More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0221 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0221  integrase domain protein SAM domain protein  100 
 
 		 223 aa  458  9.999999999999999e-129  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4798  phage integrase family protein  61.46 
 
 		 331 aa  264  8e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.586427 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2012  Phage integrase  60.98 
 
 		 329 aa  254  8e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4608  site-specific recombinase, phage integrase family  56.46 
 
 		 320 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.764652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1475  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  56.46 
 
 		 320 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.04346  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4646  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  59.02 
 
 		 317 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1492  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  57.07 
 
 		 320 aa  248  6e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2807  Phage integrase  57.48 
 
 		 323 aa  248  7e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1508  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  58.13 
 
 		 319 aa  241  7e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  32.79 
 
 		 302 aa  92.4  4e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  29.59 
 
 		 295 aa  92  6e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  32.79 
 
 		 302 aa  91.7  8e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  31.69 
 
 		 302 aa  91.7  8e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1084  integrase/recombinase XerD, putative  32.39 
 
 		 296 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.636718  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2987  putative site specific integrase  30.33 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5115  phage integrase family protein  31.58 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.244336  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  32.79 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  32.07 
 
 		 290 aa  78.2  0.00000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  31.84 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2347  phage integrase family protein  33.66 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.01871 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3892  integrase/recombinase  28.19 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2492  integrase family protein  31.71 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.384565  normal  0.947006 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  31.94 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  27.47 
 
 		 296 aa  74.7  0.0000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  31.11 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2651  integrase/recombinase  31.14 
 
 		 320 aa  73.6  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.178628 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  34.24 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  30.85 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.09 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  28.81 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.09 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3569  phage integrase family protein  28.19 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal  0.0892176 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.09 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.09 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  28.33 
 
 		 296 aa  72  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  28.09 
 
 		 294 aa  71.6  0.000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.53 
 
 		 296 aa  72  0.000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.53 
 
 		 296 aa  72  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.09 
 
 		 296 aa  71.6  0.000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.53 
 
 		 296 aa  72  0.000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.53 
 
 		 296 aa  72  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.09 
 
 		 296 aa  71.6  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1326  integrase family protein  34.66 
 
 		 309 aa  71.6  0.000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.847423  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0287  integrase domain protein SAM domain protein  31.74 
 
 		 362 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.55 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0229  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  31.14 
 
 		 362 aa  71.2  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.02 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  31.52 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  30 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1189  integrase family protein  27.32 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203109  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.61 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.28 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  28.11 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  30.6 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  28.16 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  25.84 
 
 		 302 aa  68.9  0.00000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  29.38 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.61 
 
 		 298 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.61 
 
 		 298 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.61 
 
 		 298 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.19 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  31.4 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  30.32 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  30.9 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  33.17 
 
 		 293 aa  67  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  35.29 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  33.67 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_011723  PCC8801_4550  integrase family protein  28.51 
 
 		 362 aa  67.4  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  normal  1  normal  0.798479 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.64 
 
 		 298 aa  67  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  27.96 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  28.8 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  29.53 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  32.5 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2593  integrase family protein  27.98 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  28.09 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  26.94 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3696  integrase domain protein SAM domain protein  31.62 
 
 		 337 aa  65.9  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.851802  normal  0.785312 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  30.17 
 
 		 315 aa  65.5  0.0000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.22 
 
 		 298 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  31.87 
 
 		 306 aa  65.1  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  29.5 
 
 		 298 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 296 aa  65.1  0.0000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  31.69 
 
 		 304 aa  65.1  0.0000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  29.94 
 
 		 309 aa  65.1  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.21 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  28.33 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  29.63 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3108  integrase family protein  27.22 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000512092  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  29.94 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  32.97 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  34.29 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  32.45 
 
 		 317 aa  63.5  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.92 
 
 		 277 aa  63.9  0.000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.2 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  26.88 
 
 		 300 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  26.88 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.84 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  32.04 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 297 aa  63.2  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>