More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2178 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2178  phage integrase family protein  100 
 
 		 303 aa  615  1e-175  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4760  integrase family protein  35.84 
 
 		 354 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2492  integrase family protein  37.54 
 
 		 332 aa  132  7.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.384565  normal  0.947006 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2347  phage integrase family protein  37.16 
 
 		 332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.01871 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.1 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.04 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.39 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  34.94 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.6 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.2 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.14 
 
 		 298 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.14 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  33.58 
 
 		 298 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.39 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.14 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.49 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  34.16 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  27.03 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  33.73 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  30.22 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.74 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.35 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  32.49 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.35 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  31.72 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  32.91 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.97 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  31.71 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  32.91 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  30.91 
 
 		 309 aa  99.8  5e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.97 
 
 		 296 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.97 
 
 		 296 aa  99.8  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.97 
 
 		 296 aa  99.8  5e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.97 
 
 		 296 aa  99.8  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  30.22 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.97 
 
 		 296 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.97 
 
 		 296 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  29.84 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.85 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.12 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  25 
 
 		 291 aa  97.1  3e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  32.12 
 
 		 286 aa  97.4  3e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  33.2 
 
 		 332 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  32.68 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.41 
 
 		 295 aa  96.7  5e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  35.5 
 
 		 332 aa  96.3  6e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  32.27 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  30.41 
 
 		 302 aa  95.5  9e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  28.26 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  29.91 
 
 		 298 aa  94.7  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  30.84 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  33.46 
 
 		 328 aa  94  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  33.46 
 
 		 328 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.44 
 
 		 299 aa  93.6  4e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.16 
 
 		 299 aa  93.2  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  30.58 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3475  integrase family protein  33.33 
 
 		 405 aa  92.8  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0402721  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  29.64 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  29.84 
 
 		 303 aa  92.8  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1196  tyrosine recombinase XerD  33.02 
 
 		 309 aa  92.8  7e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0670859  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  30.45 
 
 		 323 aa  92.4  7e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1431  phage integrase  30.66 
 
 		 309 aa  92.4  8e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.145363  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  31.12 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1326  integrase family protein  31.25 
 
 		 309 aa  92  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.847423  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  30.31 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  29.37 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  30.43 
 
 		 321 aa  91.7  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  29.12 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.88 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  30.94 
 
 		 342 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  30.31 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  30.89 
 
 		 285 aa  91.7  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  31.35 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  30.58 
 
 		 343 aa  90.9  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  30.83 
 
 		 301 aa  90.9  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0015  Phage integrase  30.3 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.230922  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  30.58 
 
 		 343 aa  90.5  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  32.18 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  31.72 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6639  phage integrase family site specific recombinase  34.5 
 
 		 257 aa  90.1  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  31.5 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5671  Site-specific recombinase XerD-like protein  30.91 
 
 		 373 aa  89.7  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  34.57 
 
 		 318 aa  89.7  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  31.97 
 
 		 311 aa  89.4  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5541  integrase family protein  28.1 
 
 		 329 aa  89.4  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0614894 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  32.94 
 
 		 295 aa  89.4  7e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>