More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1982 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1982  phage integrase family protein  100 
 
 		 423 aa  885    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0235719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2429  integrase family protein  64.94 
 
 		 430 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2207  phage integrase family protein  66.82 
 
 		 430 aa  600  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.151276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2210  integrase family protein  64.32 
 
 		 431 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241483  normal  0.683218 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2104  phage integrase family protein  64.55 
 
 		 431 aa  596  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.896145  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2224  phage integrase family protein  64.32 
 
 		 431 aa  594  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0802491  normal  0.324661 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2002  phage integrase family protein  64.24 
 
 		 431 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0997607  hitchhiker  0.000000242196 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1973  phage integrase family protein  64.24 
 
 		 431 aa  594  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2197  phage integrase family protein  64.08 
 
 		 431 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4483  hypothetical protein  64.08 
 
 		 431 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2211  integrase family protein  62.82 
 
 		 430 aa  589  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0136042  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2174  phage integrase family protein  63.85 
 
 		 431 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.193814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2007  phage integrase family protein  61.41 
 
 		 435 aa  565  1e-160  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000769024  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1855  phage integrase  62.47 
 
 		 440 aa  536  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2370  phage integrase family site specific recombinase  67.01 
 
 		 288 aa  419  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2111  phage integrase  38.85 
 
 		 411 aa  288  9e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  34.12 
 
 		 417 aa  256  7e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  33.88 
 
 		 406 aa  254  2.0000000000000002e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2082  phage integrase family protein  34.96 
 
 		 415 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.267765  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  31.91 
 
 		 408 aa  218  1e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  31.91 
 
 		 408 aa  217  2.9999999999999998e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  29.13 
 
 		 444 aa  182  7e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  28.93 
 
 		 430 aa  180  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2367  hypothetical protein  55.04 
 
 		 146 aa  168  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2856  site-specific recombinase, phage integrase family  29.46 
 
 		 434 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  30.89 
 
 		 415 aa  161  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2629  phage integrase family site specific recombinase  28.42 
 
 		 418 aa  153  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02040  site-specific recombinase, phage integrase family protein  28.94 
 
 		 412 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.751344  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4242  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  27.73 
 
 		 716 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  25.2 
 
 		 394 aa  103  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  24.66 
 
 		 422 aa  97.4  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  24.06 
 
 		 417 aa  92  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  28.43 
 
 		 397 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  28.43 
 
 		 397 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  28.43 
 
 		 397 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  28.43 
 
 		 397 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  23.59 
 
 		 428 aa  87  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  23.86 
 
 		 420 aa  85.5  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  24.32 
 
 		 411 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  23.73 
 
 		 420 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  23.54 
 
 		 398 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  23.47 
 
 		 399 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  23.44 
 
 		 421 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  23.54 
 
 		 398 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  23.54 
 
 		 398 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  26.11 
 
 		 565 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  24.93 
 
 		 397 aa  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  22.99 
 
 		 704 aa  77  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  22.99 
 
 		 704 aa  77  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  25.28 
 
 		 398 aa  76.6  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  24.37 
 
 		 630 aa  75.5  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  24.73 
 
 		 563 aa  74.7  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  23.45 
 
 		 563 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  27.3 
 
 		 565 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  27.3 
 
 		 565 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  27.3 
 
 		 565 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  27.3 
 
 		 565 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  26.27 
 
 		 770 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  23.73 
 
 		 588 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  23.51 
 
 		 580 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  26.96 
 
 		 563 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  24.35 
 
 		 566 aa  67.8  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  26.69 
 
 		 507 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  26.69 
 
 		 559 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  23.5 
 
 		 436 aa  67.4  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  24.59 
 
 		 565 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  24.59 
 
 		 565 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  26.42 
 
 		 566 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  25.71 
 
 		 733 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4328  phage integrase  25.61 
 
 		 413 aa  65.5  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  26.86 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  22.11 
 
 		 376 aa  65.1  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  25.23 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  23.1 
 
 		 559 aa  64.7  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  24.44 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  25.58 
 
 		 557 aa  63.2  0.000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  25.47 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  23.76 
 
 		 442 aa  61.6  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  24.63 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  23.43 
 
 		 710 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  22.87 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.78 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  25.35 
 
 		 559 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.78 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.78 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1326  integrase family protein  23.22 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.847423  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.78 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4624  integrase family protein  25.34 
 
 		 353 aa  59.3  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0157087  hitchhiker  0.00236939 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  31.16 
 
 		 326 aa  59.3  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  23.48 
 
 		 317 aa  58.9  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  26 
 
 		 330 aa  59.3  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  23.14 
 
 		 578 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.44 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  24.91 
 
 		 324 aa  58.5  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  23.68 
 
 		 293 aa  58.5  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.09 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  22.87 
 
 		 575 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  24.2 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  23.35 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>