More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4514 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  67.99 
 
 		 578 aa  729    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  67.82 
 
 		 565 aa  734    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  66.61 
 
 		 575 aa  715    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  64.45 
 
 		 566 aa  714    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  74.95 
 
 		 566 aa  797    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  67.82 
 
 		 565 aa  734    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  67.82 
 
 		 565 aa  734    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  64.12 
 
 		 563 aa  698    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  66.67 
 
 		 559 aa  710    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  67.15 
 
 		 580 aa  723    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  67.82 
 
 		 565 aa  734    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  71.04 
 
 		 566 aa  747    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  67.63 
 
 		 578 aa  719    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  64.66 
 
 		 565 aa  696    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  61.43 
 
 		 565 aa  652    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  68.46 
 
 		 559 aa  733    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  67.99 
 
 		 578 aa  729    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  65.7 
 
 		 563 aa  682    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  100 
 
 		 559 aa  1113    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  67.99 
 
 		 578 aa  729    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  64.48 
 
 		 565 aa  694    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  67.58 
 
 		 563 aa  729    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  67.15 
 
 		 578 aa  725    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  61.5 
 
 		 557 aa  630  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6605  phage integrase family protein  59.67 
 
 		 559 aa  624  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  70.45 
 
 		 442 aa  597  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1227  phage integrase  60.71 
 
 		 507 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  55.52 
 
 		 580 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  54.79 
 
 		 588 aa  554  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  34.3 
 
 		 704 aa  239  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  34.29 
 
 		 716 aa  239  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  34.3 
 
 		 704 aa  239  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7607  phage integrase family protein  57.75 
 
 		 248 aa  228  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.484677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4613  integrase domain-containing protein  55.5 
 
 		 222 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.754834 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  38.96 
 
 		 411 aa  217  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  36.42 
 
 		 770 aa  212  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  36.8 
 
 		 422 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  36.72 
 
 		 421 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  35.68 
 
 		 394 aa  195  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  32.39 
 
 		 733 aa  194  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  33.27 
 
 		 630 aa  192  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  34.34 
 
 		 710 aa  186  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  37.03 
 
 		 397 aa  186  8e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  37.03 
 
 		 397 aa  186  8e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  37.03 
 
 		 397 aa  186  8e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  37.03 
 
 		 397 aa  186  8e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  35.47 
 
 		 420 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  36.44 
 
 		 428 aa  182  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  35.47 
 
 		 398 aa  180  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  36.36 
 
 		 399 aa  179  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  35.47 
 
 		 398 aa  179  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  35.47 
 
 		 398 aa  179  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  34.13 
 
 		 417 aa  177  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4952  integrase family protein  31.43 
 
 		 577 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4614  phage integrase  54.44 
 
 		 185 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5448  integrase family protein  31.43 
 
 		 577 aa  171  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  33 
 
 		 420 aa  166  9e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4932  phage integrase family protein  30.47 
 
 		 618 aa  159  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.356622 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  35.75 
 
 		 397 aa  156  9e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6892  phage integrase family protein  30.5 
 
 		 618 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  30.88 
 
 		 624 aa  153  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  29.01 
 
 		 609 aa  144  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  29.33 
 
 		 734 aa  141  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  29.94 
 
 		 609 aa  139  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  28.36 
 
 		 732 aa  136  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6164  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  36.13 
 
 		 616 aa  125  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7315  integrase family protein  34.97 
 
 		 508 aa  124  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968074  normal  0.0692077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2856  site-specific recombinase, phage integrase family  27.44 
 
 		 434 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5548  phage integrase  31.37 
 
 		 527 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174978  normal  0.321363 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  27.75 
 
 		 415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5345  putative integrase/recombinase protein  29.72 
 
 		 527 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  32.96 
 
 		 490 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  27.22 
 
 		 376 aa  107  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  27.19 
 
 		 444 aa  107  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5988  tyrosine-based site-specific recombinase BimA  31.45 
 
 		 495 aa  107  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239926  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5821  tyrosine-based site-specific recombinase XerD  29.45 
 
 		 526 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  28.49 
 
 		 436 aa  99.8  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  27.04 
 
 		 430 aa  99.4  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  32.79 
 
 		 398 aa  98.2  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0076  hypothetical protein  26.59 
 
 		 797 aa  97.4  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.701551  hitchhiker  0.00833618 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  30.75 
 
 		 495 aa  95.5  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  25.65 
 
 		 417 aa  95.5  2e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  25.65 
 
 		 406 aa  95.1  3e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2629  phage integrase family site specific recombinase  25.48 
 
 		 418 aa  94.4  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  29.9 
 
 		 295 aa  94.4  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  30.79 
 
 		 295 aa  94  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  30.53 
 
 		 296 aa  92  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2082  phage integrase family protein  27.09 
 
 		 415 aa  90.5  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.267765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  30.92 
 
 		 292 aa  89  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  31.47 
 
 		 295 aa  87.4  6e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  27.36 
 
 		 308 aa  87  8e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.75 
 
 		 306 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  29.52 
 
 		 295 aa  86.7  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  30.92 
 
 		 312 aa  86.3  0.000000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.04 
 
 		 306 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.04 
 
 		 306 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  30.53 
 
 		 297 aa  86.3  0.000000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  28.62 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  32.41 
 
 		 295 aa  85.9  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  30.59 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>