More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1605 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_1605  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 
325 aa  644    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2064  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.69 
 
 
325 aa  577  1e-164  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.189691 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0833  3-isopropylmalate dehydrogenase  89.85 
 
 
325 aa  569  1e-161  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1815  3-isopropylmalate dehydrogenase  89.16 
 
 
325 aa  560  1e-158  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000286516 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1172  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  54.01 
 
 
335 aa  337  1.9999999999999998e-91  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.651985 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1781  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  49.4 
 
 
336 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  44.94 
 
 
337 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0088  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.71 
 
 
336 aa  304  1.0000000000000001e-81  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00287551  hitchhiker  0.00000627763 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  44.55 
 
 
330 aa  271  1e-71  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  44.55 
 
 
330 aa  270  2e-71  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  44.24 
 
 
330 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  43.37 
 
 
331 aa  263  4e-69  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1416  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  43.94 
 
 
330 aa  261  1e-68  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.56 
 
 
326 aa  261  1e-68  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.01 
 
 
334 aa  258  1e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.82 
 
 
362 aa  256  4e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  44.04 
 
 
335 aa  255  6e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.71 
 
 
337 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2762  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.4 
 
 
326 aa  253  4.0000000000000004e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.91 
 
 
332 aa  251  2e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  43.69 
 
 
335 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  43.69 
 
 
335 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  43.69 
 
 
335 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  43.69 
 
 
335 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.9 
 
 
333 aa  250  3e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  43.08 
 
 
336 aa  249  3e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  43.38 
 
 
336 aa  249  5e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.07 
 
 
339 aa  248  8e-65  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.07 
 
 
339 aa  248  9e-65  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.27 
 
 
360 aa  248  1e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  43.38 
 
 
336 aa  248  1e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  43.87 
 
 
335 aa  247  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  43.43 
 
 
335 aa  247  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  42.81 
 
 
336 aa  246  4e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  41.32 
 
 
331 aa  246  4e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.07 
 
 
339 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  42.46 
 
 
336 aa  245  6e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  42.46 
 
 
336 aa  245  6e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  42.46 
 
 
336 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.26 
 
 
335 aa  245  8e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  43.08 
 
 
335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1797  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.85 
 
 
329 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  42.77 
 
 
335 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2611  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.48 
 
 
360 aa  241  9e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0404939  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  43.93 
 
 
340 aa  241  1e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1297  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  41.42 
 
 
336 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40.72 
 
 
334 aa  239  5.999999999999999e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  42.34 
 
 
336 aa  238  9e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2572  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.19 
 
 
360 aa  238  9e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2617  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.19 
 
 
360 aa  238  9e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2154  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40.98 
 
 
333 aa  238  1e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2659  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.15 
 
 
326 aa  237  2e-61  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.122672  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  41.41 
 
 
335 aa  237  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  43.12 
 
 
336 aa  237  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0898  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.13 
 
 
327 aa  233  3e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.15 
 
 
331 aa  232  7.000000000000001e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  43.12 
 
 
323 aa  232  8.000000000000001e-60  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0248  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.85 
 
 
338 aa  231  1e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  42.2 
 
 
335 aa  231  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  41.1 
 
 
335 aa  231  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2885  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.93 
 
 
362 aa  230  3e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.566713  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  40.55 
 
 
348 aa  228  8e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1365  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.24 
 
 
356 aa  228  9e-59  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.528909  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  38.82 
 
 
335 aa  228  1e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08261  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.19 
 
 
359 aa  228  1e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.842173  normal  0.408942 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  38.82 
 
 
335 aa  228  1e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0739  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.67 
 
 
362 aa  228  2e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379297  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  40.29 
 
 
335 aa  227  2e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0036  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.74 
 
 
355 aa  227  2e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.246582  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.44 
 
 
358 aa  227  3e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1020  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.83 
 
 
356 aa  227  3e-58  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00117198  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40.06 
 
 
336 aa  226  4e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05206  LysBPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q6DTN1]  39.42 
 
 
360 aa  224  1e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0194  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.19 
 
 
359 aa  225  1e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18652  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1484  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  38.28 
 
 
343 aa  224  1e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3616  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.11 
 
 
360 aa  225  1e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.79276  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  38.86 
 
 
361 aa  223  3e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.78 
 
 
363 aa  223  4e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0870  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  42.17 
 
 
332 aa  223  4.9999999999999996e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08060  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.37 
 
 
331 aa  222  6e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201667  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02380  isocitrate dehydrogenase (NADP)  42.54 
 
 
364 aa  221  9.999999999999999e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.713853  normal  0.672997 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  39.94 
 
 
334 aa  221  9.999999999999999e-57  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.638011 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40.77 
 
 
348 aa  220  3e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2363  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.42 
 
 
371 aa  220  3e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.49502 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04003  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04150)  39.23 
 
 
351 aa  218  1e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.538835  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.81 
 
 
359 aa  218  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.478678 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0166  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.67 
 
 
370 aa  217  2e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.294157  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9120  tartrate dehydrogenase  38.71 
 
 
362 aa  217  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3130  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.16 
 
 
355 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.462237  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2488  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.18 
 
 
377 aa  216  4e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0214  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  39.76 
 
 
342 aa  216  4e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.6389  normal  0.0659244 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1260  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.35 
 
 
357 aa  216  5.9999999999999996e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366056  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.2 
 
 
355 aa  215  7e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2472  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.11 
 
 
355 aa  215  7e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1601  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.87 
 
 
352 aa  215  7e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0498293 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.37 
 
 
359 aa  215  9e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2311  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.83 
 
 
355 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2029  isocitrate dehydrogenase  42.23 
 
 
487 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6847  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.12 
 
 
355 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0118477  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10890  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.62 
 
 
358 aa  214  9.999999999999999e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>