More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0404 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0404  integrase family protein  100 
 
 		 320 aa  653    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000863146  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  35.69 
 
 		 313 aa  122  6e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  30.85 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5541  integrase family protein  29.62 
 
 		 329 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0614894 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  32.75 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  32.39 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  31.85 
 
 		 293 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  32.39 
 
 		 307 aa  109  5e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  32.73 
 
 		 332 aa  109  7.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  29.69 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3696  integrase domain protein SAM domain protein  29.96 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.851802  normal  0.785312 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  32.26 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.95 
 
 		 315 aa  106  4e-22  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  30.74 
 
 		 293 aa  105  8e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  32.99 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  32.31 
 
 		 343 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  32.41 
 
 		 343 aa  102  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.22 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.22 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.22 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0229  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  30.2 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0287  integrase domain protein SAM domain protein  30.2 
 
 		 362 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  28 
 
 		 310 aa  99.8  6e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  27.46 
 
 		 299 aa  99  8e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  34.86 
 
 		 324 aa  99  9e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  34.8 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011723  PCC8801_4550  integrase family protein  26.75 
 
 		 362 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  normal  1  normal  0.798479 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0924  phage integrase family protein  30.85 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.852644  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  32.72 
 
 		 296 aa  96.3  6e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  33.77 
 
 		 297 aa  95.9  8e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  28.07 
 
 		 296 aa  95.5  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  34.51 
 
 		 310 aa  95.5  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  33.46 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3102  integrase family protein  26.41 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000184896  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  30.72 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.51 
 
 		 313 aa  93.6  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  27.8 
 
 		 298 aa  93.2  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  31.6 
 
 		 298 aa  93.2  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  30.28 
 
 		 300 aa  93.2  6e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.01 
 
 		 302 aa  92.4  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.22 
 
 		 303 aa  92.4  8e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  29.12 
 
 		 298 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.12 
 
 		 298 aa  92.4  9e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.12 
 
 		 298 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.12 
 
 		 298 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.12 
 
 		 298 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  31.11 
 
 		 295 aa  92.4  9e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.41 
 
 		 295 aa  92.4  9e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  31.43 
 
 		 294 aa  92.4  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.12 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  30.94 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.77 
 
 		 298 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  25.72 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  32.23 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  28.77 
 
 		 298 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  29.45 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.42 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3115  phage integrase  30.96 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  28.94 
 
 		 284 aa  89  1e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  30.11 
 
 		 315 aa  88.6  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.94 
 
 		 298 aa  89  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.11 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0409  Phage integrase  28.76 
 
 		 317 aa  89  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.383536  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  28.48 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.6 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  31.14 
 
 		 283 aa  87.8  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  28.87 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2347  phage integrase family protein  31.8 
 
 		 332 aa  87.8  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.01871 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4572  integrase family protein  28.81 
 
 		 373 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.74 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.18 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.62 
 
 		 311 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  29.67 
 
 		 309 aa  87.4  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.74 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.74 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.74 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  25.96 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.58 
 
 		 328 aa  86.7  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  28.86 
 
 		 317 aa  86.7  5e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  25.81 
 
 		 301 aa  86.3  6e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.4 
 
 		 311 aa  86.3  6e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.45 
 
 		 298 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.43 
 
 		 336 aa  86.3  7e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  28.31 
 
 		 317 aa  86.3  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  28.62 
 
 		 301 aa  85.9  7e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  29.03 
 
 		 308 aa  85.9  8e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  28.3 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  29.62 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  27.56 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0221  phage integrase  29.03 
 
 		 349 aa  85.5  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.118358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  28.48 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  29.54 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  27.94 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  28.57 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  29.9 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  27.72 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.86 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.52 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  29.78 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  31.34 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>