168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1318 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1318  integrase/recombinase protein  100 
 
 		 190 aa  382  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  58.86 
 
 		 394 aa  195  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  62.04 
 
 		 421 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  60 
 
 		 420 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  60.69 
 
 		 398 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  60.69 
 
 		 398 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  60.69 
 
 		 398 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  54.48 
 
 		 397 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  54.48 
 
 		 397 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  54.48 
 
 		 397 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  54.48 
 
 		 397 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  57.93 
 
 		 428 aa  160  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  53.59 
 
 		 411 aa  156  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  48.43 
 
 		 422 aa  154  9e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  54.48 
 
 		 399 aa  151  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  51.22 
 
 		 417 aa  122  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3359  phage integrase family protein  52.27 
 
 		 191 aa  95.1  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.843905  normal  0.398062 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  38.06 
 
 		 397 aa  78.6  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2082  phage integrase family protein  35.71 
 
 		 415 aa  70.9  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.267765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  34.09 
 
 		 376 aa  70.9  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  34.38 
 
 		 408 aa  69.3  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  34.38 
 
 		 408 aa  69.7  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  33.64 
 
 		 420 aa  65.1  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  32.64 
 
 		 406 aa  63.5  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  32.64 
 
 		 417 aa  63.2  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  34.06 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2111  phage integrase  32.2 
 
 		 411 aa  55.8  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  30 
 
 		 321 aa  55.1  0.0000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  39.05 
 
 		 444 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  33.05 
 
 		 624 aa  53.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  31.94 
 
 		 559 aa  52.4  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4328  phage integrase  29.87 
 
 		 413 aa  52.4  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  39.53 
 
 		 563 aa  52.4  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  34.62 
 
 		 430 aa  52  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6193  phage integrase-like SAM-like  34.88 
 
 		 495 aa  52  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126905  hitchhiker  0.000249234 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2207  phage integrase family protein  34.78 
 
 		 430 aa  52.4  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.151276  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  35.85 
 
 		 565 aa  51.6  0.000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  32.65 
 
 		 398 aa  51.6  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  35.85 
 
 		 565 aa  51.6  0.000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  35.85 
 
 		 565 aa  51.6  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  35.85 
 
 		 565 aa  51.6  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  31.01 
 
 		 442 aa  51.6  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  39.47 
 
 		 274 aa  51.2  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4967  integrase family protein  44.26 
 
 		 495 aa  50.8  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.617968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.07 
 
 		 317 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.33 
 
 		 314 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  34.12 
 
 		 310 aa  50.8  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2856  site-specific recombinase, phage integrase family  31.11 
 
 		 434 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2629  phage integrase family site specific recombinase  31.06 
 
 		 418 aa  49.3  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2370  phage integrase family site specific recombinase  33.93 
 
 		 288 aa  48.9  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  29.25 
 
 		 302 aa  48.5  0.00005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  34.91 
 
 		 563 aa  48.9  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1982  phage integrase family protein  33.71 
 
 		 423 aa  48.5  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0235719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.28 
 
 		 318 aa  48.5  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2429  integrase family protein  31.86 
 
 		 430 aa  48.5  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2210  integrase family protein  29.37 
 
 		 431 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241483  normal  0.683218 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.58 
 
 		 318 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.58 
 
 		 318 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  32.77 
 
 		 733 aa  48.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2224  phage integrase family protein  29.37 
 
 		 431 aa  48.1  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0802491  normal  0.324661 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  33.64 
 
 		 704 aa  47.8  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  33.64 
 
 		 704 aa  47.8  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  33.65 
 
 		 559 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2104  phage integrase family protein  32.17 
 
 		 431 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.896145  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5664  integrase family protein  34.88 
 
 		 490 aa  46.6  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.375823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0350  phage integrase family protein  38.36 
 
 		 341 aa  47  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000105216  hitchhiker  0.0000498769 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2174  phage integrase family protein  28.67 
 
 		 431 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.193814  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  34.69 
 
 		 295 aa  47  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_003296  RS02236  putative prolin-rich protein  36.84 
 
 		 432 aa  46.2  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  36.99 
 
 		 563 aa  46.2  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  33.7 
 
 		 317 aa  45.8  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  29.61 
 
 		 716 aa  46.2  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 311 aa  46.2  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 309 aa  45.8  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3779  putative proline-rich protein  31.2 
 
 		 427 aa  45.8  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0230018  normal  0.115334 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3891  putative prolin-rich protein  31.2 
 
 		 427 aa  45.8  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4483  hypothetical protein  32.95 
 
 		 431 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2197  phage integrase family protein  32.95 
 
 		 431 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  33.83 
 
 		 317 aa  45.4  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  33.02 
 
 		 557 aa  45.1  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  30.48 
 
 		 303 aa  45.1  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  33.02 
 
 		 565 aa  44.7  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  33.02 
 
 		 565 aa  44.7  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  28.86 
 
 		 300 aa  44.7  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  34.21 
 
 		 301 aa  43.9  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  35.34 
 
 		 320 aa  43.9  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  40 
 
 		 278 aa  43.9  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  31.13 
 
 		 565 aa  44.3  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  29.08 
 
 		 566 aa  44.3  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.8 
 
 		 324 aa  44.3  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  30.84 
 
 		 298 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.71 
 
 		 336 aa  44.3  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0057  integrase-recombinase  28.12 
 
 		 381 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0945594  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  33.04 
 
 		 310 aa  44.3  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2211  integrase family protein  30.7 
 
 		 430 aa  44.3  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0136042  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.68 
 
 		 298 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  28.91 
 
 		 566 aa  43.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  31.18 
 
 		 307 aa  43.9  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.68 
 
 		 298 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  36.26 
 
 		 323 aa  43.9  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>