More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5076 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  100 
 
 		 733 aa  1473    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  53.04 
 
 		 710 aa  615  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  37.71 
 
 		 770 aa  361  3e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  32.21 
 
 		 704 aa  273  6e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  32.21 
 
 		 704 aa  273  6e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  34.18 
 
 		 630 aa  255  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  31.59 
 
 		 716 aa  244  6e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  32.51 
 
 		 578 aa  219  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  32.18 
 
 		 578 aa  218  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  32.18 
 
 		 578 aa  217  7e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  32.3 
 
 		 580 aa  215  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  32.14 
 
 		 578 aa  211  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  31.73 
 
 		 609 aa  211  5e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  32.76 
 
 		 566 aa  208  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  33.46 
 
 		 578 aa  209  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  32.82 
 
 		 565 aa  204  4e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  32.23 
 
 		 609 aa  203  7e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  30.69 
 
 		 565 aa  203  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  30.69 
 
 		 565 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  32.4 
 
 		 588 aa  202  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  32.71 
 
 		 575 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  34.13 
 
 		 442 aa  200  7e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  32.7 
 
 		 507 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  32.7 
 
 		 559 aa  200  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  33.2 
 
 		 557 aa  199  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  32.73 
 
 		 563 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  31.71 
 
 		 580 aa  198  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  31.13 
 
 		 624 aa  198  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  32.39 
 
 		 559 aa  196  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  32.31 
 
 		 559 aa  195  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  31.13 
 
 		 566 aa  194  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  33.01 
 
 		 565 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  33.01 
 
 		 565 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  33.01 
 
 		 565 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  33.01 
 
 		 565 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  31.53 
 
 		 563 aa  192  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  34.44 
 
 		 422 aa  187  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4952  integrase family protein  32.24 
 
 		 577 aa  188  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  31.64 
 
 		 566 aa  187  6e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5448  integrase family protein  32.3 
 
 		 577 aa  187  7e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  29.72 
 
 		 734 aa  185  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  32.06 
 
 		 563 aa  185  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  32.56 
 
 		 559 aa  185  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0076  hypothetical protein  28.48 
 
 		 797 aa  182  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.701551  hitchhiker  0.00833618 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  27.73 
 
 		 732 aa  179  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  36.27 
 
 		 397 aa  178  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  36.27 
 
 		 397 aa  178  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  36.27 
 
 		 397 aa  178  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  36.27 
 
 		 397 aa  178  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  34.31 
 
 		 411 aa  177  8e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  34.11 
 
 		 421 aa  172  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  32.54 
 
 		 398 aa  162  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  32.54 
 
 		 398 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  32.54 
 
 		 398 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  32.21 
 
 		 394 aa  161  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  32.78 
 
 		 420 aa  160  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  34.65 
 
 		 417 aa  159  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6892  phage integrase family protein  32.22 
 
 		 618 aa  157  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  31.82 
 
 		 428 aa  155  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  33.1 
 
 		 399 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6164  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  29.37 
 
 		 616 aa  142  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4932  phage integrase family protein  27.31 
 
 		 618 aa  130  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.356622 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  28.9 
 
 		 420 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  31.11 
 
 		 397 aa  121  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  29.21 
 
 		 436 aa  106  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  27.82 
 
 		 406 aa  102  3e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  26.87 
 
 		 417 aa  100  1e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5345  putative integrase/recombinase protein  34.35 
 
 		 527 aa  99.8  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  27.78 
 
 		 408 aa  94.4  7e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  27.53 
 
 		 408 aa  93.6  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  26.95 
 
 		 376 aa  93.6  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5821  tyrosine-based site-specific recombinase XerD  28.57 
 
 		 526 aa  91.3  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2082  phage integrase family protein  27.34 
 
 		 415 aa  84.7  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.267765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4613  integrase domain-containing protein  32.37 
 
 		 222 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.754834 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  23.66 
 
 		 415 aa  80.9  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2856  site-specific recombinase, phage integrase family  24.34 
 
 		 434 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5548  phage integrase  26.98 
 
 		 527 aa  79  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174978  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  28.95 
 
 		 398 aa  78.6  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2111  phage integrase  26 
 
 		 411 aa  77.8  0.0000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  27.79 
 
 		 430 aa  77  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  23.31 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14190  tyrosine recombinase XerD  31.19 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.127512  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  33.01 
 
 		 302 aa  73.2  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4614  phage integrase  34.15 
 
 		 185 aa  72  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  33.5 
 
 		 319 aa  71.6  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  26.21 
 
 		 495 aa  71.6  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  27.16 
 
 		 490 aa  71.2  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  28.47 
 
 		 302 aa  70.5  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5732  integrase family protein  32.03 
 
 		 274 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02040  site-specific recombinase, phage integrase family protein  23.53 
 
 		 412 aa  70.5  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.751344  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  25.94 
 
 		 326 aa  70.5  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1982  phage integrase family protein  25.71 
 
 		 423 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0235719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  25.81 
 
 		 508 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  23.13 
 
 		 299 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  31.37 
 
 		 317 aa  69.7  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.29 
 
 		 324 aa  69.3  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  28.42 
 
 		 320 aa  69.7  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  31.38 
 
 		 317 aa  69.3  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  25.09 
 
 		 297 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  30.36 
 
 		 332 aa  68.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>