More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2987 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2987  putative site specific integrase  100 
 
 		 318 aa  651    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1084  integrase/recombinase XerD, putative  61.51 
 
 		 296 aa  363  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.636718  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5115  phage integrase family protein  58.09 
 
 		 304 aa  357  9.999999999999999e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.244336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3892  integrase/recombinase  54.4 
 
 		 310 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2807  Phage integrase  31.9 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1508  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  32.86 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2012  Phage integrase  31.91 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4646  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  32.38 
 
 		 317 aa  125  9e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4798  phage integrase family protein  29.75 
 
 		 331 aa  123  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.586427 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  31.41 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1492  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  30.5 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4608  site-specific recombinase, phage integrase family  31.23 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.764652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1475  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  31.23 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.04346  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  27.56 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  25.08 
 
 		 290 aa  89  9e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  27.06 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  26.43 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  26.92 
 
 		 310 aa  85.9  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  23.55 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0221  integrase domain protein SAM domain protein  30.33 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1326  integrase family protein  26.54 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.847423  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.92 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  24.63 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0078  phage integrase family protein  26.87 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  27.75 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  24.72 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  23.6 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  26.55 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  28.57 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  28.18 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  28.1 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  30.98 
 
 		 313 aa  80.5  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.22 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1313  tyrosine recombinase XerD  26.39 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  26.1 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  26.22 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0404  integrase family protein  28.52 
 
 		 320 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000863146  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  28.15 
 
 		 302 aa  79  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  25.93 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  26.52 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  25.84 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  27.24 
 
 		 306 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  27.48 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1431  phage integrase  26.58 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.145363  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  27.31 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.9 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.78 
 
 		 333 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  25.17 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  28.57 
 
 		 311 aa  77.4  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.78 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5541  integrase family protein  25.77 
 
 		 329 aa  76.6  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0614894 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  25.56 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.19 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.85 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  23.97 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.6 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.47 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  24.44 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  26.59 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  24.44 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1918  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.38 
 
 		 369 aa  75.9  0.0000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.250204  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1924  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.38 
 
 		 369 aa  75.9  0.0000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0242507  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.44 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.44 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.47 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.44 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  29 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.47 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.44 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.85 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0306  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.48 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2705  integrase family protein  22.71 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.800791  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  26.26 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.85 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.85 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.89 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.85 
 
 		 329 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0118  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.85 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  28.79 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.83 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.44 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.48 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.85 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  26.26 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1519  integrase family protein  26.7 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959361  decreased coverage  3.1361700000000003e-18 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.34 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  25.34 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  28.3 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.63 
 
 		 315 aa  73.9  0.000000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0272  phage integrase family site specific recombinase  25.29 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0295  phage integrase family site specific recombinase  25.29 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0905  phage integrase family site specific recombinase  25.29 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.09 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4563  integrase domain protein SAM domain protein  26.96 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  26.5 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.44 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  24.22 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.97 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>