More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1326 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1326  integrase family protein  100 
 
 		 309 aa  634    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.847423  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4760  integrase family protein  33.99 
 
 		 354 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  28.67 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  28.78 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  31.23 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2012  Phage integrase  30.82 
 
 		 329 aa  107  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.67 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.67 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.37 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.37 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.37 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.37 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.37 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.67 
 
 		 296 aa  102  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.67 
 
 		 296 aa  102  7e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.67 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 295 aa  102  8e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  26.88 
 
 		 294 aa  102  9e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  28.47 
 
 		 296 aa  102  9e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.63 
 
 		 296 aa  102  9e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  28.96 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1431  phage integrase  28.16 
 
 		 309 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.145363  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4646  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  30.96 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  30.47 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  28.76 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1508  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  33.45 
 
 		 319 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.5 
 
 		 296 aa  99.4  7e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.68 
 
 		 299 aa  99  9e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4608  site-specific recombinase, phage integrase family  31.32 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.764652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1475  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  31.32 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.04346  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1492  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  30.25 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  29.15 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  27.49 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  30.63 
 
 		 306 aa  97.1  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  27.96 
 
 		 295 aa  97.1  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2807  Phage integrase  30.63 
 
 		 323 aa  95.9  7e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 291 aa  95.9  8e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.04 
 
 		 300 aa  95.9  9e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  29.24 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  29.05 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  29.82 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.62 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  30 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  27.11 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  29.97 
 
 		 310 aa  94.4  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1084  integrase/recombinase XerD, putative  27.06 
 
 		 296 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.636718  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  29.43 
 
 		 305 aa  93.6  3e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  29.08 
 
 		 304 aa  93.2  5e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  28.43 
 
 		 299 aa  93.2  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  28.52 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  28.23 
 
 		 299 aa  92.8  7e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2178  phage integrase family protein  31.25 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.27 
 
 		 300 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.27 
 
 		 300 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  28.42 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  28.67 
 
 		 291 aa  91.3  2e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  26.35 
 
 		 290 aa  91.3  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  27.03 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  28.36 
 
 		 304 aa  89.4  7e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.87 
 
 		 298 aa  89.4  7e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  27.6 
 
 		 300 aa  89  9e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.76 
 
 		 298 aa  89  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.66 
 
 		 298 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  28.22 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  29.27 
 
 		 301 aa  87.4  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  26.43 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  25.9 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  31.62 
 
 		 312 aa  87.4  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  28.92 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  27.87 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.53 
 
 		 298 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.78 
 
 		 298 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  27.66 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.53 
 
 		 298 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2207  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.92 
 
 		 319 aa  87  4e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.787262  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  27.17 
 
 		 294 aa  87  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  29.45 
 
 		 313 aa  86.7  5e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  25.36 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  26.69 
 
 		 307 aa  85.9  7e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  26.18 
 
 		 308 aa  85.9  9e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  26.43 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  29.08 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2987  putative site specific integrase  26.54 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4798  phage integrase family protein  29.68 
 
 		 331 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.586427 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  28.28 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  29.93 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  27.53 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2651  integrase/recombinase  26.87 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.178628 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.53 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  28.62 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.14 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  27.14 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  28.25 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  29.03 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  28.93 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  24.32 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  27.56 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>