More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1475 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4608  site-specific recombinase, phage integrase family  100 
 
 		 320 aa  653    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.764652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1475  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  100 
 
 		 320 aa  653    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.04346  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1492  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  93.44 
 
 		 320 aa  616  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4646  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  87.38 
 
 		 317 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1508  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  75.97 
 
 		 319 aa  481  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2807  Phage integrase  59.42 
 
 		 323 aa  366  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4798  phage integrase family protein  60.59 
 
 		 331 aa  358  6e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.586427 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2012  Phage integrase  58.52 
 
 		 329 aa  355  3.9999999999999996e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0221  integrase domain protein SAM domain protein  56.46 
 
 		 223 aa  251  2e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  32.71 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  33.7 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  35.38 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  33.33 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  34.07 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  29.97 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  37.77 
 
 		 304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  34.42 
 
 		 303 aa  125  8.000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  33.21 
 
 		 313 aa  125  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  29.32 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.71 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.71 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.83 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.83 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.83 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.83 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.71 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  34.72 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1084  integrase/recombinase XerD, putative  32.52 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.636718  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  34.19 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.95 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.95 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  32.34 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  32.34 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  30.34 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.57 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.08 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.08 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.08 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5115  phage integrase family protein  33.22 
 
 		 304 aa  116  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.244336  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.08 
 
 		 299 aa  116  6e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.71 
 
 		 296 aa  116  6e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.08 
 
 		 299 aa  116  6e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  32.72 
 
 		 310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  32.83 
 
 		 314 aa  115  8.999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  33.33 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.69 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  32.44 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.2 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  35.99 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2987  putative site specific integrase  31.23 
 
 		 318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.69 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.69 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  31.2 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  31.84 
 
 		 296 aa  113  5e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.31 
 
 		 299 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.18 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  32.84 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.54 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  33.46 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4760  integrase family protein  30.28 
 
 		 354 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  31.32 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  31.16 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  34.09 
 
 		 295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  31.62 
 
 		 309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.42 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  31.58 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0292  tyrosine recombinase XerD  33.97 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  33.59 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  32.46 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  30.71 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  34.56 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  34.57 
 
 		 294 aa  106  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  29.93 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 298 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  32.08 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  32.97 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  31.62 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  33.46 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  30.04 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  29.2 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  31.29 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  31.75 
 
 		 292 aa  103  5e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.25 
 
 		 298 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1196  tyrosine recombinase XerD  37.61 
 
 		 309 aa  102  7e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0670859  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1313  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 309 aa  102  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  29.27 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0582  integrase family protein  31.6 
 
 		 330 aa  102  8e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.132855 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  31.14 
 
 		 294 aa  102  9e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.61 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  36.36 
 
 		 254 aa  100  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3892  integrase/recombinase  30 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  31.6 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  29.6 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  29.78 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2593  integrase family protein  27.51 
 
 		 291 aa  100  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>