More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6086 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  58.64 
 
 		 704 aa  791    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  58.64 
 
 		 704 aa  791    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  100 
 
 		 716 aa  1446    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  40.11 
 
 		 630 aa  430  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  33.96 
 
 		 566 aa  261  2e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  35.4 
 
 		 565 aa  260  7e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  35.4 
 
 		 565 aa  260  7e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  35.4 
 
 		 565 aa  260  7e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  35.4 
 
 		 565 aa  260  7e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  35.34 
 
 		 563 aa  258  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  33.28 
 
 		 710 aa  257  5e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  34.67 
 
 		 565 aa  257  7e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  33.21 
 
 		 575 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  33.03 
 
 		 565 aa  246  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  33.03 
 
 		 565 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  34.44 
 
 		 563 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  34.75 
 
 		 559 aa  243  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  30.3 
 
 		 733 aa  243  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  33.93 
 
 		 557 aa  241  2.9999999999999997e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  33.16 
 
 		 578 aa  240  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 578 aa  240  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  33.16 
 
 		 578 aa  239  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  33.16 
 
 		 578 aa  239  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  33.93 
 
 		 566 aa  239  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  32.61 
 
 		 580 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  34.29 
 
 		 559 aa  239  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  33.4 
 
 		 580 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  33.08 
 
 		 578 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  32.78 
 
 		 563 aa  231  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  33.21 
 
 		 588 aa  230  6e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  33.14 
 
 		 559 aa  230  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  32.9 
 
 		 566 aa  230  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  30.64 
 
 		 770 aa  225  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  34.06 
 
 		 442 aa  226  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  32.78 
 
 		 507 aa  214  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  32.59 
 
 		 559 aa  214  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  29.22 
 
 		 734 aa  196  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4932  phage integrase family protein  32.1 
 
 		 618 aa  194  5e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.356622 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  30.09 
 
 		 609 aa  194  5e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  29.53 
 
 		 732 aa  193  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5448  integrase family protein  33.27 
 
 		 577 aa  192  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6892  phage integrase family protein  32.11 
 
 		 618 aa  192  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4952  integrase family protein  33.08 
 
 		 577 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6164  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  31.41 
 
 		 616 aa  177  6e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  31.19 
 
 		 422 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  33.18 
 
 		 420 aa  174  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  33.33 
 
 		 428 aa  174  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  32.71 
 
 		 421 aa  172  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  33.73 
 
 		 398 aa  171  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  33.73 
 
 		 398 aa  171  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  33.73 
 
 		 398 aa  171  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  29.12 
 
 		 609 aa  170  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  33.1 
 
 		 417 aa  169  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  32.05 
 
 		 411 aa  167  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  31.74 
 
 		 394 aa  165  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  35.23 
 
 		 397 aa  164  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  35.23 
 
 		 397 aa  164  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  35.23 
 
 		 397 aa  164  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  35.23 
 
 		 397 aa  164  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  34.56 
 
 		 399 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0076  hypothetical protein  28.07 
 
 		 797 aa  153  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.701551  hitchhiker  0.00833618 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  25.74 
 
 		 624 aa  148  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  33.33 
 
 		 397 aa  137  8e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  27.59 
 
 		 420 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  27.42 
 
 		 415 aa  127  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2629  phage integrase family site specific recombinase  26.34 
 
 		 418 aa  125  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  27.59 
 
 		 408 aa  124  8e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4613  integrase domain-containing protein  34.71 
 
 		 222 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.754834 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  26.93 
 
 		 376 aa  122  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  32.18 
 
 		 398 aa  120  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  27.15 
 
 		 408 aa  120  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  26.72 
 
 		 417 aa  115  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  26.72 
 
 		 406 aa  115  3e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  29.05 
 
 		 436 aa  113  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1982  phage integrase family protein  27.73 
 
 		 423 aa  112  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0235719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2082  phage integrase family protein  26.06 
 
 		 415 aa  109  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.267765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  28.94 
 
 		 490 aa  106  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5548  phage integrase  29.06 
 
 		 527 aa  106  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174978  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02040  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.42 
 
 		 412 aa  104  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.751344  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2211  integrase family protein  26.29 
 
 		 430 aa  102  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0136042  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  28.49 
 
 		 508 aa  102  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2224  phage integrase family protein  25.65 
 
 		 431 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0802491  normal  0.324661 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2210  integrase family protein  25.65 
 
 		 431 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241483  normal  0.683218 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  26.9 
 
 		 430 aa  100  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  28.74 
 
 		 495 aa  99.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5821  tyrosine-based site-specific recombinase XerD  31.79 
 
 		 526 aa  99.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1855  phage integrase  28.93 
 
 		 440 aa  99  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  29.48 
 
 		 495 aa  99  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2174  phage integrase family protein  25.39 
 
 		 431 aa  98.2  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.193814  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2429  integrase family protein  26.3 
 
 		 430 aa  97.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4483  hypothetical protein  25.65 
 
 		 431 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2197  phage integrase family protein  25.65 
 
 		 431 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1973  phage integrase family protein  27.07 
 
 		 431 aa  94  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2207  phage integrase family protein  26.12 
 
 		 430 aa  94  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.151276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2002  phage integrase family protein  27.07 
 
 		 431 aa  93.6  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0997607  hitchhiker  0.000000242196 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2111  phage integrase  25 
 
 		 411 aa  93.2  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2104  phage integrase family protein  27.46 
 
 		 431 aa  90.9  7e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.896145  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  24.21 
 
 		 444 aa  90.5  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2007  phage integrase family protein  24.94 
 
 		 435 aa  84  0.000000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000769024  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4614  phage integrase  39.07 
 
 		 185 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>