121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1855 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2210  integrase family protein  71.03 
 
 		 431 aa  660    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241483  normal  0.683218 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1855  phage integrase  100 
 
 		 440 aa  923    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2002  phage integrase family protein  69.59 
 
 		 431 aa  638    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0997607  hitchhiker  0.000000242196 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1973  phage integrase family protein  69.59 
 
 		 431 aa  639    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2007  phage integrase family protein  72.67 
 
 		 435 aa  694    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000769024  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2104  phage integrase family protein  70.57 
 
 		 431 aa  646    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.896145  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4483  hypothetical protein  70.34 
 
 		 431 aa  654    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2197  phage integrase family protein  70.34 
 
 		 431 aa  654    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2174  phage integrase family protein  70.57 
 
 		 431 aa  658    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.193814  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2224  phage integrase family protein  71.26 
 
 		 431 aa  662    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0802491  normal  0.324661 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2429  integrase family protein  66.2 
 
 		 430 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2207  phage integrase family protein  65.67 
 
 		 430 aa  588  1e-167  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.151276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2211  integrase family protein  62.9 
 
 		 430 aa  588  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0136042  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1982  phage integrase family protein  62.47 
 
 		 423 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0235719  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2370  phage integrase family site specific recombinase  70.49 
 
 		 288 aa  433  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2111  phage integrase  36.82 
 
 		 411 aa  274  3e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  33.95 
 
 		 417 aa  234  2.0000000000000002e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  33.95 
 
 		 406 aa  234  2.0000000000000002e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  34.74 
 
 		 408 aa  224  3e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  34.74 
 
 		 408 aa  222  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2082  phage integrase family protein  33.76 
 
 		 415 aa  215  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.267765  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2367  hypothetical protein  69.18 
 
 		 146 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  28.5 
 
 		 430 aa  172  7.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  29.43 
 
 		 444 aa  169  9e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  30.05 
 
 		 415 aa  159  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2629  phage integrase family site specific recombinase  26.46 
 
 		 418 aa  144  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02040  site-specific recombinase, phage integrase family protein  29.21 
 
 		 412 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.751344  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4242  phage integrase family protein  25.64 
 
 		 418 aa  120  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2856  site-specific recombinase, phage integrase family  22.67 
 
 		 434 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  28.91 
 
 		 716 aa  110  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  24.87 
 
 		 394 aa  95.5  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  25.65 
 
 		 397 aa  93.2  9e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  25.51 
 
 		 421 aa  91.3  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  24.76 
 
 		 411 aa  89  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  24.08 
 
 		 397 aa  87  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  24.08 
 
 		 397 aa  87  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  24.08 
 
 		 397 aa  87  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  24.08 
 
 		 397 aa  87  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  25.46 
 
 		 399 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  24.87 
 
 		 704 aa  83.6  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  24.87 
 
 		 704 aa  83.6  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  24.03 
 
 		 422 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  25.65 
 
 		 417 aa  80.9  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  24.23 
 
 		 428 aa  80.1  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  23.33 
 
 		 420 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  23.2 
 
 		 398 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  23.2 
 
 		 398 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  23.2 
 
 		 398 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  25.07 
 
 		 563 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  24.1 
 
 		 630 aa  71.6  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  23.79 
 
 		 420 aa  69.7  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  24.93 
 
 		 565 aa  69.7  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  23.27 
 
 		 376 aa  67  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6164  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  24.37 
 
 		 616 aa  66.2  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5548  phage integrase  22.74 
 
 		 527 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174978  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  25.32 
 
 		 733 aa  63.5  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  25.39 
 
 		 565 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  25.39 
 
 		 565 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  25.39 
 
 		 565 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  25.39 
 
 		 565 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4328  phage integrase  25.49 
 
 		 413 aa  62.8  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  24.67 
 
 		 565 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  24.6 
 
 		 565 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  24.3 
 
 		 580 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  23.26 
 
 		 442 aa  61.2  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  23.04 
 
 		 559 aa  61.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  24.2 
 
 		 495 aa  59.7  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  25.13 
 
 		 563 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  23.91 
 
 		 578 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  23.91 
 
 		 578 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  24.62 
 
 		 578 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  22.04 
 
 		 557 aa  58.9  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  21.84 
 
 		 566 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  23.62 
 
 		 490 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  25.66 
 
 		 317 aa  58.5  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  23.99 
 
 		 566 aa  57  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  24.49 
 
 		 559 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  26.62 
 
 		 295 aa  56.2  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  22.46 
 
 		 507 aa  55.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  24.37 
 
 		 578 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  24.37 
 
 		 580 aa  55.8  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  23.79 
 
 		 578 aa  54.7  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1326  integrase family protein  22.71 
 
 		 309 aa  54.3  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.847423  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  25.18 
 
 		 495 aa  54.3  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  22.01 
 
 		 563 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  23.61 
 
 		 559 aa  53.9  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  23.54 
 
 		 770 aa  53.1  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  20.91 
 
 		 436 aa  52.4  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  25.48 
 
 		 294 aa  50.4  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  23.64 
 
 		 575 aa  50.4  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  23.27 
 
 		 710 aa  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  23.4 
 
 		 293 aa  49.3  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  22.43 
 
 		 559 aa  48.5  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  23.05 
 
 		 398 aa  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  23.77 
 
 		 293 aa  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0762  phage integrase family protein  25.42 
 
 		 287 aa  48.1  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  20.44 
 
 		 508 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  22.96 
 
 		 588 aa  47.4  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  28.08 
 
 		 365 aa  47.4  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3359  phage integrase family protein  28.8 
 
 		 191 aa  47.4  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.843905  normal  0.398062 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>