More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1084 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1084  integrase/recombinase XerD, putative  100 
 
 		 296 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.636718  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5115  phage integrase family protein  71.23 
 
 		 304 aa  434  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.244336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3892  integrase/recombinase  71.23 
 
 		 310 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2987  putative site specific integrase  61.51 
 
 		 318 aa  363  2e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2012  Phage integrase  31.8 
 
 		 329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4646  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  34.15 
 
 		 317 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2807  Phage integrase  31.07 
 
 		 323 aa  129  6e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1508  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  33.57 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1492  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  31.8 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4608  site-specific recombinase, phage integrase family  32.52 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.764652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1475  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  32.52 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.04346  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4798  phage integrase family protein  32.37 
 
 		 331 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.586427 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  29.37 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  30.74 
 
 		 295 aa  99.4  7e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  27.51 
 
 		 296 aa  98.2  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  29.32 
 
 		 295 aa  97.1  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  28.32 
 
 		 305 aa  95.5  1e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1326  integrase family protein  27.06 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.847423  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  25.18 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14190  tyrosine recombinase XerD  31.18 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.127512  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 		 321 aa  90.5  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  28.95 
 
 		 295 aa  89.4  7e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0221  integrase domain protein SAM domain protein  32.39 
 
 		 223 aa  88.6  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.82 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0078  phage integrase family protein  27.24 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  28.87 
 
 		 294 aa  87.4  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  29.39 
 
 		 317 aa  86.7  5e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.72 
 
 		 295 aa  85.5  9e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  31.02 
 
 		 311 aa  85.5  9e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  26.87 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  29.66 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  27.51 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.5 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2705  integrase family protein  24.05 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.800791  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.82 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.28 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.28 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  27.88 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.28 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.28 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  26.39 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  24.82 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  24.82 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.28 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.82 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.82 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.82 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.82 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  22.88 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  28.17 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.28 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.28 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.82 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  27.08 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.91 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  22.26 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.91 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  25.94 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.16 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  29.31 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.59 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.11 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  28.25 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  25.37 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  30.53 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  26.2 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0404  integrase family protein  27.48 
 
 		 320 aa  79.3  0.00000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000863146  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  26.02 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.68 
 
 		 310 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.68 
 
 		 310 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.68 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  28.37 
 
 		 343 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.68 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.68 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  21.48 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.68 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.68 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  23.33 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.96 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  27.17 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.87 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  29.45 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.73 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.87 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  25.55 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.96 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.87 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.96 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.57 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  26.37 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  24.81 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  25.74 
 
 		 274 aa  77  0.0000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  28.43 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  24.63 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  28.03 
 
 		 343 aa  76.6  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  27.24 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.74 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>