More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6577 on replicon NC_010553
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  100 
 
 		 710 aa  1418    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  51.89 
 
 		 733 aa  629  1e-179  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  36.08 
 
 		 770 aa  311  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  31.93 
 
 		 704 aa  269  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  31.93 
 
 		 704 aa  269  1e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  33.28 
 
 		 716 aa  265  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  33.93 
 
 		 630 aa  248  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  35.44 
 
 		 578 aa  217  7e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  35.23 
 
 		 578 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  33.98 
 
 		 563 aa  214  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  35.23 
 
 		 578 aa  214  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  33.07 
 
 		 565 aa  214  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  33.07 
 
 		 565 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  36.23 
 
 		 580 aa  207  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  33.86 
 
 		 565 aa  207  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  33.86 
 
 		 565 aa  207  7e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  33.86 
 
 		 565 aa  207  7e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  33.86 
 
 		 565 aa  207  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  36.4 
 
 		 563 aa  207  7e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  36.01 
 
 		 578 aa  206  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  34.18 
 
 		 559 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  34.07 
 
 		 588 aa  204  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  33.72 
 
 		 566 aa  203  8e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  34.66 
 
 		 578 aa  203  9e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  35.47 
 
 		 575 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  32.61 
 
 		 557 aa  202  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  32.52 
 
 		 566 aa  201  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0076  hypothetical protein  30.61 
 
 		 797 aa  199  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.701551  hitchhiker  0.00833618 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  34.38 
 
 		 442 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  33.9 
 
 		 559 aa  198  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  32.75 
 
 		 563 aa  198  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  34.13 
 
 		 580 aa  198  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  34.34 
 
 		 559 aa  196  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  32.28 
 
 		 565 aa  189  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  34.16 
 
 		 507 aa  189  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  33.78 
 
 		 559 aa  189  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  28.44 
 
 		 624 aa  181  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  30.43 
 
 		 609 aa  175  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  30.43 
 
 		 609 aa  176  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  31.72 
 
 		 566 aa  175  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  33.33 
 
 		 422 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  27.42 
 
 		 734 aa  165  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  33.65 
 
 		 411 aa  163  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  34.54 
 
 		 421 aa  161  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  27.05 
 
 		 732 aa  158  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5448  integrase family protein  31.66 
 
 		 577 aa  155  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4952  integrase family protein  31.77 
 
 		 577 aa  155  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  34.52 
 
 		 397 aa  148  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  34.52 
 
 		 397 aa  148  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  34.52 
 
 		 397 aa  148  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  34.52 
 
 		 397 aa  148  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  31.83 
 
 		 420 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4932  phage integrase family protein  30.44 
 
 		 618 aa  144  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.356622 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6892  phage integrase family protein  28.28 
 
 		 618 aa  144  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  32.59 
 
 		 397 aa  142  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  32.09 
 
 		 417 aa  140  7e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6164  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  29.93 
 
 		 616 aa  138  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  31.89 
 
 		 394 aa  137  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  31.75 
 
 		 428 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  30.93 
 
 		 398 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  30.93 
 
 		 398 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  30.93 
 
 		 398 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  30.26 
 
 		 399 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4613  integrase domain-containing protein  38.63 
 
 		 222 aa  126  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.754834 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  30.7 
 
 		 420 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  27.69 
 
 		 436 aa  105  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5345  putative integrase/recombinase protein  32.89 
 
 		 527 aa  100  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5821  tyrosine-based site-specific recombinase XerD  26.58 
 
 		 526 aa  91.7  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  25.06 
 
 		 376 aa  82  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  24.77 
 
 		 307 aa  79.3  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0142  integrase family protein  25.26 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  25.23 
 
 		 408 aa  77.4  0.0000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  25.23 
 
 		 408 aa  76.6  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  29.2 
 
 		 398 aa  76.6  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  25.2 
 
 		 308 aa  75.9  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2629  phage integrase family site specific recombinase  24.74 
 
 		 418 aa  75.5  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  26.36 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  23.5 
 
 		 417 aa  73.2  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  26.34 
 
 		 495 aa  73.2  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  23.5 
 
 		 406 aa  72.4  0.00000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  30.54 
 
 		 302 aa  70.5  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  24.67 
 
 		 415 aa  69.3  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  25.39 
 
 		 495 aa  68.6  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0098  integrase family protein  25.09 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  23.55 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  26.01 
 
 		 490 aa  67.4  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  24.87 
 
 		 508 aa  67  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  31.6 
 
 		 346 aa  67  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  27.65 
 
 		 315 aa  66.2  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  27.37 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.05 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  29.33 
 
 		 362 aa  64.3  0.000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  27.44 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.71 
 
 		 294 aa  63.5  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3928  integrase family protein  25.89 
 
 		 290 aa  63.5  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2861  tyrosine recombinase XerD subunit  29.17 
 
 		 313 aa  63.2  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.67951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  25.72 
 
 		 302 aa  63.2  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1982  phage integrase family protein  23.69 
 
 		 423 aa  63.2  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0235719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  30.54 
 
 		 299 aa  62.4  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.23 
 
 		 313 aa  62.4  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>