More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4445 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  100 
 
 		 397 aa  797    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  100 
 
 		 397 aa  797    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  100 
 
 		 397 aa  797    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  100 
 
 		 397 aa  797    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  76.94 
 
 		 399 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  70.36 
 
 		 411 aa  557  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  56.92 
 
 		 394 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  57.43 
 
 		 420 aa  435  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  54.98 
 
 		 421 aa  431  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  57.18 
 
 		 428 aa  425  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  57.7 
 
 		 398 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  57.44 
 
 		 398 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  57.44 
 
 		 398 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  53 
 
 		 422 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  55.09 
 
 		 417 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  41.02 
 
 		 559 aa  232  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  41.83 
 
 		 397 aa  227  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  36.68 
 
 		 565 aa  208  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  36.68 
 
 		 565 aa  208  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  36.68 
 
 		 565 aa  208  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  36.68 
 
 		 565 aa  208  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  35.14 
 
 		 566 aa  207  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  36.34 
 
 		 557 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  39.11 
 
 		 565 aa  206  5e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  36.97 
 
 		 566 aa  205  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  36.93 
 
 		 563 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  37.03 
 
 		 559 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  36.25 
 
 		 559 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  37.1 
 
 		 563 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  38.85 
 
 		 580 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  35.81 
 
 		 566 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3359  phage integrase family protein  50 
 
 		 191 aa  196  6e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.843905  normal  0.398062 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  35.22 
 
 		 563 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  35.75 
 
 		 578 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  35.75 
 
 		 578 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  35.31 
 
 		 578 aa  194  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  35.75 
 
 		 578 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  35.75 
 
 		 442 aa  194  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  35.57 
 
 		 578 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  35.16 
 
 		 565 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  35.16 
 
 		 565 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  35.84 
 
 		 575 aa  192  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  33.68 
 
 		 420 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  35.05 
 
 		 580 aa  190  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  37.8 
 
 		 588 aa  189  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  36.39 
 
 		 733 aa  187  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  38.63 
 
 		 770 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  37.11 
 
 		 630 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  32.54 
 
 		 704 aa  179  9e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  32.54 
 
 		 704 aa  179  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  34.46 
 
 		 507 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  34.46 
 
 		 559 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  33.1 
 
 		 716 aa  172  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  34.81 
 
 		 436 aa  168  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1318  integrase/recombinase protein  54.48 
 
 		 190 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  31.93 
 
 		 408 aa  162  1e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  31.93 
 
 		 408 aa  161  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  34.52 
 
 		 710 aa  156  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  30.79 
 
 		 417 aa  152  1e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  30.79 
 
 		 406 aa  152  1e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2082  phage integrase family protein  30.69 
 
 		 415 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.267765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  28.93 
 
 		 376 aa  144  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6892  phage integrase family protein  34.43 
 
 		 618 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0076  hypothetical protein  29.34 
 
 		 797 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.701551  hitchhiker  0.00833618 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2856  site-specific recombinase, phage integrase family  29.57 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  34.06 
 
 		 398 aa  137  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  29.02 
 
 		 732 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  29.44 
 
 		 624 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4952  integrase family protein  32.19 
 
 		 577 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  29.72 
 
 		 415 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5448  integrase family protein  32.02 
 
 		 577 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  28.92 
 
 		 444 aa  126  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  28.78 
 
 		 734 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  31.38 
 
 		 609 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  32.36 
 
 		 609 aa  122  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  28.88 
 
 		 430 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  31.5 
 
 		 495 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6164  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  30.34 
 
 		 616 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4328  phage integrase  29.18 
 
 		 413 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  32.76 
 
 		 495 aa  112  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4932  phage integrase family protein  29.73 
 
 		 618 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.356622 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4613  integrase domain-containing protein  40.79 
 
 		 222 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.754834 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4242  phage integrase family protein  27.61 
 
 		 418 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  30.72 
 
 		 490 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  31.52 
 
 		 508 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2629  phage integrase family site specific recombinase  27.4 
 
 		 418 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2207  phage integrase family protein  25.41 
 
 		 430 aa  102  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.151276  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02236  putative prolin-rich protein  30.63 
 
 		 432 aa  99  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796794  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3891  putative prolin-rich protein  29.72 
 
 		 427 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3779  putative proline-rich protein  29.72 
 
 		 427 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0230018  normal  0.115334 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2429  integrase family protein  25.34 
 
 		 430 aa  98.6  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2104  phage integrase family protein  25.93 
 
 		 431 aa  97.1  5e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.896145  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02040  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.86 
 
 		 412 aa  96.7  6e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.751344  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 310 aa  96.7  7e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5548  phage integrase  30.75 
 
 		 527 aa  96.3  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174978  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2224  phage integrase family protein  25.66 
 
 		 431 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0802491  normal  0.324661 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2210  integrase family protein  25.66 
 
 		 431 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241483  normal  0.683218 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2111  phage integrase  30.27 
 
 		 411 aa  95.1  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2007  phage integrase family protein  25.53 
 
 		 435 aa  94.7  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000769024  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  25.31 
 
 		 290 aa  93.2  8e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>