8e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  31.54 
 
 		 428 aa  99  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  31.17 
 
 		 399 aa  95.1  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  28.66 
 
 		 394 aa  92  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  30.26 
 
 		 420 aa  90.5  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  30.26 
 
 		 417 aa  81.6  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  31.8 
 
 		 609 aa  77.4  0.0000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  28.61 
 
 		 397 aa  73.2  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  41.6 
 
 		 630 aa  72  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  25.98 
 
 		 436 aa  71.6  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  24.92 
 
 		 624 aa  70.1  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  27.2 
 
 		 716 aa  68.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  30.27 
 
 		 566 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  29.02 
 
 		 609 aa  68.9  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  28.11 
 
 		 733 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  27.97 
 
 		 704 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  27.97 
 
 		 704 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  30.5 
 
 		 566 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  29.3 
 
 		 563 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  29.47 
 
 		 770 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  27.18 
 
 		 565 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  27.18 
 
 		 565 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  29.23 
 
 		 565 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  29.23 
 
 		 565 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  29.23 
 
 		 565 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  29.23 
 
 		 565 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  31.05 
 
 		 710 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  31.01 
 
 		 559 aa  61.2  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  29.89 
 
 		 559 aa  60.5  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  28.36 
 
 		 566 aa  60.1  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  28.94 
 
 		 563 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  22.66 
 
 		 408 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  22.25 
 
 		 408 aa  57.4  0.0000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  27.34 
 
 		 575 aa  57  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  27.78 
 
 		 578 aa  55.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  27.68 
 
 		 578 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  29.15 
 
 		 578 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  27.44 
 
 		 578 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  26.15 
 
 		 430 aa  55.5  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  29.86 
 
 		 588 aa  55.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  23.88 
 
 		 376 aa  55.1  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  28.52 
 
 		 580 aa  54.7  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  29.7 
 
 		 442 aa  54.7  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  28.27 
 
 		 565 aa  54.3  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  29.23 
 
 		 559 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  28.52 
 
 		 578 aa  54.3  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  29.43 
 
 		 557 aa  53.9  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  31.72 
 
 		 563 aa  53.1  0.000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5821  tyrosine-based site-specific recombinase XerD  31.47 
 
 		 526 aa  51.6  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4613  integrase domain-containing protein  32.26 
 
 		 222 aa  51.6  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.754834 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  20.75 
 
 		 406 aa  51.6  0.00003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  20.75 
 
 		 417 aa  51.6  0.00003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0076  hypothetical protein  27.97 
 
 		 797 aa  50.8  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.701551  hitchhiker  0.00833618 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4952  integrase family protein  33.56 
 
 		 577 aa  50.8  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  29.23 
 
 		 580 aa  50.8  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5448  integrase family protein  33.56 
 
 		 577 aa  50.8  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  27.03 
 
 		 415 aa  50.1  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  25.57 
 
 		 732 aa  49.3  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  24.1 
 
 		 444 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2439  integrase family protein  26.72 
 
 		 283 aa  47  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000285613  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1318  integrase/recombinase protein  36.84 
 
 		 190 aa  46.2  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3359  phage integrase family protein  28.99 
 
 		 191 aa  46.2  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.843905  normal  0.398062 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  29.2 
 
 		 508 aa  44.7  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1982  phage integrase family protein  21.94 
 
 		 423 aa  44.3  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0235719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5345  putative integrase/recombinase protein  27.2 
 
 		 527 aa  43.5  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  29.46 
 
 		 495 aa  43.1  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>