More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6320 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  100 
 
 		 398 aa  788    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  34.71 
 
 		 394 aa  159  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  35.9 
 
 		 421 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  35.39 
 
 		 411 aa  145  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  35.82 
 
 		 428 aa  142  9e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  34.2 
 
 		 397 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  34.2 
 
 		 397 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  34.79 
 
 		 420 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  34.2 
 
 		 397 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  34.2 
 
 		 397 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  32.39 
 
 		 422 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_003296  RS02236  putative prolin-rich protein  32.35 
 
 		 432 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  34.02 
 
 		 417 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3891  putative prolin-rich protein  31.55 
 
 		 427 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3779  putative proline-rich protein  31.55 
 
 		 427 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0230018  normal  0.115334 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  35.54 
 
 		 398 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  35.54 
 
 		 398 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  35.54 
 
 		 398 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  33.7 
 
 		 770 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  31.98 
 
 		 716 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  33.62 
 
 		 399 aa  125  9e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  33.06 
 
 		 578 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  33.6 
 
 		 578 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  33.6 
 
 		 578 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  33.6 
 
 		 578 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  33.6 
 
 		 580 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  33.87 
 
 		 578 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  30.85 
 
 		 420 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  31.2 
 
 		 397 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  33.79 
 
 		 565 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  33.79 
 
 		 565 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  33.79 
 
 		 565 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  33.79 
 
 		 565 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  33.33 
 
 		 575 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  34.15 
 
 		 563 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  32.8 
 
 		 566 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  32.97 
 
 		 630 aa  109  9.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  30.12 
 
 		 704 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  30.12 
 
 		 704 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  33.07 
 
 		 580 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  31.78 
 
 		 565 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  31.78 
 
 		 565 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  32.79 
 
 		 559 aa  103  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  30.68 
 
 		 563 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  32.8 
 
 		 588 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  30.54 
 
 		 566 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  29.61 
 
 		 559 aa  99.4  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  31.17 
 
 		 566 aa  98.2  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  30.89 
 
 		 565 aa  98.6  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  29.72 
 
 		 557 aa  97.1  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  30.75 
 
 		 442 aa  96.7  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  31.18 
 
 		 559 aa  96.7  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  31.84 
 
 		 507 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  31.84 
 
 		 559 aa  94.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2211  integrase family protein  26.05 
 
 		 430 aa  94  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0136042  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  26.74 
 
 		 436 aa  93.2  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  29.59 
 
 		 609 aa  92  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  27.27 
 
 		 408 aa  92.4  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  27.27 
 
 		 408 aa  92  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  25 
 
 		 376 aa  90.1  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  23.83 
 
 		 417 aa  88.2  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  28.92 
 
 		 563 aa  87  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  23.77 
 
 		 406 aa  85.1  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1982  phage integrase family protein  25.28 
 
 		 423 aa  84  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0235719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  29.27 
 
 		 609 aa  84.3  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2224  phage integrase family protein  25 
 
 		 431 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0802491  normal  0.324661 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2210  integrase family protein  25 
 
 		 431 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241483  normal  0.683218 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2429  integrase family protein  26.57 
 
 		 430 aa  82  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  27.56 
 
 		 732 aa  80.9  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2174  phage integrase family protein  24.4 
 
 		 431 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.193814  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2197  phage integrase family protein  25 
 
 		 431 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2111  phage integrase  24.19 
 
 		 411 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4483  hypothetical protein  25 
 
 		 431 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  28.61 
 
 		 733 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  25.88 
 
 		 430 aa  76.3  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  26.01 
 
 		 624 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  30.11 
 
 		 508 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  26.63 
 
 		 734 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  28.45 
 
 		 710 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  29.43 
 
 		 490 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  30.48 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  29.46 
 
 		 317 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3359  phage integrase family protein  32.4 
 
 		 191 aa  72.4  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.843905  normal  0.398062 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 286 aa  72.4  0.00000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  25.94 
 
 		 444 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  28.57 
 
 		 495 aa  71.2  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  31.34 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0436  integrase family protein  24.4 
 
 		 323 aa  69.7  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.788545  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1973  phage integrase family protein  23.75 
 
 		 431 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2104  phage integrase family protein  24.18 
 
 		 431 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.896145  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  29.75 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2002  phage integrase family protein  23.75 
 
 		 431 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0997607  hitchhiker  0.000000242196 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  29.63 
 
 		 296 aa  67  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  25.91 
 
 		 310 aa  67  0.0000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  26.87 
 
 		 295 aa  67  0.0000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.09 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.09 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.56 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4851  integrase family protein  22.75 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>