More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1082 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  100 
 
 		 290 aa  586  1e-166  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  63.21 
 
 		 282 aa  386  1e-106  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 316 aa  179  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  36.79 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  34.63 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  33.92 
 
 		 306 aa  176  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  34.98 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  34.27 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  37.15 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  34.03 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  31.71 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  31.64 
 
 		 320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  34.49 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  31.55 
 
 		 322 aa  171  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  33.68 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  33.8 
 
 		 362 aa  170  3e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  35.48 
 
 		 297 aa  169  3e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  33.22 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  33.69 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 295 aa  169  7e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  33.57 
 
 		 297 aa  169  7e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  33.21 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  32.75 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  34.17 
 
 		 292 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  34.07 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  34.17 
 
 		 292 aa  165  9e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  30.36 
 
 		 315 aa  165  9e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  34.64 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.69 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.29 
 
 		 299 aa  163  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.29 
 
 		 299 aa  163  2.0000000000000002e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  32.77 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  29.89 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.29 
 
 		 299 aa  163  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.54 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.54 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  32 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.54 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  32.62 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.61 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.21 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  33.22 
 
 		 291 aa  163  3e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.54 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.1 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.21 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.61 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  34.33 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  32.23 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  32.52 
 
 		 296 aa  162  6e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  34.04 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  40.38 
 
 		 254 aa  162  7e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 318 aa  162  8.000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.33 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 318 aa  162  8.000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.21 
 
 		 296 aa  161  9e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.21 
 
 		 296 aa  161  9e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  33.68 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.21 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.21 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  29.66 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  32.73 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  35.36 
 
 		 284 aa  160  2e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  32.25 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  34.96 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.87 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  30.69 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  34.63 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  31.82 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  32.45 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.1 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  31.74 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  33.95 
 
 		 299 aa  159  5e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 324 aa  159  5e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  35.74 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.7 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  33.45 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  29.43 
 
 		 313 aa  159  6e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.1 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  30.88 
 
 		 295 aa  159  6e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  30.88 
 
 		 295 aa  159  6e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.1 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.1 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.1 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  32.04 
 
 		 311 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  30.9 
 
 		 302 aa  158  9e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.14 
 
 		 314 aa  158  9e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  32.51 
 
 		 296 aa  158  9e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  33.1 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  31.97 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>