75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3779 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_3779  putative proline-rich protein  100 
 
 		 427 aa  825    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0230018  normal  0.115334 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3891  putative prolin-rich protein  100 
 
 		 427 aa  825    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39216  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02236  putative prolin-rich protein  71.46 
 
 		 432 aa  566  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6320  tyrosine-based site-specific recombinase activity site-specific DNA integration  31.89 
 
 		 398 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2135  integrase family protein  30.63 
 
 		 394 aa  97.8  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182439  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2034  integrase family protein  30.14 
 
 		 422 aa  97.8  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.108116  hitchhiker  0.0000000170998 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5048  integrase family protein  29.24 
 
 		 397 aa  97.1  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.414068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1733  integrase family protein  29.24 
 
 		 397 aa  97.1  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.461971 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4335  integrase family protein  29.24 
 
 		 397 aa  97.1  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.199412 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4445  integrase family protein  29.24 
 
 		 397 aa  97.1  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0199847  normal  0.157682 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7324  integrase family protein  30.03 
 
 		 421 aa  97.1  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0511421 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1625  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  30.14 
 
 		 411 aa  96.7  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5830  integrase family protein  30.24 
 
 		 398 aa  90.1  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00308669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5789  integrase family protein  30.77 
 
 		 399 aa  90.1  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4162  integrase family protein  29.22 
 
 		 428 aa  90.1  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4473  phage integrase family protein  30.24 
 
 		 398 aa  89.7  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0169641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3895  phage integrase  30.24 
 
 		 398 aa  89.7  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211604  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1405  Phage integrase  30 
 
 		 420 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4175  phage integrase family protein  26.3 
 
 		 436 aa  79  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2777  integrase family protein  26.96 
 
 		 420 aa  75.9  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0260202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1886  phage integrase family protein  30 
 
 		 417 aa  68.9  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.455882 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4691  phage integrase family protein  31.6 
 
 		 609 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.298565  normal  0.0454355 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6086  tyrosine-based site-specific recombinase  28.53 
 
 		 716 aa  66.2  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0503413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6262  integrase family protein  28.75 
 
 		 770 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.755623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1886  phage integrase  26.79 
 
 		 397 aa  65.1  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.031072  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6112  integrase family protein  36.97 
 
 		 630 aa  62.4  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4251  phage integrase family protein  26.35 
 
 		 624 aa  62.8  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5567  phage integrase family protein  25.25 
 
 		 565 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5291  phage integrase  25.25 
 
 		 565 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1829  hypothetical protein  24.57 
 
 		 408 aa  60.5  0.00000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1825  integrase family protein  37.82 
 
 		 566 aa  60.5  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0271537 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1832  hypothetical protein  23.96 
 
 		 408 aa  60.1  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6864  phage integrase family protein  34.45 
 
 		 563 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728791  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1051  phage integrase family protein  33.88 
 
 		 565 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.930281  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0038  phage integrase family protein  33.88 
 
 		 565 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0376  phage integrase family protein  33.88 
 
 		 565 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128426  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1208  phage integrase family protein  33.88 
 
 		 565 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1882  phage integrase family protein  28.94 
 
 		 566 aa  58.9  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.496854  normal  0.778139 
 
 
-
 
NC_003296  RS01673  putative integrase/recombinase protein  36.13 
 
 		 566 aa  58.9  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5172  integrase family protein  25.69 
 
 		 704 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1507  integrase family protein  25.69 
 
 		 704 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.879594  normal  0.107383 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4514  Tyrosine-based site-specific recombinase  36.75 
 
 		 559 aa  57.8  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197712  normal  0.108767 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4473  phage integrase family protein  27.67 
 
 		 609 aa  57.4  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00130209  decreased coverage  4.4515899999999994e-20 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6390  phage integrase family protein  36.75 
 
 		 578 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.82741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1438  phage integrase  36.75 
 
 		 578 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7054  integrase family protein  36.75 
 
 		 578 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4706  integrase family protein  26.12 
 
 		 563 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0040  phage integrase family protein  22.22 
 
 		 417 aa  55.5  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0002  phage integrase family site specific recombinase  22.22 
 
 		 406 aa  55.1  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.952684  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5389  integrase family protein  35.9 
 
 		 575 aa  54.7  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.028287  normal  0.0149159 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6948  Phage integrase  35.9 
 
 		 578 aa  54.3  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00529901  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2103  phage integrase family protein  28.38 
 
 		 559 aa  54.3  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5705  phage integrase family protein  35.04 
 
 		 578 aa  53.9  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.782513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6458  integrase family protein  35.04 
 
 		 580 aa  54.3  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.446342 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4983  Phage integrase  30.28 
 
 		 588 aa  53.5  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5529  phage integrase  36.75 
 
 		 557 aa  53.5  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95616 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1740  integrase family protein  32.38 
 
 		 559 aa  53.1  0.000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407368 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6577  integrase family protein  28.17 
 
 		 710 aa  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00328143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1746  integrase family protein  33.88 
 
 		 442 aa  52.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.526139 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5076  integrase family protein  29 
 
 		 733 aa  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.821689  normal  0.0349063 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0092  putative integrase family protein  22.34 
 
 		 376 aa  49.7  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.967916  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1337  phage integrase family protein  34.75 
 
 		 565 aa  49.3  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.515892  normal  0.256556 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6456  phage integrase  33.33 
 
 		 563 aa  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4952  integrase family protein  32.48 
 
 		 577 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5448  integrase family protein  32.48 
 
 		 577 aa  47.8  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6926  integrase family protein  32.2 
 
 		 580 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4613  integrase domain-containing protein  30.58 
 
 		 222 aa  47.8  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.754834 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1318  integrase/recombinase protein  31.2 
 
 		 190 aa  45.8  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0076  hypothetical protein  30.49 
 
 		 797 aa  44.7  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.701551  hitchhiker  0.00833618 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1968  phage integrase family site specific recombinase  20.62 
 
 		 415 aa  44.7  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.172186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2111  phage integrase  29.05 
 
 		 411 aa  44.3  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2857  site-specific recombinase, phage integrase family  24.05 
 
 		 444 aa  43.9  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0775939  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25680  Phage integrase  23.73 
 
 		 430 aa  43.9  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1982  phage integrase family protein  33.02 
 
 		 423 aa  43.1  0.008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0235719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5040  phage integrase  27.07 
 
 		 732 aa  43.5  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346055  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>